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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Integrative analysis to select cancer candidate biomarkers to targeted validation

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Autor(es):
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Kawahara, Rebeca [1] ; Meirelles, Gabriela V. [1] ; Heberle, Henry [2] ; Domingues, Romenia R. [1] ; Granato, Daniela C. [1] ; Yokoo, Sami [1] ; Canevarolo, Rafael R. [1, 3] ; Winck, FlaviaV. [1] ; Ribeiro, Ana Carolina P. [4] ; Brandao, Thais Bianca [4] ; Filgueiras, Paulo R. [5] ; Cruz, Karen S. P. [6] ; Barbuto, Jose Alexandre [6] ; Poppi, Ronei J. [5] ; Minghim, Rosane [2] ; Telles, Guilherme P. [7] ; Fonseca, Felipe Paiva [8] ; Fox, Jay W. [9] ; Santos-Silva, Alan R. [8] ; Coletta, Ricardo D. [8] ; Sherman, Nicholas E. [9] ; Paes Leme, Adriana F. [1]
Número total de Autores: 22
Afiliação do(s) autor(es):
[1] CNPEM, LNBio, Lab Nacl Biociencias, Lab Espectrometria Massas, Campinas, SP - Brazil
[2] Univ Sao Paulo, Inst Ciencias Matemat & Comp, Sao Carlos, SP - Brazil
[3] Ctr Infantil Boldrini, Campinas, SP - Brazil
[4] Inst Canc Estado Sao Paulo, Sao Paulo - Brazil
[5] Univ Estadual Campinas, UNICAMP, Inst Quim, Piracicaba - Brazil
[6] Univ Sao Paulo, Inst Ciencias Biomed, Dept Imunol, BR-05508 Sao Paulo - Brazil
[7] Univ Estadual Campinas, UNICAMP, Inst Comp, Campinas, SP - Brazil
[8] Univ Estadual Campinas, UNICAMP, Fac Odontol Piracicaba, Piracicaba - Brazil
[9] Univ Virginia, WM Keck Biomed Mass Spectrometry Lab, Charlottesville, VA - USA
Número total de Afiliações: 9
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: ONCOTARGET; v. 6, n. 41, p. 43635-43652, DEC 22 2015.
Citações Web of Science: 4
Resumo

Targeted proteomics has flourished as the method of choice for prospecting for and validating potential candidate biomarkers in many diseases. However, challenges still remain due to the lack of standardized routines that can prioritize a limited number of proteins to be further validated in human samples. To help researchers identify candidate biomarkers that best characterize their samples under study, a well-designed integrative analysis pipeline, comprising MS-based discovery, feature selection methods, clustering techniques, bioinformatic analyses and targeted approaches was performed using discovery-based proteomic data from the secretomes of three classes of human cell lines (carcinoma, melanoma and non-cancerous). Threeyfeature selection algorithms, namely, Beta-binomial, Nearest Shrunken Centroids (NSC), and Support Vector Machine-Recursive Features Elimination (SVM-RFE), indicated a panel of 137 candidate biomarkers for carcinoma and 271 for melanoma, which were differentially abundant between the tumor classes. We further tested the strength of the pipeline in selecting candidate biomarkers by immunoblotting, human tissue microarrays, label-free targeted MS and functional experiments. In conclusion, the proposed integrative analysis was able to pre-qualify and prioritize candidate biomarkers from discovery-based proteomics to targeted MS. (AU)

Processo FAPESP: 09/54067-3 - EMU: aquisição de um espectrômetro de massas acoplado a cromatografia líquida para permitir ampliar a capacidade de atendimento de usuários e disponibilizar novas tecnologias no Laboratório de Espectrometria de Massas do Centro de Biologia Molecular Estrutural (ABTLUS)
Beneficiário:Adriana Franco Paes Leme
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
Processo FAPESP: 11/22421-2 - Determinação dos sítios de clivagens de alvos de ADAM-17 recombinante em cultura de células humanas
Beneficiário:Rebeca Kawahara Sakuma
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 10/19278-0 - Estudo da regulação de ADAMs em câncer oral
Beneficiário:Adriana Franco Paes Leme
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Processo FAPESP: 09/53839-2 - Criação do Laboratório de Patologia Digital através do uso do escaneador de lâminas histológicas (Aperio® Scanscope CS)
Beneficiário:Oslei Paes de Almeida
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários