Modeling and molecular dynamics indicate that snake venom phospholipase B-like enzymes are Ntn-hydrolases

Autor(es)

Coronado, Monika Aparecida ^[1] ; Olivier, Danilo da Silva ^[1] ; Eberle, Raphael Josef ^[1] ; do Amaral, Marcos Serrou ^[2] ; Arni, Raghuvir Krishnaswamy ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Estadual Paulista, Dept Phys, Multiuser Ctr Biomol Innovat, UNESP, Ibilce, Sao Jose Do Rio Preto, SP - Brazil

^[2] Univ Fed Mato Grosso do Sul, Inst Phys, Campo Grande, MS - Brazil

• Tipo de documento: Artigo de Revisão
• Fonte: Toxicon; v. 153, p. 106-113, OCT 2018.
• Citações Web of Science: 1

Resumo

Phospholipase-B-like (SVPLB-like) enzymes are present in relatively small amounts in a number of venoms, however, their biological function and mechanisms of action are un-clear. A three-dimensional model of the SVPLB-like enzyme from Crotalus adamanteus was generated by homology modeling based on the crystal structures of bovine Ntn-hydrolyases and the modeled protein possesses conserved domains characteristic of Ntn-hydrolases. Molecular dynamics simulations indicate that activation by autocatalytic cleavage results in the removal of 25 amino acids which increases accessibility to the active site. SVPLB-like enzymes possess a highly reactive cysteine and are hence amidases that to belong to the N-terminal nucleophile (Ntn) hydrolase family. The Ntn-hydrolases (N-terminal nucleophile) form a superfamily of diverse enzymes that are activated auto catalytically; wherein the N-terminal catalytic nucleophile is implicated in the cleavage of the amide bond. (AU)

• Processo FAPESP: 16/08104-8 - Aspectos funcionais e estruturais de duas proteínas de ligação de DNA codificadas pela Corynebacterium pseudotuberculosis
• Beneficiário: Raphael Josef Eberle
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 16/12904-0 - Mecanismos e Interações Moleculares de Moléculas Bioativas com a Protease NS3 do Zika Vírus.
• Beneficiário: Monika Aparecida Coronado
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 15/18868-2 - Aquisição de equipamento multiusuário para biologia molecular e estrutural
• Beneficiário: Raghuvir Krishnaswamy Arni
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Processo FAPESP: 09/53989-4 - EMU: aquisição de espectrômetro de ressonância magnética nuclear para estudos de biomoléculas
• Beneficiário: Raghuvir Krishnaswamy Arni
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Processo FAPESP: 15/13765-0 - ESTUDOS ESTRUTURAIS E CARACTERIZAÇÃO DE PROTEÍNAS POR CRISTALOGRAFIA DE RAIOS-X E RESSONÂNCIA MAGNETICA NUCLEAR. Investigações estruturais e biofísicas dos mecanismos moleculares de proteínas funcionais
• Beneficiário: Raghuvir Krishnaswamy Arni
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular