Rede de proteoma do estado de São Paulo

• Processo: 04/14846-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa GENOMA
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2005
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2010
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
• Pesquisador responsável: Fabio Cesar Gozzo
• Beneficiário: Fabio Cesar Gozzo
• Instituição Sede: Associação Brasileira de Tecnologia de Luz Síncrotron (ABTLuS). Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (Brasil). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Proteoma Espectrometria de massas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Proteoma | Respectrometria De Massas

Resumo

Após o desenvolvimento da área de genômica no Brasil, uma enorme quantidade de dados de sequência de DNA foi depositada para vários organismos de interesse científico e, acima de tudo, industrial. Dentre esses organismos encontram-se vários patógenos que tem relação direta com a área agrícola brasileira e, portanto, pode ter um grande impacto comercial. Uma vez montado o banco de dados de genoma, pode-se então começar a atuar em pesquisa que visam não agora os genes, mas sim proteínas, as reais efetoras de toda a bioquímica dos organismos. Com o desenvolvimento da área de espectrometria de massas, é possível hoje analisar proteínas com uma velocidade, sensibilidade e confiança nunca antes atingidas. Isto abriu a possibilidade da execução de projetos proteoma, onde o conjunto das proteínas de um organismo em um determinado estado pode ser determinado, fornecendo informações de grande valia. O presente projeto tem, portanto, o objetivo de realizar uma rede de estudos de proteoma dentro do estado de São Paulo a fim de se desenvolver esta área. Pretende-se utilizar as capacidades e as afinidades dos grupos de pesquisa que já atuam na área de proteínas para desenvolver recursos humanos capacitados na área de proteoma. (AU)

Publicações científicas

(20)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

IGLESIAS, AMADEU H.; SANTOS, LUIZ FERNANDO A.; GOZZO, FABIO C.. Identification of Cross-Linked Peptides by High-Resolution Precursor Ion Scan. Analytical Chemistry, v. 82, n. 3, p. 909-916, FEB 1 2010. (07/55930-1, 04/14846-0, 08/57805-2)

VIDOTTO, ALESSANDRA; HENRIQUE, TIAGO; RAPOSO, LUIZ SERGIO; MANIGLIA, JOSE VICTOR; TAJARA, ELOIZA H.. Salivary and serum proteomics in head and neck carcinomas: Before and after surgery and radiotherapy. CANCER BIOMARKERS, v. 8, n. 2, p. 95-107, 2010. (04/14846-0)

VIDOTTO, ALESSANDRA; MORAIS, ANA T. S.; RIBEIRO, MILENE R.; PACCA, CAROLINA C.; TERZIAN, ANA C. B.; GIL, LAURA H. V. G.; MOHANA-BORGES, RONALDO; GALLAY, PHILIPPE; NOGUEIRA, MAURICIO L.. Systems Biology Reveals NS4B-Cyclophilin A Interaction: A New Target to Inhibit YFV Replication. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, v. 16, n. 4, p. 1542-1555, APR 2017. (09/01400-7, 04/14846-0, 10/05043-1)

GOMES, ALEXANDRE F.; GOZZO, FABIO C.. Chemical cross-linking with a diazirine photoactivatable cross-linker investigated by MALDI- and ESI-MS/MS. Journal of Mass Spectrometry, v. 45, n. 8, p. 892-899, AUG 2010. (04/14846-0, 08/57805-2)

TASHIMA, ALEXANDRE K.; ZELANIS, ANDRE; KITANO, EDUARDO S.; IANZER, DANIELLE; MELO, ROBSON L.; RIOLI, VANESSA; SANT'ANNA, SAVIO S.; SCHENBERG, ANA C. G.; CAMARGO, ANTONIO C. M.; SERRANO, SOLANGE M. T.. Peptidomics of Three Bothrops Snake Venoms: Insights Into the Molecular Diversification of Proteomes and Peptidomes. MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, v. 11, n. 11, p. 1245-1262, NOV 2012. (04/14846-0, 07/54626-7, 98/14307-9, 11/10468-4, 09/15932-0)

