Em tempo real, rápida detecção e sequenciamento de arbovírus no Brasil: Zika, Dengue, Chikungunya e Febre Amarela

• Processo: 18/17176-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2019
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2021
• Área de conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
• Pesquisador responsável: Ester Cerdeira Sabino
• Beneficiário: Ingra Morales Claro
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 19/25047-6 - Estabelecendo uma rápida abordagem móvel para detectar novas epidemias, BE.EP.DD
• Assunto(s): Doenças negligenciadas Análise de sequência de DNA Tempo-real Arbovirus Vírus Zika Dengue Febre de Chikungunya Febre amarela Brasil
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Arbovírus | Brazil | Minion | sequenciamento | Doenças Tropicais

Resumo

As infecções por arbovírus no Brasil, incluindo os Vírus Zika, Chikungunya, Dengue e Febre Amarela, resultam em considerável morbidade e mortalidade, sendo grandes preocupações de saúde pública. No entanto, a nossa compreensão a respeito destes surtos é dificultada devido à disponibilidade limitada de dados de vigilância epidemiológica. Usualmente, estes dados são gerados por ensaios de diagnóstico molecular em que os testes de padronização são caros e carecem de maior especificidade. Consequentemente, temos uma compreensão limitada das interações entre arbovírus em populações humanas e de mosquitos no Brasil, como demonstrado anteriormente pelo vírus Zika em que sua detecção foi adiada pelo menos um ano após o início do surto. Recentemente fomos pioneiros de uma nova abordagem para a vigilância de arboviroses usando um sequenciador portátil, que utiliza tecnologia a base de nanopores para o sequenciamento de genomas em tempo real - chamada "epidemiologia genômica". Isso permite uma detecção sensível que pode ser atribuída a diversos genótipos virais. No entanto, atualmente, os custos e a complexidade desta poderosa técnica (cerca de U$ 100) impedem sua utilização como uma ferramenta de vigilância de rotina em ambientes de laboratório de pesquisa e de saúde pública. Nesta proposta pretendemos resolver três problemas prementes com o sequenciamento portátil para detecção de arbovírus - custo, tempo e complexidade. Continuando uma colaboração altamente produtiva entre a Universidade de São Paulo, a Universidade de Birmingham e a Universidade de Nottingham, que já resultou em publicações de alto impacto nas revistas Nature e Nature Protocols (Faria et al. 2017; Quick et al. 2017), este projeto terá um impacto imediato sobre a vigilância de arbovírus no Brasil e nossa compreensão deste urgente problema de saúde pública. (AU)

Publicações científicas

(8)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

THAÍS DE MOURA COLETTI; CAMILA MALTA ROMANO; PAULO ROBERTO URBINATTI; RENILDO SOUZA TEIXEIRA; LEILA WEISS DE ALMEIDA PEDROSA; MARCELLO SCHIAVO NARDI; DELSIO NATAL; ANTÔNIO CHARLYS DA COSTA; JAQUELINE GOES DE JESUS; INGRA MORALES CLARO; et al. Characterization of insect-specific Culex flavivirus (Flaviviridae) nucleotide sequences in mosquitoes from urban parks in São Paulo, Brazil. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical, v. 55, 2022-09-26. (17/00021-9, 18/17176-8, 19/03859-9, 18/14389-0, 16/18204-0, 19/12000-1, 10/51230-8)

CANDIDO, DARLAN S.; CLARO, INGRA M.; DE JESUS, JAQUELINE G.; SOUZA, WILLIAM M.; MOREIRA, FILIPE R. R.; DELLICOUR, SIMON; MELLAN, THOMAS A.; DU PLESSIS, LOUIS; PEREIRA, RAFAEL H. M.; SALES, FLAVIA C. S.; et al. Evolution and epidemic spread of SARS-CoV-2 in Brazil. Science, v. 369, n. 6508, SI, p. 1255+, SEP 4 2020. (20/04558-0, 16/00194-8, 19/21301-5, 18/14389-0, 18/14933-2, 17/13981-0, 20/04836-0, 18/25468-9, 16/18445-7, 18/09383-3, 18/17176-8, 19/12000-1, 19/07544-2, 19/24251-9)

DE SOUZA, WILLIAM M.; FUMAGALLI, MARCILIO J.; DE LIMA, SHIRLENE T. S.; PARISE, PIERINA L.; CARVALHO, DEYSE C. M.; HERNANDEZ, CRISTIAN; DE JESUS, RONALDO; DELAFIORI, JEANY; CANDIDO, DARLAN S.; CARREGARI, VICTOR C.; et al. Pathophysiology of chikungunya virus infection associated with fatal outcomes. CELL HOST & MICROBE, v. 32, n. 4, p. 26-pg., 2024-04-10. (19/24251-9, 17/26908-0, 22/04420-3, 18/14389-0, 19/27333-6, 19/05155-9, 18/17176-8, 17/25588-1, 19/00098-7, 13/08293-7, 19/05718-3)

FORATO, JULIA; MEIRA, CASSIO A.; CLARO, INGRA M.; AMORIM, MARIENE R.; DE SOUZA, GABRIELA F.; MURARO, STEFANIE P.; TOLEDO-TEIXEIRA, DANIEL A.; DIAS, MIGUEL F.; MENESES, CATIA A. R.; ANGERAMI, RODRIGO N.; et al. Molecular Epidemiology of Mayaro Virus among Febrile Patients, Roraima State, Brazil, 2018-2021. Emerging Infectious Diseases, v. 30, n. 5, p. 4-pg., 2024-05-01. (18/14389-0, 16/00194-8, 18/17176-8, 22/10442-0, 20/04558-0)

COLETTI, THAIS DE MOURA; ROMANO, CAMILA MALTA; URBINATTI, PAULO ROBERTO; TEIXEIRA, RENILDO SOUZA; DE ALMEIDA PEDROSA, LEILA WEISS; NARDI, MARCELLO SCHIAVO; NATAL, DELSIO; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; DE JESUS, JAQUELINE GOES; CLARO, INGRA MORALES; et al. Characterization of insect-specific Culex flavivirus (Flaviviridae) nucleotide sequences in mosquitoes from urban parks in Sao Paulo, Brazil. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical, v. 55, p. 5-pg., 2022-01-01. (18/14389-0, 16/18204-0, 18/17176-8, 10/51230-8, 19/03859-9, 19/12000-1, 17/00021-9)

FERREIRA, GIULIA MAGALHAES; CLARO, INGRA MORALES; GROSCHE, VICTORIA RIQUENA; CANDIDO, DARLAN; JOSE, DIEGO PANDELO; ROCHA, ESMENIA COELHO; COLETTI, THAIS DE MOURA; MANULI, ERIKA REGINA; GABURO JR, NELSON; FARIA, NUNO RODRIGUES; et al. Molecular characterization and sequecing analysis of SARS-CoV-2 genome in Minas Gerais, Brazil. BIOLOGICALS, v. 80, p. 10-pg., 2022-10-01. (18/17176-8, 18/14389-0, 19/12000-1)

IANI, FELIPE C. M.; GIOVANETTI, MARTA; FONSECA, VAGNER; SOUZA, WILLIAM M.; ADELINO, TALITA E. R.; XAVIER, JOILSON; JESUS, JAQUELINE G.; PEREIRA, MAIRA A.; SILVA, MARCOS V. F.; COSTA, ALANA V. B.; et al. Epidemiology and evolution of Zika virus in Minas Gerais, Southeast Brazil. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 91, JUL 2021. (18/14389-0, 17/13981-0, 18/17176-8, 19/12000-1, 19/24251-9)

FARIA, NUNO R.; MELLAN, THOMAS A.; WHITTAKER, CHARLES; CLARO, INGRA M.; CANDIDO, DARLAN DA S.; MISHRA, SWAPNIL; CRISPIM, MYUKI A. E.; SALES, FLAVIA C.; HAWRYLUK, IWONA; MCCRONE, JOHN T.; et al. Genomics and epidemiology of the P.1 SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil. Science, v. 372, n. 6544, p. 815+, MAY 21 2021. (20/04558-0, 19/21568-1, 19/21301-5, 18/14389-0, 17/13981-0, 20/04272-9, 18/25468-9, 16/18445-7, 19/21858-0, 18/17176-8, 19/12000-1, 19/07544-2, 18/12579-7, 19/24251-9)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

CLARO, Ingra Morales. Em tempo real, rápida detecção e sequenciamento de arbovírus no Brasil. 2021. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina (FM/SBD) São Paulo.