Identificação de locos de interesse zootécnico na galinha doméstica

• Processo: 14/08704-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Luiz Lehmann Coutinho
• Beneficiário: Luiz Lehmann Coutinho
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Ana Silvia Alves Meira Tavares Moura ; Clarissa Boschiero ; Gabriel Rodrigues Alves Margarido
• Auxílio(s) vinculado(s): 14/24604-5 - EMU concedido no processo 2014/08704-0: Robot Beckman Biomek FXp target PrEP Express, AP.EMU
• Bolsa(s) vinculada(s): 17/25119-1 - Avaliação de gene associado ao desenvolvimento muscular por meio de edição gênica (CRISPR/Cas9), BP.DR; 16/20440-3 - Análise epigenética de perfil de metilação em frangos submetidos à condições de estresse no ambiente de produção, BP.PD; 16/13589-0 - Validação e associação de SNPs não tolerados com características de crescimento muscular e deposição de gordura em galinhas, BP.MS; + mais bolsas vinculadas 15/10111-0 - Detecção e caracterização de SNPs no gene LEPR por sequenciamento de nova geração em galinhas, BP.IC; 15/00616-7 - Identificação e caracterização de CNVs no genoma da galinha e associação com desenvolvimento de músculo de peito, BP.DR; 14/21380-9 - Estudo de associação ampla do genoma para deposição de gordura e rendimento de carcaça em galinhas, BP.DR - menos bolsas vinculadas
• Assunto(s): Genomas Biologia computacional Análise de sequência de DNA Galinhas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Genoma | Gwas | sequenciamento | Snp | Genômica de aves

Resumo

A galinha doméstica é um importante animal de produção com proteína de alto valor biológico para o consumo humano. Avanços tecnológicos têm permitido a identificação de variações genéticas de forma rápida e com custo relativamente baixo. Os chips densos de SNPs são um recurso valioso para estudos genéticos, tais como a seleção genômica e detecção de loci de características quantitativas. Além disso, com a utilização de milhares de SNPs/INDELs através de metodologias estatísticas apropriadas é possível identificar regiões que tenham sido submetidas à seleção positiva. O objetivo deste projeto é a identificação de regiões genômicas na galinha que controlam características de importância zootécnica. Para este fim realizaremos um estudo de associação global do genoma em 1.000 frangos de corte de uma população experimental com um chip denso de SNPs (600K); re-sequenciamento do genoma completo de quatro linhagens experimentais abatidas em 1999 e 2013 (corte, postura de ovos brancos com e sem seleção, postura de ovos castanhos); identificação, anotação e validação de variações genéticas por meio de Bioinformática; identificação de varreduras seletivas e a construção de um catálogo de variações genéticas para as linhagens brasileiras de galinhas que será comparado com outros bancos de dados. As informações geradas irão complementar os estudos de mapeamento de QTLs já conduzidos por nosso grupo e permitirão um avanço significativo na compreensão dos mecanismos genéticos envolvidos nos processos biológicos de interesse para a avicultura, além de contribuir para o desenvolvimento de ferramentas para a seleção genética de animais superiores e formação de recursos humanos. (AU)

Publicações científicas

(16)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BOSCHIERO, CLARISSA; MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; GHEYAS, ALMAS ARA; GODOY, THAIS FERNANDA; GASPARIN, GUSTAVO; SAMPAIO CORREA MARIANI, PILAR DRUMMOND; PADUAN, MARCELA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; LEDUR, MONICA CORREA; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Genome-wide characterization of genetic variants and putative regions under selection in meat and egg-type chicken lines. BMC Genomics, v. 19, JAN 25 2018. (14/21380-9, 15/00616-7, 14/08704-0)

PERTILLE, FABIO; GUERRERO-BOSAGNA, CARLOS; DA SILVA, VINICIUS HENRIQUE; BOSCHIERO, CLARISSA; DA SILVA NUNES, JOSE DE RIBAMAR; LEDUR, MONICA CORREA; JENSEN, PER; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. High-throughput and Cost-effective Chicken Genotyping Using Next-Generation Sequencing. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, MAY 25 2016. (14/08704-0)

MOREIRA, GABRIEL COSTA MONTEIRO; BOSCHIERO, CLARISSA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; REECY, JAMES M.; GODOY, THAIS FERNANDA; PERTILLE, FABIO; LEDUR, MONICA CORREA; MEIRA TAVARES MOURA, ANA SILVIA ALVES; GARRICK, DORIAN J.; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Integration of genome wide association studies and whole genome sequencing provides novel insights into fat deposition in chicken. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, NOV 1 2018. (15/00616-7, 14/08704-0, 14/21380-9, 16/20440-3, 16/00569-1)

COSTA ALMEIDA, OCTAVIO AUGUSTO; MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; REZENDE, FERNANDA MARCONDES; BOSCHIERO, CLARISSA; PEIXOTO, JANE DE OLIVEIRA; GUARATINI IBELLI, ADRIANA MERCIA; LEDUR, MONICA CORREA; DE NOVAIS, FRANCISCO JOSE; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Identification of selection signatures involved in performance traits in a paternal broiler line. BMC Genomics, v. 20, JUN 3 2019. (14/21380-9, 16/00569-1, 14/08704-0)

MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; POLETI, MIRELE DAIANA; PERTILLE, FABIO; BOSCHIERO, CLARISSA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; GODOY, THAIS FERNANDA; LEDUR, MONICA CORREA; REECY, JAMES M.; GARRICK, DORIAN J.; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Unraveling genomic associations with feed efficiency and body weight traits in chickens through an integrative approach. BMC GENETICS, v. 20, n. 1, NOV 6 2019. (14/21380-9, 16/20440-3, 16/00569-1, 14/08704-0, 15/00616-7)

PERTILLE, FABIO; MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; ZANELLA, RICARDO; DA SILVA NUNES, JOSE DE RIBAMAR; BOSCHIERO, CLARISSA; ROVADOSCKI, GREGORI ALBERTO; MOURAO, GERSON BARRETO; LEDUR, MONICA CORREA; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Genome-wide association study for performance traits in chickens using genotype by sequencing approach. SCIENTIFIC REPORTS, v. 7, FEB 9 2017. (14/08704-0)

SALVIAN, MAYARA; MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; FREITAS SILVEIRA, ROBSON MATEUS; REIS, ANDREA PLOTZKI; D'AURIA, BRAYAN DIAS; PILONETTO, FABRICIO; GERVASIO, IZALLY CARVALHO; LEDUR, MONICA CORRE; COUTINHO, LUIZ LEHMANN; SPANGLER, MATTHEW LEE; et al. Estimation of breeding values using different densities of SNP to inform kinship in broiler chickens. LIVESTOCK SCIENCE, v. 267, p. 8-pg., 2022-11-29. (14/08704-0, 14/21380-9, 16/00569-1)

MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; BOSCHIERO, CLARISSA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; REECY, JAMES M.; GODOY, THAIS FERNANDA; TREVISOLI, PRISCILA ANCHIETA; CANTAO, MAURICIO E.; LEDUR, MONICA CORREA; GUARATINI IBELLI, ADRIANA MERCIA; PEIXOTO, JANE DE OLIVEIRA; et al. A genome-wide association study reveals novel genomic regions and positional candidate genes for fat deposition in broiler chickens. BMC Genomics, v. 19, MAY 21 2018. (14/21380-9, 15/00616-7, 16/00569-1, 14/08704-0)

PERTILLE, FABIO; BRANTSAETER, MARGRETHE; NORDGREEN, JANICKE; COUTINHO, LUIZ LEHMANN; JANCZAK, ANDREW M.; JENSEN, PER; GUERRERO-BOSAGNA, CARLOS. DNA methylation profiles in red blood cells of adult hens correlate with their rearing conditions. Journal of Experimental Biology, v. 220, n. 19, p. 3579-3587, OCT 1 2017. (16/20440-3, 14/08704-0)

PERTILLE, FABIO; IBELLI, ADRIANA MERCIA GUARATINI; SHARIF, MAJ EL; POLETI, MIRELE DAIANA; FROHLICH, ANNA SOPHIE; REZAEI, SHIVA; LEDUR, MONICA CORREA; JENSEN, PER; GUERRERO-BOSAGNA, CARLOS; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Putative Epigenetic Biomarkers of Stress in Red Blood Cells of Chickens Reared Across Different Biomes. FRONTIERS IN GENETICS, v. 11, NOV 2 2020. (16/20440-3, 18/13600-0, 14/08704-0)

MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; SALVIAN, MAYARA; BOSCHIERO, CLARISSA; MELLO CESAR, ALINE SILVA; REECY, JAMES M.; GODOY, THAIS FERNANDA; LEDUR, MONICA CORREA; GARRICK, DORIAN; MOURAO, GERSON BARRETO; COUTINHO, LUIZ L.. Genome-wide association scan for QTL and their positional candidate genes associated with internal organ traits in chickens. BMC Genomics, v. 20, n. 1, AUG 22 2019. (14/21380-9, 16/00569-1, 14/08704-0)

PERTILLE, FABIO; DA SILVA, VINICIUS H.; JOHANSSON, ANNA M.; LINDSTROM, TOM; WRIGHT, DOMINIC; COUTINHO, LUIZ L.; JENSEN, PER; GUERRERO-BOSAGNA, CARLOS. Mutation dynamics of CpG dinucleotides during a recent event of vertebrate diversification. Epigenetics, v. 14, n. 7, MAY 2019. (16/20440-3, 14/08704-0, 18/13600-0)

MARCHESI, J. A. P.; BUZANSKAS, M. E.; CANTAO, M. E.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. O.; JOAQUIM, L. B.; MOREIRA, G. C. M.; GODOY, T. F.; SBARDELLA, A. P.; FIGUEIREDO, E. A. P.; et al. Relationship of runs of homozygosity with adaptive and production traits in a paternal broiler line. ANIMAL, v. 12, n. 6, p. 1126-1134, JUN 2018. (14/08704-0)

PETROLI MARCHESI, JORGE AUGUSTO; ONO, RAFAEL KEITH; CANTAO, MAURICIO EGIDIO; GUARATINI IBELLI, ADRIANA MERCIA; PEIXOTO, JANE DE OLIVEIRA; MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; GODOY, THAIS FERNANDA; COUTINHO, LUIZ LEHMANN; MUNARI, DANISIO PRADO; LEDUR, MONICA CORREA. Exploring the genetic architecture of feed efficiency traits in chickens. SCIENTIFIC REPORTS, v. 11, n. 1, FEB 25 2021. (14/08704-0)

FERNANDES, ANNA CAROLINA; DA SILVA, VINICIUS HENRIQUE; GOES, CAROLINA PURCELL; MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; GODOY, THAIS FERNANDA; GUARATINI IBELLI, ADRIANA MERCIA; PEIXOTO, JANE DE OLIVEIRA; CANTAO, MAURICIO EGIDIO; LEDUR, MONICA CORREA; DE REZENDE, FERNANDA MARCONDES; et al. Genome-wide detection of CNVs and their association with performance traits in broilers. BMC Genomics, v. 22, n. 1, MAY 17 2021. (14/08704-0)

PETRY, BRUNA; MOREIRA, GABRIEL COSTA MONTEIRO; COPOLA, ALINE GONCALVES LIO; DE SOUZA, MARCELA MARIA; DA VEIGA, FERNANDA CRISTINA; JORGE, ERIKA CRISTINA; DE OLIVEIRA PEIXOTO, JANE; LEDUR, MONICA CORREA; KOLTES, JAMES E.; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. SAP30 Gene Is a Probable Regulator of Muscle Hypertrophy in Chickens. FRONTIERS IN GENETICS, v. 12, SEP 27 2021. (14/08704-0)