Optimal population-specific HLA imputation with dimension reduction

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Douillard, Venceslas ; Silva, Nayane dos Santos Brito ; Bourguiba-Hachemi, Sonia ; Naslavsky, Michel S. ; Scliar, Marilia O. ; Duarte, Yeda A. O. ; Zatz, Mayana ; Passos-Bueno, Maria Rita ; Limou, Sophie ; Gourraud, Pierre-Antoine ; Launay, Elise ; Castelli, Erick C. ; Vince, Nicolas

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: HLA; v. 103, n. 1, p. 14-pg., 2023-11-11.

Resumo

Human genomics has quickly evolved, powering genome-wide association studies (GWASs). SNP-based GWASs cannot capture the intense polymorphism of HLA genes, highly associated with disease susceptibility. There are methods to statistically impute HLA genotypes from SNP-genotypes data, but lack of diversity in reference panels hinders their performance. We evaluated the accuracy of the 1000 Genomes data as a reference panel for imputing HLA from admixed individuals of African and European ancestries, focusing on (a) the full dataset, (b) 10 replications from 6 populations, and (c) 19 conditions for the custom reference panels. The full dataset outperformed smaller models, with a good F1-score of 0.66 for HLA-B. However, custom models outperformed the multiethnic or population models of similar size (F1-scores up to 0.53, against up to 0.42). We demonstrated the importance of using genetically specific models for imputing populations, which are currently underrepresented in public datasets, opening the door to HLA imputation for every genetic population. (AU)

• Processo FAPESP: 12/24731-1 - Retrocópias: origens, polimorfismos e variações somáticas
• Beneficiário: Pedro Alexandre Favoretto Galante
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 15/25020-0 - Retroelementos em tumores primários e metastáticos de câncer colorretal.
• Beneficiário: Fernanda Orpinelli Ramos do Rego
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 14/50931-3 - INCT 2014 - Envelhecimento e Doenças Genéticas: Genômica e Metagenômica
• Beneficiário: Mayana Zatz
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 13/08028-1 - CEGH-CEL - Centro de Estudos do Genoma Humano e de Células-Tronco
• Beneficiário: Mayana Zatz
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs
• Processo FAPESP: 17/19223-0 - Análise da variabilidade e estrutura haplotípica dos genes KIR2DL4, KIR3DL2, KIR3DL3, LILRB1(ILT2) e LILRB2 (ILT4) em uma amostra brasileira do estado de São Paulo
• Beneficiário: Erick da Cruz Castelli
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 18/15579-8 - Retroelementos: uma força motriz criando novidades genéticas no genoma humano e de camundongos
• Beneficiário: Pedro Alexandre Favoretto Galante
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores - Fase 2
• Processo FAPESP: 13/17084-2 - Estudo da variabilidade, controle da expressão e história evolutiva dos genes de Classe I do MHC humano
• Beneficiário: Erick da Cruz Castelli
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 20/02413-4 - Retrocópias intragênicas como fonte de novos domínios proteicos em humanos
• Beneficiário: Rafael Luiz Vieira Mercuri
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 14/50649-6 - Estudo SABE: estudo longitudinal de múltiplas coortes sobre as condições de vida e saúde dos idosos do município de São Paulo - coorte 2015
• Beneficiário: Yeda Aparecida de Oliveira Duarte
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático