Sequenciamento massivo de biblioteca de amplicons para obtenção de dados nucleares e plastidiais para compreensão das relações filogenéticas das espécies do gênero Cereus (Cactaceae)

• Processo: 17/07017-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2017
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Fernando de Faria Franco
• Beneficiário: Fernanda Mayumi Pinho Kawauti
• Instituição Sede: Centro de Ciências Humanas e Biológicas (CCHB). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). Sorocaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Cactaceae Filogenia Sequenciamento de nova geração Evolução vegetal
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biblioteca de Amplicons | Cactaceae | Cereus | Filogenia | Marcadores nucleares | sequenciamento de nova geração | Filogenia Molecular

Resumo

As espécies da família Cactaceae ocorrem em ambientes áridos e semi-áridos, constituindo um importante modelo para entendimento da evolução da biota adaptada a condições de clima mais seco. O objetivo desse projeto é obter dados nucleares e plastidiais que sejam informativos para compreensão das relações filogenéticas das espécies do gênero Cereus (Cactaceae). Nesse sentido, a amplificação cruzada de um conjunto de primers relacionados ao isolamento de segmentos plastidiais e nucleares será realizada. Desse conjunto, alguns locos nucleares são anônimos e recentemente descritos a partir de espécies do gênero Pilosocereus. Para obtenção dos dados será preparada uma biblioteca de amplicons para posterior sequenciamento massivo na plataforma Ilumina MiSeq. Os dados gerados serão analisados com metodologias tradicionais para verificação de variação e inferências filogenéticas (Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana), bem como metodologias de análise coalescente (Árvore de Espécies). Esse projeto deve contribuir tanto para a padronização da metodologia de preparação da biblioteca de amplicons como para o entendimento das relações evolutivas de Cereus. (AU)