Apoio bioinformático aos projetos de análise de expressão gênica diferencial do CeTICS

• Processo: 18/08167-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2018
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2018
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Inácio de Loiola Meirelles Junqueira de Azevedo
• Beneficiário: André Nicolau Aquime Gonçalves
• Instituição Sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 13/07467-1 - CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular, AP.CEPID
• Assunto(s): Biologia computacional Expressão gênica Análise de sequência de RNA Linguagem de programação Análise de dados Análise estatística de dados
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformatica | expressao genica | Ngs | RNAseq | Vias Metabolicas | Bioinformática

Resumo

Na atual fase de transição, o CeTICS tem como foco principal os estudos dos efeitos de venenos e toxinas em culturas de células ou organismos inteiros. A maior parte desses estudos, coordenados por diferentes PIs, envolve a análise quantitativa de dados de expressão gênica gerados por RNAseq, todos utilizando intensamente a plataforma de sequenciamento de Nova Geração em operação no CeTICS. Outros projetos de análise de expressão gênica diferencial em amostras de pacientes infectados com vírus da Dengue e Chikungunya também estão em desenvolvimento no laboratório, em colaboração com outros grupos do I. Butantan e da Faculdade de Ciências Farmacêuticas da USP. O big data gerado nesses projetos passa por intensa manipulação nos servidores primários (acoplado aos sequenciadores) e secundários (onde se realizam as analises especificas de cada projeto). Tanto as atividades nos servidores primários como principalmente aquelas dos servidores secundários demandam o uso de ferramentas e scripts bioinformáticos específicos, muitas vezes desenvolvidos sob demanda em ambiente Linux. Mais do que isso, a interpretação do significado biológico das variações na expressão gênica depende de análises estatísticas e de produção gráfica em linguagem R e python, que tem se mostrado na prática um fator limitante aos alunos e pesquisadores envolvidos, os quais não dominam tais linguagens. A disponibilidade de um Técnico de Treinamento apto a executar as tarefas bioinformáticas básicas, mas que também compreenda o contexto biológico da pesquisa de forma a auxiliar na análise de dados e então fundamental para resolver essa limitação. (AU)