| Processo: | 11/14455-4 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Doutorado Direto |
| Data de Início da vigência: | 01 de setembro de 2011 |
| Data de Término da vigência: | 30 de junho de 2015 |
| Área de conhecimento: | Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular |
| Pesquisador responsável: | Tie Koide |
| Beneficiário: | Felipe ten Caten |
| Instituição Sede: | Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil |
| Vinculado ao auxílio: | 09/09532-0 - Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica, AP.JP |
| Assunto(s): | Biologia computacional Biologia sistêmica Expressão gênica Regulação da expressão gênica Análise de sequência de RNA Archaea |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | Archaea | modelagem de sinal | RNA-seq | segmentação de sinal | transcritoma | Bioinformática/Biologia Sistêmica |
Resumo Novas tecnologias de sequencimento em larga escala estão revolucionando as pesquisas no campo da transcritômica, fornecendo dados para uma compreensão mais abrangente da Biologia dos organismos ao nível molecular. A possibilidade de sequenciar os transcritos totais de um ser vivo e analisar como eles se manifestam em diferentes condições é um passo fundamental para a elaboração de modelos preditivos do funcionamento celular. Contudo, como a metodologia aplicando sequenciamento em larga escala para o estudo do transcritoma (RNA-seq) é extremamente recente, ela ainda impõe muitos desafios, sobretudo na análise e compreensão dos resultados obtidos. Neste projeto são propostas abordagens que visam o tratamento do sinal gerado através de RNA-seq, com o objetivo de minimizar os efeitos dos ruídos inerentes à técnica e busca por informações adicionais que vão além do mero nível de expressão. Um destes desafios é o que se chama, na área de processamento de sinais, de segmentação. Assim, poderemos delimitar corretamente as porções correspondentes aos transcritos e definir estruturas que podem apresentar papeis biológicos importantes, como novos RNA não-codificantes e regiões regulatórias presentes em RNAs. O desenvolvimento de um modelo para descrever os sinais delimitados de interesse deve auxiliar o mapeamento de novos elementos, contribuindo na compreensão de suas funções na dinâmica e regulação da expressão gênica. (AU) | |
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