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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Functional annotation and biological interpretation of proteomics data

Texto completo
Autor(es):
Carnielli, Carolina M. [1] ; Winck, Flavia V. [1] ; Leme, Adriana F. Paes [1]
Número total de Autores: 3
Afiliação do(s) autor(es):
[1] CNPEM, LNBio, Lab Espectrometria Massas, BR-13083970 Campinas, SP - Brazil
Número total de Afiliações: 1
Tipo de documento: Artigo de Revisão
Fonte: BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS; v. 1854, n. 1, p. 46-54, JAN 2015.
Citações Web of Science: 17
Resumo

Proteomics experiments often generate a vast amount of data. However, the simple identification and quantification of proteins from a cell proteome or subproteome is not sufficient for the full understanding of complex mechanisms occurring in the biological systems. Therefore, the functional annotation analysis of protein datasets using bioinformatics tools is essential for interpreting the results of high-throughput proteomics. Although large-scale proteomics data have rapidly increased, the biological interpretation of these results remains as a challenging task. Here we reviewed basic concepts and different programs that are commonly used in proteomics data functional annotation, emphasizing the main strategies focused in the use of gene ontology annotations. Furthermore, we explored the characteristics of some tools developed for functional annotation analysis, concerning the ease of use and typical caveats on ontology annotations. The utility and variations between different tools were assessed through the comparison of the resulting outputs generated for an example of proteomics dataset. (C) 2014 Elsevier B.V. All rights reserved. (AU)

Processo FAPESP: 09/54067-3 - EMU: aquisição de um espectrômetro de massas acoplado a cromatografia líquida para permitir ampliar a capacidade de atendimento de usuários e disponibilizar novas tecnologias no Laboratório de Espectrometria de Massas do Centro de Biologia Molecular Estrutural (ABTLUS)
Beneficiário:Adriana Franco Paes Leme
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
Processo FAPESP: 09/52833-0 - Análise diferencial de proteínas e peptídeos extracelulares em carcino ma de células escamosas e células normais utilizando abordagem de proteômica
Beneficiário:Marília Belloni
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Processo FAPESP: 10/19278-0 - Estudo da regulação de ADAMs em câncer oral
Beneficiário:Adriana Franco Paes Leme
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores