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Reconstrução da rede metabólica em escala genômica e melhoramento da produção de polihidroxialcanoatos em Pseudomonas (LFM046)

Processo: 14/08061-1
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Data de Início da vigência: 01 de julho de 2014
Data de Término da vigência: 30 de junho de 2018
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
Pesquisador responsável:José Gregório Cabrera Gomez
Beneficiário:Juliana Cardinali Rezende
Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:10/51692-1 - Engenharia metabólica aplicada à produção de biopolímero, AP.BIOEN.JP
Bolsa(s) vinculada(s):16/24290-6 - Análise do perfil transcricional de Pseudomonas sp. LFM046 e seus recombinantes produzindo biopolímeros / polihidroxialcanoatos a partir de glicose baseado em DNA Microarray e RNASeq., BE.EP.PD
Assunto(s):Sequenciamento de nova geração   Bacteriologia   Poli-hidroxialcanoatos
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Expressão controlada | Polihidroxialcanoatos | Pseudomonas sp | Rede metabólica em escala genômica | sequenciamento de nova geração | Bacteriologia

Resumo

Polihidroxialcanoatos (PHAs) são polímeros biodegradáveis com propriedades termoplásticas produzidos por microrganismos a partir de matéria-prima renovável. PHAs contendo monômeros de cadeia média (PHAMCL) produzido por Pseudomonas sp. possuem um amplo espectro de utilização. A presente proposta tem como principal objetivo o sequenciamento e a anotação genômica de uma nova espécie isolada dePseudomonas (LFM046) produtora de PHAMCL. Eletroforese de campo pulsado também será realizada paradiscriminação/análise comparativa desta nova espécie de Pseudomonas em relação às outras já conhecidas,disponibilizando informações referentes ao número de cromossomos, plasmídios e tamanho esperado dogenoma. Além disso, linhagens recombinantes serão construídas expressando de forma controlada genesespecíficos da via de Entner-Doudoroff (ED) buscando avaliar se o nível de expressão dessa via teminfluência na eficiência de conversão de carboidratos em PHA. O sequenciamento do DNA utilizandosequenciadores de nova geração e anotação genômica desta bactéria aumentará o nosso conhecimento sobrea relação genótipo-fenótipo que governa o seu metabolismo. Os resultados gerados serão utilizados naconstrução de rede metabólica em escala genômica para esta linhagem e seus recombinantes, além deaumentar o conhecimento sobre as vias metabólicas envolvidas na produção de PHAs e direcionar projetos futuros para o desenvolvimento de linhagens melhoradas.

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Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CARDINALI-REZENDE, JULIANA; RADUAN ALEXANDRINO, PAULO MOISES; PEREIRA DE SOUZA NAHAT, RAFAEL AUGUSTO THEODORO; VIEIRA SANT'ANA, DEBORA PARRINE; SILVA, LUIZIANA FERREIRA; CABRERA GOMEZ, JOSE GREGORIO; TACIRO, MARILDA KEICO. Draft Genome Sequence of Pseudomonas sp. Strain LFM046, a Producer of Medium-Chain-Length Polyhydroxyalkanoate. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 3, n. 4, . (10/51692-1, 13/50357-2, 14/08061-1)
CARDINALI-REZENDE, JULIANA; DI GENOVA, ALEX; NAHAT, RAFAEL A. T. P. S.; STEINBUECHEL, ALEXANDER; SAGOT, MARIE-FRANCE; COSTA, RAFAEL S.; OLIVEIRA, HENRIQUE C.; TACIRO, MARILDA K.; SILVA, LUIZIANA F.; GOMEZ, JOSE GREGORIO C.. The relevance of enzyme specificity for coenzymes and the presence of 6-phosphogluconate dehydrogenase for polyhydroxyalkanoates production in the metabolism of Pseudomonas sp. LFM046. International Journal of Biological Macromolecules, v. 163, p. 240-250, . (10/51692-1, 14/08061-1)
PAPP, LUIZ ANTONIO; CARDINALI-REZENDE, JULIANA; JUDICE, WAGNER ALVES DE SOUZA; SANCHES, MARILIA BIXILIA; ARAUJO, WELINGTON LUIZ. Total phosphorus contents currently found in the raw wastewater-Problems and technical solutions for its removal in full-scale wastewater treatment plants. RESOURCES CONSERVATION AND RECYCLING, v. 196, p. 10-pg., . (21/01503-2, 16/25112-4, 14/02205-1, 16/24290-6, 14/08061-1, 17/12510-4)
CARDINALI-REZENDE, JULIANA; RADUAN ALEXANDRINO, PAULO MOISES; PEREIRA DE SOUZA NAHAT, RAFAEL AUGUSTO THEODORO; VIEIRA SANT'ANA, DEBORA PARRINE; SILVA, LUIZIANA FERREIRA; CABRERA GOMEZ, JOSE GREGORIO; TACIRO, MARILDA KEICO. Draft Genome Sequence of Pseudomonas sp. Strain LFM046, a Producer of Medium-Chain-Length Polyhydroxyalkanoate. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 3, n. 4, p. 2-pg., . (10/51692-1, 13/50357-2, 14/08061-1)