Plataforma GEMAC de alvos, anotação e integração de resultados

• Processo: 18/23646-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2021
• Área de conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Marie-Anne Van Sluys
• Beneficiário: Marcelo Marques Zerillo
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 16/17545-8 - Contribuição de genes, genomas e elementos de transposição na interação entre plantas e micro-organismos: estudo de caso em cana-de-açúcar, AP.BIOEN.TEM
• Assunto(s): Biologia computacional Banco de dados
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Alvos | anotação | atualização de banco de dados | bioclustering | integração de dados heterogêneos | RNA capture | biologia computacional

Resumo

Atualização da plataforma de anotação CARAMUJO desenvolvida no âmbito de projeto anterior (2008/52074-0 e 2012/14607-1) de modo que seja capaz de incorporar os dados que serão gerados no presente projeto "Genes, Genomes & Transposable Elements contribution to plant- microbe interaction: a sugarcane study case" 2016/17545-8. O principal objetivo será integrar sequencias geradas tanto localmente como aquelas provenientes de bancos públicos, em particular os bancos da TIGR, PlantSat, Phytozome, Repbase, SOL Genomics Network. Serão integrados também neste banco dados metabólicos e de expressão gerados experimentalmente pelo grupo GEMAC. A atualização desse banco de dados local será vital para análise dos alvos em foco nos projetos de bolsistas e Temático em andamento. Ademais, os bancos de dados existentes no GEMAC, a saber, ESALQ-Genetica (http://amos.esalq.usp.br/blog/) e GaTE lab (https://gate.ib.usp.br/GateWeb/) precisam ser integrados de modo que os usuários possam analisar os resultados e elaborar hipóteses a serem testadas em experimentos de validação. Por último, o maior desafio que se apresentará para o bolsista TT5 será estabelecer de redes de co-expressão entre os genes dos diferentes microrganismos e de cana de açúcar. A experiência prévia do candidato em análises transferência lateral, diversidade genômica de vírus e de RNAs não codificantes nos auxiliará na descoberta de padrões entre organismos.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MIRANDA, RAQUEL P.; TURRINI, PAULA C. G.; BONADIO, DORA T.; ZERILLO, MARCELO M.; BERSELLI, ARTHUR P.; CRESTE, SILVANA; VAN SLUYS, MARIE-ANNE. Genome Organization of Four Brazilian Xanthomonas albilineans Strains Does Not Correlate with Aggressiveness. MICROBIOLOGY SPECTRUM, v. 11, n. 3, p. 17-pg., 2023-04-13. (08/52074-0, 18/23646-7, 19/05424-0, 18/24646-0, 16/17545-8)