Análise do transcriptoma de microRNAs no tecido cardíaco da Tilápia do Nilo utilizando RNA-seq e genômica comparativa

• Processo: 13/03644-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2013
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Danillo Pinhal
• Beneficiário: Arthur Casulli de Oliveira
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 14/08420-1 - Análise de miRNAs altamente expressos no coração da Tilápia do Nilo utilizando bioinformática, BE.EP.IC
• Assunto(s): Peixes Genética molecular Genômica MicroRNAs Tilápia-do-Nilo Sequenciamento de alta performance
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Genômica | MicroRNAs | Músculo cardíaco | Peixes | tilápia do Nilo | Genética Molecular

Resumo

MicroRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não codificadores (~22 nucleotídeos) que regulam pós-transcricionalmente a expressão de RNAs mensageiros alvo controlando, assim, a produção de proteínas. Nos vertebrados, o envolvimento de miRNAs no controle do crescimento, desenvolvimento, resposta ao estresse e regeneração, dentre outros processos essenciais, tem sido demonstrado em vários órgãos, incluindo o coração. Ainda, a associação observada entre abundância e diversidade de miRNAs e aumento de complexidade do grupo taxonômico tornaram os miRNAs elementos relevantes tanto no entendimento da evolução de genes e mecanismos regulatórios, através de análises genômicas intraespecíficas, quanto como marcadores filogenéticos em investigações genômicas comparativas. Nos peixes, maior grupo de vertebrados viventes, dentre as ~30.000 espécies conhecidas apenas um pequeno número foi investigado quanto à composição e perfis de expressão de miRNAs. No presente projeto propõe-se o uso de sequenciamento de alta performance ("deep sequencing" ou RNA-seq) combinado à análise genômica comparativa com o objetivo de investigar a organização genômica, a diversidade e a dinâmica evolutiva do conjunto de miRNAs expressos no tecido cardíaco, utilizando como modelo biológico a tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus), que possui genoma completo sequenciado. A partir desses experimentos, será possível identificar combinações de miRNAs e RNAs mensageiros alvos e associá-los à evolução do genoma e à regulação de processos biológicos específicos. Destaca-se que a presente proposta está vinculada a um amplo projeto para caracterização de miRNAs, atualmente em desenvolvimento (Auxílio Regular à Pesquisa FAPESP - 2012/15589-7). (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BOVOLENTA, LUIZ AUGUSTO; PINHAL, DANILLO; ACENCIO, MARCIO LUIS; DE OLIVEIRA, ARTHUR CASULLI; MOXON, SIMON; MARTINS, CESAR; LEMKE, NEY. miRTil: An Extensive Repository for Nile Tilapia microRNA Next Generation Sequencing Data. CELLS, v. 9, n. 8, AUG 2020. (10/20684-3, 12/13450-1, 12/15589-7, 14/08420-1, 15/19176-7, 11/06465-0, 13/03644-6)