BEREZNIUK, IRYNA; SIRONI, JUAN; CALLAWAY, MYRASOL B.; CASTRO, LEANDRO M.; HIRATA, IZAURA Y.; FERRO, EMER S.; FRICKER, LLOYD D.. CCP1/Nna1 functions in protein turnover in mouse brain: Implications for cell death in Purkinje cell degeneration mice. FASEB JOURNAL, v. 24, n. 6, p. 1813-1823, JUN 2010. (04/14846-0, 04/04933-2)

GELMAN, JULIA S.; SIRONI, JUAN; CASTRO, LEANDRO M.; FERRO, EMER S.; FRICKER, LLOYD D.. Hemopressins and other hemoglobin-derived peptides in mouse brain: comparison between brain, blood, and heart peptidome and regulation in Cpefat/fat mice. Journal of Neurochemistry, v. 113, n. 4, p. 871-880, MAY 2010. (04/14846-0, 04/04933-2)

IGLESIAS, AMADEU H.; SANTOS, LUIZ F. A.; GOZZO, FABIO C.. Collision-Induced Dissociation of Lys-Lys Intramolecular Crosslinked Peptides. JOURNAL OF THE AMERICAN SOCIETY FOR MASS SPECTROMETRY, v. 20, n. 4, p. 557-566, APR 2009. (04/14846-0)

LEME‚ A.F.P.; KITANO‚ E.S.; FURTADO‚ M.F.; VALENTE‚ R.H.; CAMARGO‚ A.; HO‚ P.L.; FOX‚ J.W.; SERRANO‚ S.M.T.. Analysis of the subproteomes of proteinases and heparin-binding toxins of eight Bothrops venoms. PROTEOMICS, v. 9, n. 3, p. 733-745, 2009. (04/14846-0, 98/14307-9, 06/60197-9, 04/15974-1)

GALLO, JOSE RENATO B.; MASCHIO-SIGNORINI, LARISSA B.; CABRAL, CELSO R. B.; DE CAMPOS ZUCCARI, DEBORA A. P.; NOGUEIRA, MAURICIO L.; BOZOLA, ANTONIO R.; CURY, PATRICIA M.; VIDOTTO, ALESSANDRA. Skin Protein Profile after Major Weight Loss and Its Role in Body Contouring Surgery. PLASTIC AND RECONSTRUCTIVE SURGERY-GLOBAL OPEN, v. 7, n. 8, AUG 2019. (04/14846-0)

VIDOTTO, ALESSANDRA; POLACHINI, GIOVANA M.; DE PAULA-SILVA, MARINA; OLIANI, SONIA M.; HENRIQUE, TIAGO; LOPEZ, ROSSANA V. M.; CURY, PATRICIA M.; NUNES, FABIO D.; GOIS-FILHO, JOSE F.; DE CARVALHO, MARCOS B.; et al. Differentially expressed proteins in positive versus negative HNSCC lymph nodes. BMC MEDICAL GENOMICS, v. 11, AUG 29 2018. (04/14846-0, 04/12054-9)

PAES LEME, ADRIANA F.; SHERMAN, NICHOLAS E.; SMALLEY, DAVID M.; SIZUKUSA, LETICIA O.; OLIVEIRA, ANA K.; MENEZES, MILENE C.; FOX, JAY W.; SERRANO, SOLANGE M. T.. Hemorrhagic Activity of HF3, a Snake Venom Metalloproteinase: Insights from the Proteomic Analysis of Mouse Skin and Blood Plasma. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, v. 11, n. 1, p. 279-291, JAN 2012. (04/14846-0, 06/50059-8, 98/14307-9, 04/15974-1)

WARDMAN, JONATHAN H.; ZHANG, XIN; GAGNON, SANDRA; CASTRO, LEANDRO M.; ZHU, XIAORONG; STEINER, DONALD F.; DAY, ROBERT; FRICKER, LLOYD D.. Analysis of peptides in prohormone convertase 1/3 null mouse brain using quantitative peptidomics. Journal of Neurochemistry, v. 114, n. 1, p. 215-225, JUL 2010. (04/14846-0, 04/04933-2)

OLIVEIRA, ANA K.; PAES LEME, ADRIANA F.; ASSAKURA, MARINA T.; MENEZES, MILENE C.; ZELANIS, ANDRE; TASHIMA, ALEXANDRE K.; LOPES-FERREIRA, MONICA; LIMA, CARLA; CAMARGO, ANTONIO C. M.; FOX, JAY W.; et al. Simplified procedures for the isolation of HF3, bothropasin, disintegrin-like/cysteine-rich protein and a novel P-I metalloproteinase from Bothrops jararaca venom. Toxicon, v. 53, n. 7-8, p. 797-801, JUN 2009. (04/14846-0, 98/14307-9, 04/15974-1)

ZELANIS, ANDRE; TASHIMA, ALEXANDRE K.; PINTO, ANTONIO F. M.; LEME, ADRIANA F. PAES; STUGINSKI, DANIEL R.; FURTADO, MARIA F.; SHERMAN, NICHOLAS E.; HO, PAULO L.; FOX, JAY W.; SERRANO, SOLANGE M. T.. Bothrops jararaca venom proteome rearrangement upon neonate to adult transition. PROTEOMICS, v. 11, n. 21, p. 4218-4228, NOV 2011. (04/14846-0, 07/54626-7, 98/14307-9)

SANTOS, LUIZ F. A.; IGLESIAS, AMADEU H.; GOZZO, FABIO C.. Fragmentation features of intermolecular cross-linked peptides using N-hydroxy-succinimide esters by MALDI- and ESI-MS/MS for use in structural proteomics. Journal of Mass Spectrometry, v. 46, n. 8, p. 742-750, AUG 2011. (07/55930-1, 04/14846-0, 08/57805-2)

PILAU, EDUARDO J.; IGLESIAS, AMADEU H.; GOZZO, FABIO C.. A new label-free approach for the determination of reaction rates in oxidative footprinting experiments. ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY, v. 405, n. 24, p. 7679-7686, SEP 2013. (04/14846-0, 08/57805-2)

RODRIGUES-LISONI, FLAVIA C.; PEITL, JR., PAULO; VIDOTTO, ALESSANDRA; POLACHINI, GIOVANA M.; MANIGLIA, JOSE V.; CARMONA-RAPHE, JULIANA; CUNHA, BIANCA R.; HENRIQUE, TIAGO; SOUZA, CAIQUE F.; TEIXEIRA, RODRIGO A. P.; et al. Genomics and proteomics approaches to the study of cancer-stroma interactions. BMC MEDICAL GENOMICS, v. 3, MAY 4 2010. (04/14846-0, 06/60162-0, 04/12054-9)

KOOLEN, HECTOR H. F.; GOMES, ALEXANDRE F.; SCHWAB, NICOLAS V.; EBERLIN, MARCOS N.; GOZZO, FABIO C.. Imidate-Based Cross-Linkers for Structural Proteomics: Increased Charge of Protein and Peptide Ions and CID and ECD Fragmentation Studies. JOURNAL OF THE AMERICAN SOCIETY FOR MASS SPECTROMETRY, v. 25, n. 7, p. 1181-1191, JUL 2014. (08/57805-2, 04/14846-0)

ARRUDA SANTOS, LUIZ FERNANDO; EBERLIN, MARCOS NOGUEIRA; GOZZO, FABIO CESAR. IRMPD and ECD fragmentation of intermolecular cross-linked peptides. Journal of Mass Spectrometry, v. 46, n. 3, p. 262-268, MAR 2011. (04/14846-0, 08/57805-2)