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Mapeamento dos pontos de quebra do DNA e investigação dos mecanismos associados a rearranjos genômicos utilizando sequenciamento de nova geração.

Processo: 16/09452-0
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Regular
Data de Início da vigência: 01 de julho de 2017
Data de Término da vigência: 30 de junho de 2019
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina
Pesquisador responsável:Leslie Domenici Kulikowski
Beneficiário:Leslie Domenici Kulikowski
Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FM). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores associados:Chong Ae Kim ; Edmar Zanoteli ; Maria Isabel de Souza Aranha Melaragno
Assunto(s):Sequenciamento de nova geração  Biotecnologia 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Mecanismo de formação | Pontos de quebra | Rearranjos genômicos | sequenciamento de nova geração | Biotecnologia

Resumo

Rearranjos genômicos são alterações estruturais na molécula de DNA e podem ser a causa de inúmeras doenças genéticas. Esses rearranjos são decorrentes de diversos mecanismos de reparo conhecidos, tanto recorrentes como não recorrentes, ou também de um único evento molecular catastrófico. Cada mecanismo gera uma "assinatura" única nos pares de base adjuntos ao local do ponto de quebra. Para identifica-los, é necessário o sequenciamento da região envolvida. A análise dos pontos de quebra dos rearranjos genômicos pode fornecer informações importantes para uma maior compreensão da plasticidade genômica, na geração das anormalidades estruturais e consequências funcionais. Esses estudos são essenciais para o entendimento da maneira que o DNA é reparado, em quais ocasiões ocorrem, quais as consequências para saúde do indivíduo e até mesmo elucidar as diferenças cromossômicas evolutivas. No presente estudo, temos como objetivo sequenciar os pontos de quebra genômicos a fim de identificar o mecanismo formador das alterações encontradas. Para isso, sequenciaremos por métodos de nova geração (SNG, MiSeq - Illumina) os pontos de quebra do DNA em amostras provenientes de 15 pacientes com fenótipo clínico portadores de rearranjos genômicos estruturais. Esperamos encontrar elementos genômicos que nos permitam identificar os mecanismos pelos quais essas alterações foram formadas e quais as possíveis causas iniciadoras desses mecanismos, visando uma maior compreensão dos processos de reparação do genoma. (AU)

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Publicações científicas (7)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CHEHIMI, SAMAR N.; ZANARDO, EVELIN A.; CERONI, JOSE R. M.; NASCIMENTO, AMOM M.; MADIA, FABRICIA A. R.; DIAS, ALEXANDRE T.; FILHO, GIL M. N.; MONTENEGRO, MARLIA M.; DAMASCENO, JULLIAN; COSTA, THAS V. M. M.; et al. Breakpoint delineation in 5p- patients leads to new insights about microcephaly and the typical high-pitched cry. MOLECULAR GENETICS & GENOMIC MEDICINE, . (16/09452-0)
GASPARINI, YANCA; MONTENEGRO, MARILIA M.; NOVO-FILHO, GIL M.; CERONI, JOSE R. M.; HONJO, RACHEL S.; ZANARDO, EVELIN A.; DIAS, ALEXANDRE T.; NASCIMENTO, AMOM M.; COSTA, THAIS V. M. M.; MADIA, FABRICIA A.; et al. Mosaic Trisomy 12 Associated with Overgrowth Detected in Fibroblast Cell Lines. Cytogenetic and Genome Research, v. 157, n. 3, p. 153-157, . (16/09452-0, 16/19360-5)
NOVO-FILHO, GIL M.; CARVALHO, GLEYSON F. S.; NASCIMENTO, AMOM M.; MONTENEGRO, MARILIA M.; DAMASCENO, JULLIAN G.; ZANARDO, EVELIN A.; CHEHIMI, SAMAR N.; OLIVEIRA, YANCA G.; DIAS, ALEXANDRE T.; KIM, CHONG A.; et al. Identifying NAHR mechanism between two distinct Alu elements through breakpoint junction mapping by NGS. META GENE, v. 24, . (16/09452-0)
NOVO FILHO, G. M.; DIAS, A. T.; NASCIMENTO, A. M.; DAMASCENO, J. G.; ZANARDO, E. A.; CHEHIMI, S. N.; MADIA, F. A. R.; AKL, O. S.; MONTENEGRO, M. M.; OLIVEIRA, Y. G.; et al. Multi-gene panel testing improves diagnosis in Brazilian patients with Early-Onset Epilepsy. European Journal of Human Genetics, v. 27, p. 2-pg., . (16/09452-0)
CHEHIMI, SAMAR N.; ZANARDO, EVELIN A.; CERONI, JOSE R. M.; NASCIMENTO, AMOM M.; MADIA, FABRICIA A. R.; DIAS, ALEXANDRE T.; FILHO, GIL M. N.; MONTENEGRO, MARLIA M.; DAMASCENO, JULLIAN; COSTA, THAS V. M. M.; et al. Breakpoint delineation in 5p- patients leads to new insights about microcephaly and the typical high-pitched cry. MOLECULAR GENETICS & GENOMIC MEDICINE, v. 8, n. 2, p. 8-pg., . (16/09452-0)
CHEHIMI, S. N.; ZANARDO, E. A.; MADIA, F. A. R.; DIAS, A. T.; NOVO-FILHO, G. M.; MONTENEGRO, M. M.; NASCIMENTO, A. M.; DAMASCENO, J. G.; OLIVEIRA, Y. G.; VIEIRA, L. L.; et al. Repetitive elements associated with breakpoints of distal 5p deletions suggest mechanisms mediating these rearrangements. European Journal of Human Genetics, v. 27, p. 1-pg., . (16/09452-0)
CHEHIMI, SAMAR NASSER; ALMEIDA, VANESSA TAVARES; NASCIMENTO, AMOM MENDES; ZANARDO, EVELIN ALINE; DE OLIVEIRA, YANCA GASPARINI; DA SILVA CARVALHO, GLEYSON FRANCISCO; WOLFF, BEATRIZ MARTINS; MONTENEGRO, MARILIA MOREIRA; DE ASSUNCAO, NILSON ANTONIO; KIM, CHONG AE; et al. Novel rearrangements between different chromosomes with direct impact on the diagnosis of 5p-syndrome. Clinics, v. 77, p. 6-pg., . (16/09452-0, 18/02385-0)