Diversidade genética dos genes HLA de classe II em populações mundiais e detecção de variantes que influenciam o perfil de expressão desses genes

• Processo: 21/02815-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2021
• Data de Término da vigência: 19 de dezembro de 2021
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Erick da Cruz Castelli
• Beneficiário: Nayane dos Santos Brito Silva
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FMB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Assunto(s): Imunogenética Genes classe II do complexo de histocompatibilidade (MHC) Expressão gênica Sequenciamento de nova geração Variação genética Polimorfismo de um único nucleotídeo Haplotipos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: HLA de classe II | Ngs | Variabilidade | Imunogenética

Resumo

Os genes HLA de classe II codificam moléculas que participam do processo de apresentação antigênica, sendo, portanto, importante em diversos contextos fisiológico e patológicos, como infecções, reação enxerto-hospedeiro, neoplasias e doenças autoimunes. A variabilidade é uma importante característica desses genes, permitindo a apresentação de milhares de peptídeos diferentes. Polimorfismos em íntrons e regiões regulatórias podem ter efeitos significativos na função biológica desses genes, tais como mudanças nos seus níveis de expressão e edição alternativa do transcrito primário. Avaliaremos a diversidade genética (SNPs e haplótipos) dos principais genes da região do MHC de classe II, HLA-DRA, HLA-DRB1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DPA1, HLA-DPB1, TAP1, TAP2, HLA-DMA, HLA-DMB, HLA-DOA e HLA-DOB, em 4507 amostras de 84 populações diferentes, por meio de sequenciamento de nova geração e métodos computacionais elaborados para este projeto. Em seguida, será avaliado o perfil de expressão desses genes em 460 amostras da fase anterior, buscando-se variantes que influenciam o perfil de expressão e de edição do transcrito primário. Os dados de variabilidade constituirão o perfil das populações estudadas e poderão ser usados futuramente em estudos populacionais e em estudos de associações com doenças, em especial doenças autoimunes. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

SILVA, NAYANE DOS SANTOS BRITO; SOUZA, ANDREIA DA SILVA; ANDRADE, HELOISA DE SOUZA; PEREIRA, RAPHAELA NETO; CASTRO, CAMILA FERREIRA BANNWART; VINCE, NICOLAS; LIMOU, SOPHIE; NASLAVSKY, MICHEL SATYA; ZATZ, MAYANA; DUARTE, YEDA APARECIDA DE OLIVEIRA; et al. Immunogenetics of HLA-B: SNP, allele, and haplotype diversity in populations from different continents and ancestry backgrounds. HLA, v. 101, n. 6, p. 13-pg., 2023-04-02. (17/19223-0, 13/17084-2, 21/02815-8)

SILVA, NAYANE S. B.; BOURGUIBA-HACHEMI, SONIA; CIRIACO, VIVIANE A. O.; KNORST, STEFAN H. Y.; CARMO, RAMON T.; MASOTTI, CIBELE; MEYER, DIOGO; NASLAVSKY, MICHEL S.; DUARTE, YEDA A. O.; ZATZ, MAYANA; et al. A multi-ethnic reference panel to impute HLA classical and non-classical class I alleles in admixed samples: Testing imputation accuracy in an admixed sample from Brazil. HLA, v. 103, n. 6, p. 12-pg., 2024-06-01. (21/02815-8, 21/14851-9)