Reducao de dimensionalidade para identificacao de arquitetura de redes de regulacao genica e projeto de operadores.

• Processo: 04/03967-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2004
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2008
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Metodologia e Técnicas da Computação
• Pesquisador responsável: Roberto Marcondes Cesar Junior
• Beneficiário: David Corrêa Martins Junior
• Instituição Sede: Instituto de Matemática e Estatística (IME). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos Análise serial da expressão gênica (SAGE)
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Microarray | Multiresolucao | Reducao De Dimensionalidade | Sage | W-Operadores

Resumo

Redução de dimensionalidade é um problema muito importante da área de reconhecimento de padrões com aplicação em diversos campos do conhecimento. Este documento tem como finalidade apresentar uma proposta de projeto de doutorado que servirá como uma continuação do projeto de mestrado do aluno. Um dos principais resultados de seu mestrado (bolsisfa FAPESP proc. 02/04611-0) foi a elaboração de uma função critério baseada em entropia condicional para seleção de características. Esse método tem se mostrado bastante adequado para identificar genes que separam dois ou mais estados biológicos distintos e para verificação de dependência de um gene com relação aos demais no contexto de bioinformática. Também no contexto de processamento de imagens, esse método mostrou-se viável para construção de W-operadores. Agora, com base nos avanços obtidos da pesquisa de mestrado, pretende-se estender a aplicação desse método para identificação de arquiteturas de redes de regulação gênica em bioinformática, e para construção de filtros W-operadores no contexto de análise multiresolução em processamento de imagens. A aplicação em bioinformática desse doutorado se insere como parte dos esforços do Núcleo de Bioinformática da USP em colaboração com o Ludwig Institute for Cancer Research (pesquisadora Helena Brentani) e o Instituto de Ciências Biomédicas (ICB-USP) (Projeto Malária FAPESP - proc. 2001/09401-0 com o professor Hernando Del Portillo). (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BARRERA‚ J.; CESAR‚ R.M.; HUMES‚ C.; MARTINS‚ D.C.; PATRÃO‚ D.F.C.; SILVA‚ P.J.S.; BRENTANI‚ H.. A feature selection approach for identification of signature genes from SAGE data. BMC Bioinformatics, v. 8, n. 1, p. 169, 2007. (01/09401-0, 04/03967-0)

RIS‚ M.; BARRERA‚ J.; MARTINS JR‚ D.C.. U-curve: A branch-and-bound optimization algorithm for U-shaped cost functions on Boolean lattices applied to the feature selection problem. PATTERN RECOGNITION, v. 43, n. 3, p. 557-568, 2010. (01/09401-0, 99/12765-2, 04/03967-0)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

MARTINS JUNIOR, David Corrêa. Seleção de características e predição intrinsecamente multivariada em identificação de redes de regulação gênica. 2008. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.