| Texto completo | |
| Autor(es): |
Lintzmayer, Carla Negri
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Fertin, Guillaume
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Dias, Zanoni
Número total de Autores: 3
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| Tipo de documento: | Artigo Científico |
| Fonte: | JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY; v. 15, n. 1 FEB 2017. |
| Citações Web of Science: | 3 |
| Resumo | |
Some interesting combinatorial problems have been motivated by genome rearrangements, which are mutations that affect large portions of a genome. When we represent genomes as permutations, the goal is to transform a given permutation into the identity permutation with the minimum number of rearrangements. When they affect segments from the beginning (respectively end) of the permutation, they are called prefix (respectively suffix) rearrangements. This paper presents results for rearrangement problems that involve prefix and suffix versions of reversals and transpositions considering unsigned and signed permutations. We give 2- approximation and (2 +lambda)-approximation algorithms for these problems, where lambda is a constant divided by the number of breakpoints (pairs of consecutive elements that should not be consecutive in the identity permutation) in the input permutation. We also give bounds for the diameters concerning these problems and provide ways of improving the practical results of our algorithms. (AU) | |
| Processo FAPESP: | 13/08293-7 - CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais |
| Beneficiário: | Munir Salomao Skaf |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs |
| Processo FAPESP: | 14/20738-7 - Ordenação de permutações por reversões de prefixo e reversões de sufixo |
| Beneficiário: | Carla Negri Lintzmayer |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto |
| Processo FAPESP: | 15/11937-9 - Investigação de problemas difíceis do ponto de vista algorítmico e estrutural |
| Beneficiário: | Flávio Keidi Miyazawa |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Temático |
| Processo FAPESP: | 14/19401-8 - Algoritmos para rearranjos de genomas |
| Beneficiário: | Zanoni Dias |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Regular |
| Processo FAPESP: | 16/14132-4 - Empacotamentos uni e bidimensionais com restrições de conflitos e remoções |
| Beneficiário: | Carla Negri Lintzmayer |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado |
| Processo FAPESP: | 13/01172-0 - O problema da ordenação de permutações usando operações de prefixo e sufixo |
| Beneficiário: | Carla Negri Lintzmayer |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Doutorado Direto |