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Investigação metagenômica dos microbiomas de plantas adaptadas à limitação nutricional de fósforo

Processo: 18/04240-0
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado
Data de Início da vigência: 01 de julho de 2018
Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2021
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Marcelo Falsarella Carazzolle
Beneficiário:Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo
Instituição Sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Assunto(s):Biologia computacional   Metagenômica   Análise de sequência de DNA   Transcriptômica   Bioma   Plantas   Nutrição vegetal   Fósforo   Desenvolvimento de tecnologia
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:fósforo | metagenômica | Microbioma | Velloziaceae | Bioinformática

Resumo

O fósforo é um nutriente essencial para o desenvolvimento das plantas e, portanto, é intensamente consumido por sistema agricultura modernos. Para reduzir a dependência dos fertilizantes à base de fosfato, uma possível estratégia é a utilização de inóculos de microrganismos capazes de aumentar a captação de fósforo pelas plantas. Dessa forma, microbiomas de plantas que colonizam solos pobres em fósforo representam um reservatório natural de microrganismos de potencial biotecnológico. Nesse contexto, propomos a investigação bioinformática dos metagenomas de comunidades microbianas associadas a duas espécies de planta que crescem nos solos extremamente pobres em fósforo dos campos rupestres brasileiros. Ao longo do desenvolvimento deste projeto, serão analisados dados de sequenciamento genômico e transcriptômico dessas comunidades com o objetivo de desvendar as suas composições taxonômicas e mecanismos moleculares. Com esses resultados, esperamos compreender melhor o papel dos microbiomas na nutrição de plantas sob limitação de fósforo e contribuir para o desenvolvimento de novas tecnologias de uso agrícola. (AU)

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Publicações científicas (9)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CAMARGO, ANTONIO P.; SOURKOV, VSEVOLOD; PEREIRA, GONCALO A. G.; CARAZZOLLE, MARCELO F.. RNAsamba: neural network-based assessment of the protein-coding potential of RNA sequences. NAR GENOMICS AND BIOINFORMATICS, v. 2, n. 1, p. 12-pg., . (13/08293-7, 18/04240-0)
CAMARGO, ANTONIO P.; DE SOUZA, RAFAEL S. C.; JOSE, JULIANA; GERHARDT, ISABEL R.; DANTE, RICARDO A.; MUKHERJEE, SUPRATIM; HUNTEMANN, MARCEL; KYRPIDES, NIKOS C.; CARAZZOLLE, MARCELO F.; ARRUDA, PAULO. Plant microbiomes harbor potential to promote nutrient turnover in impoverished substrates of a Brazilian biodiversity hotspot. ISME Journal, v. N/A, p. 17-pg., . (18/19100-9, 18/04240-0, 16/23218-0)
VASCONCELOS, ADRIELLE A.; JOSE, JULIANA; TOKIMATU, PAULO M.; CAMARGO, ANTONIO P.; TEIXEIRA, PAULO J. P. L.; THOMAZELLA, DANIELA P. T.; DO PRADO, V, PAULA F.; FIORIN, GABRIEL L.; COSTA, JULIANA L.; FIGUEIRA, ANTONIO; et al. Adaptive evolution of Moniliophthora PR-1 proteins towards its pathogenic lifestyle. BMC ECOLOGY AND EVOLUTION, v. 21, n. 1, . (16/10498-4, 18/04240-0, 14/06181-0, 13/09878-9, 13/08293-7, 17/13015-7, 14/00802-2, 09/51018-1, 17/13319-6, 13/05979-5, 13/04309-6, 11/23315-1)
ALMEIDA, LUDIMILA DIAS; SILVA, ALI SALIM FARAJ; MOTA, DANIEL CALIXTO; VASCONCELOS, ADRIELLE AYUMI; CAMARGO, ANTONIO PEDRO; PIRES, GABRIEL SILVA; FURLAN, MONIQUE; FREIRE, HELENA MARTINS RIBEIRO DA CUNHA; KLIPPEL, ANGELICA HOLLUNDER; SILVA, SUELEN FERNANDES; et al. Yeast Double Transporter Gene Deletion Library for Identification of Xenobiotic Carriers in Low or High Throughput. MBIO, v. 12, n. 6, . (17/13015-7, 19/14146-3, 17/01986-8, 18/04240-0, 18/05328-8, 18/16672-1, 15/03553-6, 19/17876-2)
ARONEY, SAMUEL T. N.; NEWELL, RHYS J. P.; NISSEN, JAKOB N.; CAMARGO, ANTONIO PEDRO; TYSON, GENE W.; WOODCROFT, BEN J.. CoverM: read alignment statistics for metagenomics. Bioinformatics, v. 41, n. 4, p. 4-pg., . (18/04240-0)
CAMARGO, ANTONIO PEDRO; CORREA DE SOUZA, RAFAEL SOARES; COSTA, PATRICIA DE BRITTO; GERHARDT, ISABEL RODRIGUES; DANTE, RICARDO AUGUSTO; TEODORO, GRAZIELLE SALES; ABRAHAO, ANNA; LAMBERS, HANS; CARAZZOLLE, MARCELO FALSARELLA; HUNTEMANN, MARCEL; et al. Microbiomes of Velloziaceae from phosphorus-impoverished soils of the campos rupestres, a biodiversity hotspot. SCIENTIFIC DATA, v. 6, . (16/23218-0, 18/04240-0)
NAYFACH, STEPHEN; CAMARGO, ANTONIO PEDRO; SCHULZ, FREDERIK; ELOE-FADROSH, EMILEY; ROUX, SIMON; KYRPIDES, NIKOS C.. CheckV assesses the quality and completeness of metagenome-assembled viral genomes. NATURE BIOTECHNOLOGY, v. 39, n. 5, . (16/23218-0, 18/04240-0)
PAPES, FABIO; CAMARGO, ANTONIO P.; DE SOUZA, JANAINA S.; CARVALHO, VINICIUS M. A.; SZETO, RYAN A.; LAMONTAGNE, ERIN; TEIXEIRA, JOSE R.; AVANSINI, SIMONI H.; SANCHEZ-SANCHEZ, SANDRA M.; NAKAHARA, THIAGO S.; et al. Transcription Factor 4 loss-of-function is associated with deficits in progenitor proliferation and cortical neuron content. NATURE COMMUNICATIONS, v. 13, n. 1, p. 26-pg., . (20/11451-7, 18/04240-0, 18/03613-7)
DE CARVALHO, LUCAS M.; CARVALHO, VINICIUS M. A.; CAMARGO, ANTONIO P.; PAPES, FABIO. Gene network analysis identifies dysregulated pathways in an autism spectrum disorder caused by mutations in Transcription Factor 4. SCIENTIFIC REPORTS, v. 15, n. 1, p. 15-pg., . (20/11451-7, 22/12762-1, 19/12914-3, 18/04240-0)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
CAMARGO, Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha. Investigação metagenômica dos microbiomas de plantas adaptadas à limitação nutricional. 2021. Tese de Doutorado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia Campinas, SP.