EMU concedido no processo 2013/13309-0 - aquisição do sistema de eletroforese capilar com detector de fluorescência - Beckman Coulter

• Processo: 14/07135-1
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Equipamentos Multiusuários
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2016
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
• Pesquisador responsável: Mário Tyago Murakami
• Beneficiário: Mário Tyago Murakami
• Instituição Sede: Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM). Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (Brasil). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 13/13309-0 - Estudos do comportamento funcional e estrutural de enzimas evolutivamente especializadas na degradação de biomassa vegetal com potenciais aplicações biotecnológicas, AP.R
• Assunto(s): Biomassa Catálise Hidrolases Eletroforese capilar
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Degradação de biomassa vegetal | Estrutura | função | hidrolases glicosídicas | Mecanismos de catálise | Cristalografia de Macromoléculas
• Página web do EMU: Página do Equipamento Multiusuário não informada
• Tipo de equipamento: Caracterização e Análises de Amostras - Proteínas/Ácidos nuclêicos - Eletroforese
• Fabricante: Fabricante não informado
• Modelo: Modelo não informado

Resumo

Os estudos de correlação estrutura-função em hidrolases glicosídicas permitem desvendar diversas estratégias para termoestabilidade, especificidade e modulação - conhecimentos que podem ser empregados para o desenvolvimento do uso otimizado dessas enzimas em processos biotecnológicos, além de subsidiarem o desenho racional de enzimas. Porém, estudos mais aprofundados quanto aos determinantes estruturais para os diversos modos de ação dessas enzimas sobre os substratos, que seria um próximo passo nas investigações, estão limitados ao fato de não se conhecer os modos de ataque ao substrato e seus produtos formados. A caracterização dos produtos de clivagem aliado com estudos de mutagênese sítio-dirigida e a estrutura tridimensional permitem elucidar as bases moleculares do modo de ação dessas enzimas e fornece um entendimento além do que as atuais ferramentas disponíveis permitem. O principal experimento que será rotineiramente realizado neste equipamento é a análise de produtos de reação de hidrolases glicosídicas e para isso, os produtos serão marcados com APTS, uma molécula fluorescente. Assim, para sua detecção é estritamente necessário o acoplamento de um módulo de excitação e detecção de fluorescência. Uma grande variedade de enzimas inéditas tem sido descobertas seja pelo sequenciamento de novos genomas bem como por abordagens metagenômicas e o entendimento dos produtos formados com a caracterização bioquímica e cinética seria crucial para avaliar o potencial biotecnológico dessas enzimas. Hoje o estado-da-arte em estudos sobre aspectos funcionais e estruturais de GHs, tem como pontos fortes a determinação da estrutura tridimensional das enzimas conjugado com uma caracterização funcional detalhada, o que inclui impreterivelmente análise de produtos de clivagem de enzimas selvagens e mutantes. Com este equipamento serão alcançados resultados mais aprofundados e de melhor qualidade no ponto de vista da mecanística dessas enzimas. O Laboratório Automatizado de Cristalização de Proteínas já é uma realidade no LNBio e aliado às estruturas tridimensionais obtidas, poderão ser alcançados novos resultados sobre o modo de ação de enzimas glicosídicas com o novo Sistema de Eletroforese Capilar. Esta aquisição irá ampliar e integrar a capacidade de pesquisa do LNBio, bem como de outras Universidades e Instituições interessadas. (AU)

Publicações científicas

(7)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CRESPIM, ELAINE; ZANPHORLIN, LETICIA M.; DE SOUZA, FLAVIO H. M.; DIOGO, JOSE A.; GAZOLLA, ALEX C.; MACHADO, CARLA B.; FIGUEIREDO, FERNANDA; SOUSA, AMANDA S.; NOBREGA, FELIPE; PELLIZARI, VIVIAN H.; et al. A novel cold-adapted and glucose-tolerant GH1 beta-glucosidase from Exiguobacterium antarcticum B7. International Journal of Biological Macromolecules, v. 82, p. 375-380, JAN 2016. (13/13309-0, 14/07135-1)

SANTOS, CAMILA RAMOS; HOFFMAM, ZAIRA BRUNA; DE MATOS MARTINS, VANESA PEIXOTO; ZANPHORLIN, LETICIA MARIA; DE PAULA ASSIS, LEANDRO HENRIQUE; HONORATO, RODRIGO VARGAS; LOPES DE OLIVEIRA, PAULO SERGIO; RULLER, ROBERTO; MURAKAMI, MARIO TYAGO. Molecular Mechanisms Associated with Xylan Degradation by Xanthomonas Plant Pathogens. Journal of Biological Chemistry, v. 289, n. 46, p. 32186-32200, NOV 14 2014. (13/13309-0, 10/51890-8, 14/07135-1)

DOS SANTOS, CAMILA RAMOS; DE GIUSEPPE, PRISCILA OLIVEIRA; MOREIRA DE SOUZA, FLAVIO HENRIQUE; ZANPHORLIN, LETICIA MARIA; DOMINGUES, MARIANE NORONHA; SIQUEIRA PIROLLA, RENAN AUGUSTO; HONORATO, RODRIGO VARGAS; COSTA TONOLI, CELISA CALDANA; BUENO DE MORAIS, MARIANA ABRAHAO; DE MATOS MARTINS, VANESA PEIXOTO; et al. The mechanism by which a distinguishing arabinofuranosidase can cope with internal di-substitutions in arabinoxylans. BIOTECHNOLOGY FOR BIOFUELS, v. 11, AUG 11 2018. (13/13309-0, 14/17264-3, 15/26982-0, 14/07135-1)

ZANPHORLIN, LETICIA MARIA; DE GIUSEPPE, PRISCILA OLIVEIRA; HONORATO, RODRIGO VARGAS; COSTA TONOLI, CELISA CALDANA; FATTORI, JULIANA; CRESPIM, ELAINE; LOPES DE OLIVEIRA, PAULO SERGIO; RULLER, ROBERTO; MURAKAMI, MARIO TYAGO. Oligomerization as a strategy for cold adaptation: Structure and dynamics of the GH1 beta-glucosidase from Exiguobacterium antarcticum B7. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, MAR 31 2016. (13/13309-0, 14/07135-1)

DIOGO, JOSE ALBERTO; ZANPHORLIN, LETICIA MARIA; SATO, HELIA HARUMI; MURAKAMI, MARIO TYAGO; RULLER, ROBERTO. Molecular cloning, overexpression, purification and crystallographic analysis of a GH43-xylosidase from Bacillus licheniformis. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, v. 71, p. 4-pg., 2015-08-01. (13/10443-7, 13/13309-0, 14/07135-1)

DIOGO, JOSE ALBERTO; ZANPHORLIN, LETICIA MARIA; SATO, HELIA HARUMI; MURAKAMI, MARIO TYAGO; RULLER, ROBERTO. Molecular cloning, overexpression, purification and crystallographic analysis of a GH43-xylosidase from Bacillus licheniformis. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS, v. 71, n. 8, p. 962-965, AUG 2015. (13/13309-0, 13/10443-7, 14/07135-1)

FURTADO, GILVAN P.; SANTOS, CAMILA R.; CORDEIRO, ROSA L.; RIBEIRO, LUCAS F.; DE MORAES, LUIZ A. B.; DAMASIO, ANDR R. L.; POLIZELI, MARIA DE LOURDES T. M.; LOURENZONI, MARCOS R.; MURAKAMI, MARIO T.; WARD, RICHARD J.. Enhanced xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase efficiency in an engineered CBM44-XegA chimera. Applied Microbiology and Biotechnology, v. 99, n. 12, p. 5095-5107, JUN 2015. (10/18850-2, 12/20549-4, 13/18910-3, 13/13309-0, 14/07135-1, 10/07133-8)