Análise de redes regulatórias metabólicas na inflamação

Resumo

O projeto irá utilizar métodos computacionais para identificar novas redes de regulação gênicas(GRNs) que coordenam o metabolismo celular durante respostas imunes. As GRNs vão ser gerados pela integração de interações proteína-proteína oriundas de bancos de dados públicos e dados de RNA-seq e microarrays obtidos de células imunes sob uma variedade de processos inflamatórios. Usando métodos como análises de correlação, as GRNs podem ser inferidas a partir destes conjuntos de dados. Estas GRNs candidatas serão então validadas experimentalmente por membros do laboratório de F. Cunha, a fim de confirmar os genes regulados por fatores de transcrição específicos ou por um receptor relacionado ao sistema imune. Uma vez validadas, um objetivo secundário é combinar GRNs de células imunológicas diferentes, a fim de encontrar motivos comuns das GRNs. Estes motivos podem então ser usados para desenvolver modelos matemáticos que permitam a simulação de dinâmicas de expressão gênica. Previsões fenotípicas do modelo que se mostrem interessantes, tais como oscilações na expressão dos genes, podem ser testadas experimentalmente e o resultado pode ser usado para validar e refinar o modelo. Isto irá permitir a análise quantitativa de como fatores de transcrição e seus alvos controlam o metabolismo celular. Tal entendimento do metabolismo celular é imperativo uma vez que o metabolismo celular controla o destino da célula. Este projeto também oferece oportunidades para terapias que visam modular o metabolismo das células, a fim de dirigir a resposta imune no tratamento de desordens inflamatórias. (AU)