As bases estruturais da ligação peptídeos intracelulares-proteínas

Resumo

Peptídeos intracelulares são peptídeos que escapam a degradação proteolítica citosólica, não fazem parte do reconhecimento autoimune e acumulam-se no interior da célula. A maioria dos peptídeos intracelulares tem função desconhecida. Recentemente, nosso grupo observou a presença de peptídeos intracelulares na estrutura de complexos protéicos disponíveis no Protein Data Bank (PDB). Para 627 peptídeos humanos identificados, 5286 estruturas estão depositadas na forma de complexos proteína-proteína, onde 48% têm peptídeos intracelulares presentes na interface da interação proteína-proteína, sugerindo que os peptídeos intracelulares fazem parte do domínio de interação proteína-proteína, e podem desempenhar funções biológicas essenciais nas células. A função e a maneira com que essas interações peptídeo-proteína ocorrem ainda necessitam ser elucidadas. O desafio deste projeto é identificar peptídeos intracelulares presentes no peptidoma da célula humana, desenvolver e validar protocolos experimentais de alta precisão que permitam a caracterização das estruturas e interações de peptídeos intracelulares isolados ou complexados, em tempo real. Para otimização dos métodos, utilizaremos células Hek-293 e o peptídeo VRD7, que é um fragmento proveniente da proteína peptidil-prolil cys-trans isoisomerase (FKBP506-binding protein). A caracterização dos efeitos individual e global de peptídeos intracelulares em interações peptídeo-proteína será testada por NanoBit® e cross-linking-MS. O conhecimento gerado poderá demonstrar a relevância biológica dos peptídeos intracelulares e uso potencial como biofármacos com aplicação clínica. (AU)