Estudos sobre comparação de genomas

• Processo: 18/00031-7
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2018
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2021
• Área do conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Ciência da Computação - Teoria da Computação
• Pesquisador responsável: João Meidanis
• Beneficiário: João Meidanis
• Instituição Sede: Instituto de Computação (IC). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 20/00975-5 - Aplicações da Teoria Matricial de Rearranjos de Genomas, BP.TT
• Assunto(s): Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Arvores Filogenéticas | distância entre genomas | Reconstrução de ancestrais | Biologia Computacional

Resumo

Este projeto busca avançar a teoria matricial de rearranjo de genomas,introduzida por Meidanis, Zanetti e Biller, aplicando-a a casos práticosde comparação de genomas de micróbios, fungos, plantas e mamíferos,através de colaborações com biocientistas. Os principais problemas aatacar aqui giram em torno da construção de filogenias usando rearranjos,e a inferência dos genomas ancestrais nos nós internos destas filogenias.Ao mesmo tempo, é objetivodo projeto refinar os métodos do ponto de vista matemático e computacional,aperfeiçoando os algoritmos que os implementam, e complementando-oscom ferramentas de suporte para facilitar seu uso na prática. (AU)

Publicações científicas

(7)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

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MEIDANIS, JOAO; CHINDELEVITCH, LEONID. Fast median computation for symmetric, orthogonal matrices under the rank distance. Linear Algebra and its Applications, v. 614, p. 21-pg., 2021-02-02. (18/00031-7)

GIUSTI, GUILHERME NAVARRO NILO; JOTTA, PATRICIA YOSHIOKA; LOPES, CAROLINE DE OLIVEIRA; GANAZZA, MONICA APARECIDA; AZEVEDO, AMILCAR CARDOSO; BRANDALISE, SILVIA REGINA; MEIDANIS, JOAO; YUNES, JOSE ANDRES. Test trial of spike-in immunoglobulin heavy-chain (IGH) controls for next generation sequencing quantification of minimal residual disease in acute lymphoblastic leukaemia. British Journal of Haematology, v. 189, n. 4, MAR 2020. (18/00031-7, 17/03942-8)

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MENDOZA, JULIO; PEDRINI, HELIO; PENG, Y; HU, SM; GABBOUJ, M; ZHOU, K; ELAD, M; XU, K. Adaptive Self-supervised Depth Estimation in Monocular Videos. IMAGE AND GRAPHICS (ICIG 2021), PT III, v. 12890, p. 13-pg., 2021-01-01. (18/00031-7, 17/12646-3)