Small genetic variation affecting mRNA isoforms associated with marbling and meat color in beef cattle

Autor(es)

Magalhaes Muniz, Maria Malane ; Simielli Fonseca, Larissa Fernanda ; dos Santos Silva, Danielly Beraldo ; Braga Magalhaes, Ana Fabricia ; Ferro, Jesus Aparecido ; Loyola Chardulo, Luiz Artur ; Baldi, Fernando ; Canovas, Angela ; de Albuquerque, Lucia Galvao

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: FUNCTIONAL & INTEGRATIVE GENOMICS; v. N/A, p. 16-pg., 2022-03-19.

Resumo

The aim of this study was to identify mRNA isoforms and small genetic variants that may be affecting marbling and beef color in Nellore cattle. Longissimus thoracic muscle samples from 20 bulls with different phenotypes (out of 80 bulls set) for marbling (moderate (n=10) and low (n=10) groups) and beef color (desirable (n=10) and undesirable (n = 9) group) traits were used to perform transcriptomic analysis using RNA sequencing. Fourteen and 15 mRNA isoforms were detected as differentially expressed (DE) (P-value <= 0.001) between divergent groups for marbling and meat color traits, respectively. Some of those DE mRNA isoforms have shown sites of splicing modified by small structural variants as single nucleotide variant (SNV), insertion, and/or deletion. Enrichment analysis identified metabolic pathways, such as O2/CO2 exchange in erythrocytes, tyrosine biosynthesis, and phenylalanine degradation. The results obtained suggest potential key regulatory genes associated with these economically important traits for the beef industry and for the consumer. (AU)

• Processo FAPESP: 09/16118-5 - Ferramentas genômicas no melhoramento genético de características de importância econômica direta em bovinos da raça Nelore
• Beneficiário: Lucia Galvão de Albuquerque
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 17/10630-2 - Aspectos genéticos da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne em animais da raça Nelore
• Beneficiário: Lucia Galvão de Albuquerque
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 18/11154-2 - Identificação de genes de co-expressão em tecido muscular de bovinos Nelore divergente para fenótipos de marmoreio e índice de fragmentação miofibrilar, usando dados de RNA-Seq
• Beneficiário: Maria Malane Magalhães Muniz
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Processo FAPESP: 11/21241-0 - Estudo da variabilidade genética do perfil de ácidos graxos da carne de bovinos da raça Nelore terminados em confinamento
• Beneficiário: Fernando Sebastián Baldi Rey
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 18/20026-8 - EMU concedido no processo 2017/10630-2: servidor
• Beneficiário: Lucia Galvão de Albuquerque
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários