Caracterização da rede regulatória e descoberta de genes prognósticos em gliomas

Autor(es)

Pedro Marçal Barcelos

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: São Paulo.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Conjunto das Químicas (IQ e FCF) (CQ/DBDCQ)
• Data de defesa: 2025-02-26

Membros da banca

Otávio Cabral Marques; Paula Paccielli Freire Barguil; Rodrigo Juliani Siqueira Dalmolin; Rodrigo Nalio Ramos

• Orientador: Otávio Cabral Marques

Resumo

Gliomas, os tumores primários mais prevalentes e agressivos do sistema nervoso central, são marcados por fatores transcricionais desregulados e expressão gênica aberrante. Apesar desses avanços, a arquitetura das redes reguladoras de genes (GRNs) que impulsionam, a progressão dos gliomas permanece pouco compreendida. Decifrar essas redes é essencial para identificar vulnerabilidades terapêuticas e melhorar os resultados dos pacientes. Analisamos dados transcriptômicos de 989 gliomas primários utilizando os bancos The Cancer Genoma Atlas (TCGA) e o Chinese Glioma Genome Atlas (CGGA). As GRNs foram reconstruídas com o pacote RTN, e a atividade dos regulons foi avaliada por meio da Análise de Enriquecimento de Conjuntos Gênicos (GSEA). A regularização por elastic net e o modelo de riscos proporcionais de Cox identificaram genes prognósticos associados à sobrevivência. A análise revelou 31 e 32 genes prognósticos nos bancos TCGA e CGGA, respectivamente, com 11 genes compartilhados entre os conjuntos de dados. O enriquecimento funcional indicou que muitos desses genes estão envolvidos no desenvolvimento neural e em processos sinápticos. Entre os principais candidatos, GAS2L3, HOXD123 e OTP mostraram-se fortemente associados aos desfechos de sobrevivência. Dados de RNA-seq de célula única de 201.986 células e identifica novos marcadores prognósticos com potencial relevância clínica. Ao elucidar redes reguladoras chave e seus genes associados, pavimentamos o caminho para futuras investigações sobre a biologia dos gliomas e o desenvolvimento de estratégias terapêuticas direcionadas. (AU)

• Processo FAPESP: 23/06086-6 - Análise integrativa sistêmica de tumores associados às infecções por oncovírus humanos
• Beneficiário: Pedro Marçal Barcelos
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado