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Aplicação de metagenômica para descoberta de novos vírus na Mata Atlântica paulista

Processo: 13/22136-1
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Data de Início da vigência: 01 de julho de 2014
Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2018
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia
Pesquisador responsável:Paolo Marinho de Andrade Zanotto
Beneficiário:Nicholas Di Paola
Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Auxílio(s) vinculado(s):18/02055-0 - A adaptação ao uso de codões vertebrados se relaciona com o potencial de emergência do Flavivirus?, PUB.ART   18/02056-7 - Sequência Genoma Completa de um Metapneumovírus Humano Isolado coletado no Brasil, PUB.ART   18/01768-3 - Seqüências completas do genoma de cinco isolados de vírus sincicial respiratório humano coletados no Brasil, PUB.ART   17/24004-6 - Seqüências completas do genoma de dois Vírus da Parainfluenza Humana Tipo 3 Isolados coletados no Brasil, PUB.ART
Assunto(s):Epidemiologia   Metagenômica   Sequenciamento de alta performance   Zoonoses
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Epidemiologia | metagenômica | Novos vírus | Zoonoses | Virologia

Resumo

Abordagens metagenômicas têm possibilitado a descoberta de uma variedade de vírus previamente desconhecidos no meio ambiente e nas populações humanas. No Brasil, a fragmentação e a invasão de áreas florestas tropicais têm aumentado exponencialmente as chances da exposição humana a vírus exóticos e novas zoonoses. A Mata Atlântica presente no Atlântico-Sul margeia pequenas áreas de populações humanas que possuem acesso às metrópoles densamente populadas e portos marítimos. Dado o grande potencial de espalhamento viral, este projeto tem como objetivo coletar amostras de soro em áreas geográficas que apresentam este perfil de maior contato com regiões tropicais próximas a metrópoles. Objetivamos identificar novos vírus utilizando (I) uma abordagem de sequenciamento de alta performance (sequenciamento de segunda geração) e (II) análise in silico dos perfis do modelo de Markov. Ao final, esperamos caracterizar possíveis novas espécies virais e cultivá-las em linhagens celulares a fim de determinar a prevalência da infecção humana por meio sorologia. (AU)

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Publicações científicas (10)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DI PAOLA, NICHOLAS; CUNHA, MARIELTON DOS PASSOS; DURIGON, GIULIANA STRAVINSKAS; BEREZIN, EITAN NAAMAN; DURIGON, EDISON; LEAL OLIVEIRA, DANIELLE BRUNA; DE ANDRADE ZANOTTO, PAOLO MARINHO. Complete Genome Sequence of a Human Metapneumovirus Isolate Collected in Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 6, n. 6, . (14/17766-9, 16/08204-2, 13/22136-1)
BARBOSA, CARLA M.; DI PAOLA, NICHOLAS; CUNHA, MARIELTON P.; RODRIGUES-JESUS, MONICA J.; ARAUJO, DANIELLE B.; SILVEIRA, VANESSA B.; LEAL, FABYANO B.; MESQUITA, FLAVIO S.; BOTOSSO, VIVIANE F.; ZANOTTO, PAOLO M. A.; et al. Yellow Fever Virus RNA in Urine and Semen of Convalescent Patient, Brazil. Emerging Infectious Diseases, v. 24, n. 1, p. 176-178, . (14/17766-9, 14/21141-4, 16/08727-5, 13/22136-1, 16/08204-2)
DI PAOLA, NICHOLAS; DE MELO FREIRE, CAIO CESAR; DE ANDRADE ZANOTTO, PAOLO MARINHO. Does adaptation to vertebrate codon usage relate to flavivirus emergence potential?. PLoS One, v. 13, n. 1, . (13/22136-1)
DI PAOLA, NICHOLAS; CUNHA, MARIELTON DOS PASSOS; DURIGON, GIULIANA STRAVINSKAS; BEREZIN, EITAN NAAMAN; DURIGON, EDISON; LEAL DE OLIVEIRA, DANIELLE BRUNA; DE ANDRADE ZANOTTO, PAOLO MARINHO. Complete Genome Sequences of Two Human Parainfluenza Virus Type 3 Isolates Collected in Brazil. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 5, n. 49, p. 2-pg., . (14/17766-9, 16/08204-2, 13/22136-1)
DI PAOLA, NICHOLAS; CUNHA, MARIELTON DOS PASSOS; DURIGON, GIULIANA STRAVINSKAS; BEREZIN, EITAN NAAMAN; DURIGON, EDISON; LEAL OLIVEIRA, DANIELLE BRUNA; DE ANDRADE ZANOTTO, PAOLO MARINHO. Complete Genome Sequence of a Human Metapneumovirus Isolate Collected in Brazil. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 6, n. 6, p. 2-pg., . (14/17766-9, 16/08204-2, 13/22136-1)
DI PAOLA, NICHOLAS; CUNHA, MARIELTON DOS PASSOS; DURIGON, GIULIANA STRAVINSKAS; BEREZIN, EITAN NAAMAN; DURIGON, EDISON; LEAL DE OLIVEIRA, DANIELLE BRUNA; DE ANDRADE ZANOTTO, PAOLO MARINHO. Complete Genome Sequences of Two Human Parainfluenza Virus Type 3 Isolates Collected in Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 5, n. 49, . (14/17766-9, 16/08204-2, 13/22136-1)
DI PAOLA, NICHOLAS; CUNHA, MARIELTON DOS PASSOS; DURIGON, GIULIANA STRAVINSKAS; BEREZIN, EITAN NAAMAN; DURIGON, EDISON; LEAL DE OLIVEIRA, DANIELLE BRUNA; DE ANDRADE ZANOTTO, PAOLO MARINHO. Complete Genome Sequences of Five Human Respiratory Syncytial Virus Isolates Collected in Brazil. MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS, v. 6, n. 7, . (14/17766-9, 16/08204-2, 13/22136-1)
FALL, GAMOU; DI PAOLA, NICHOLAS; FAYE, MARTIN; DIA, MOUSSA; DE MELO FREIRE, CAIO CESAR; LOUCOUBAR, CHEIKH; DE ANDRADE ZANOTTO, PAOLO MARINHO; FAYE, OUSMANE; SALL, AMADOU ALPHA. Biological and phylogenetic characteristics of West African lineages of West Nile. PLoS Neglected Tropical Diseases, v. 11, n. 11, . (14/17766-9, 13/22136-1)
DI PAOLA, NICHOLAS; MESQUITA, FLAVIO S.; LEAL DE OLIVEIRA, DANIELLE BRUNA; VILLABONA-ARENAS, CHRISTIAN JULIAN; POUR, SHAHAB ZAKI; DE SOUSA-CAPRA, CARLA; LOPES, GABRIELA PESSANHA; FERRAZ SANTANA, RUBIA ANITA; REBELLO PINHO, JOAO RENATO; BALARINI, KARIME; et al. An Outbreak of Human Parvovirus B19 Hidden by Dengue Fever. Clinical Infectious Diseases, v. 68, n. 5, p. 810-817, . (14/17766-9, 15/25643-7, 13/22136-1)
DI PAOLA, NICHOLAS; CUNHA, MARIELTON DOS PASSOS; DURIGON, GIULIANA STRAVINSKAS; BEREZIN, EITAN NAAMAN; DURIGON, EDISON; LEAL DE OLIVEIRA, DANIELLE BRUNA; DE ANDRADE ZANOTTO, PAOLO MARINHO. Complete Genome Sequences of Five Human Respiratory Syncytial Virus Isolates Collected in Brazil. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 6, n. 7, p. 2-pg., . (14/17766-9, 16/08204-2, 13/22136-1)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
PAOLA, Nicholas Di. Descoberta e caracterização de vírus emergentes e reergentes em áreas peri-florestais.. 2018. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Biomédicas (ICB/SDI) São Paulo.