Abordagens genômicas para revelar a estrutura epigenômoica em trypanossomas sujeitos a mudanças no seu estado metabólico e durante o ciclo celular

• Processo: 19/19690-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2019
• Data de Término da vigência: 13 de agosto de 2021
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Parasitologia - Protozoologia de Parasitos
• Acordo de Cooperação: MRC, UKRI ; Newton Fund, com FAPESP como instituição parceira no Brasil
• Pesquisador responsável: Ariel Mariano Silber
• Beneficiário: Alex Ranieri Jerônimo Lima
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 18/14432-3 - Uma rede para uma biologia integrativa em doenças negligenciadas: conectando a epigenética, o metabolismo e a biologia celular em tripanossomatídeos patogênicos, AP.TEM
• Assunto(s): Metabolismo Leishmania Epigênese genética Trypanosoma Ciclo celular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: ciclo celular | epigenética | leishmania | metabolismo | Trypanosoma | Bioquimica de Parasitas

Resumo

Parasitas submetidos a diferentes contextos metabólicos, como estresse metabólico grave ou condições de estresse metabólico na presença de fontes únicas de carbono e energia para manutenção (PBS suplementado com glicose, prolina, histidina ou leucina) podem ter epigenomos diferentes. Essas diferenças podem afetar o ciclo celular, diferenciação ou invasão de células hospedeiras entre outros processos. Nesta proposta, avaliaremos o epigenoma de parasitas mantidos em diferentes condições metabólicas. Tiraremos proveito de dois métodos genômicos que permitem identificar a posição dos nucleossomos, bem como sequências regulatórias putativas, possivelmente associadas a regiões transcritas altamente ativas. Essas duas abordagens serão complementares e possibilitarão discriminar regiões genômicas importantes imparciais associadas aos estados metabólicos ou ao ciclo celular. Para esse fim, uma abordagem bioinformática intensa para integrar esses conjuntos de dados, bem como explorar anotações funcionais disponíveis em conjuntos de dados públicos. também ser implementado. Além disso, a comparação entre os dados de T.cruzi e Leishmania será usada como um recurso valioso para melhor entender as semelhanças e diferenças inerentes à sua biologia. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

LIMA, ALEX R. J.; DE ARAUJO, CHRISTIANE B.; BISPO, SALOE; PATANE, JOSE; SILBER, ARIEL M.; ELIAS, M. CAROLINA; DA CUNHA, JULIA P. C.. Nucleosome landscape reflects phenotypic differences in Trypanosoma cruzi life forms. PLOS PATHOGENS, v. 17, n. 1, JAN 2021. (18/15553-9, 19/19690-3, 18/14432-3, 16/50050-2, 13/07467-1)

JERONIMO LIMA, ALEX RANIERI; DE SOUSA SILVA, HERBERT GUIMARAES; POUBEL, SALOE; ROSON, JULIANA NUNES; OLIVEIRA DE LIMA, LOYZE PAOLA; COSTA-SILVA, HELLIDA MARINA; GONCALVES, CAMILA SILVA; GALANTE, PEDRO A. F.; HOLETZ, FABIOLA; MOTTA, MARIA CRISTINA MACHADO M.; et al. Open chromatin analysis in Trypanosoma cruzi life forms highlights critical differences in genomic compartments and developmental regulation at tDNA loci. EPIGENETICS & CHROMATIN, v. 15, n. 1, p. 16-pg., 2022-06-01. (13/07467-1, 18/15553-9, 20/02708-4, 18/14432-3, 19/19834-5, 19/19690-3)