Caracterização de rearranjos cromossômicos aparentemente equilibrados e sua relação com o fenótipo dos portadores: sequenciamento dos pontos de quebra e junção por mate-pair sequencing

• Processo: 13/01146-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2013
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Angela Maria Vianna Morgante
• Beneficiário: Ana Carolina dos Santos Fonseca
• Supervisor: Niels Tommerup
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of Copenhagen, Copenhagen, Dinamarca
• Vinculado à bolsa: 11/14293-4 - Caracterização de rearranjos cromossômicos aparentemente equilibrados e sua relação com o fenótipo dos portadores, BP.DR
• Assunto(s): Deficiência mental Citogenética molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: deficiência mental | Genes candidatos | mate-pair sequencing | mecanismos de formação | portadores com malformações congênitas | rearranjos cromossômicos aparentemente equilibrados | sequenciamento dos pontos de quebra e junção | Citogenética Molecular

Resumo

A maioria dos portadores de rearranjos cromossômicos aparentemente equilibrados são clinicamente normais, mas 7% desses rearranjos estão associados a alterações fenotípicas. Nosso projeto de doutorado (Processo FAPESP 2011/14293-4) tem como objetivos identificar mecanismos pelos quais rearranjos cromossômicos aparentemente equilibrados estejam associados de maneira causal a determinados quadros clínicos e contribuir para a compreensão dos mecanismos de formação desses rearranjos. Estudamos rearranjos esporádicos ou herdados de genitores fenotipicamente normais, detectados em pacientes com quadros clínicos diversos. No primeiro ano do projeto, foram estudados 12 rearranjos aparentemente equilibrados. Em quatro deles foram detectados desequilíbrios submicroscópicos nos cromossomos rearranjados e em dois outros foram identificados pontos de quebras adicionais. Apesar de a análise por a-CGH e FISH ter ajudado a revelar a complexidade dos rearranjos, a resolução inferior ao nível de pares de bases dificulta a correlação genótipo-fenótipo, que é dependente de como genes ou regiões reguladoras foram alterados. A análise refinada dos pontos de quebra também é essencial para compreender os mecanismos de formação desses rearranjos. Com este projeto de estágio no laboratório do Prof. Niels Tommerup, da Universidade de Copenhagen, Dinamarca, o objetivo é sequenciar os pontos de quebra e junção nos rearranjos equilibrados que averiguamos, utilizando mate-pair sequencing. No laboratório do Prof. Niels, a técnica foi estabelecida justamente para o estudo em larga escala de rearranjos cromossômicos aparentemente equilibrados, numa colaboração internacional, buscando entender as relações entre genótipos e fenótipos. O laboratório coordenado pela Dra. Angela Morgante foi convidado para participar desse esforço e coordenar a participação de outros laboratórios brasileiros. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MEHRJOUY, MANA M.; FONSECA, ANA CAROLINA S.; EHMKE, NADJA; PASKULIN, GIORGIO; NOVELLI, ANTONIO; BENEDICENTI, FRANCESCO; MENCARELLI, MARIA ANTONIETTA; RENIERI, ALESSANDRA; BUSA, TIFFANY; MISSIRIAN, CHANTAL; et al. Regulatory variants of FOXG1 in the context of its topological domain organisation. European Journal of Human Genetics, v. 26, n. 2, p. 186-196, FEB 2018. (11/14293-4, 13/08028-1, 13/01146-9)

FONSECA, ANA CAROLINA S.; BONALDI, ADRIANO; FONSECA, SIMONE A. S.; OTTO, PAULO A.; KOK, FERNANDO; BAK, MADS; TOMMERUP, NIELS; VIANNA-MORGANTE, ANGELA M.. The segregation of different submicroscopic imbalances underlying the clinical variability associated with a familial karyotypically balanced translocation. MOLECULAR CYTOGENETICS, v. 8, DEC 30 2015. (13/01146-9, 13/08028-1, 11/14293-4)