Análise de miRNAs altamente expressos no coração da Tilápia do Nilo utilizando bioinformática

• Processo: 14/08420-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Danillo Pinhal
• Beneficiário: Arthur Casulli de Oliveira
• Supervisor: Simon Moxon
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Genome Analysis Centre, Inglaterra
• Vinculado à bolsa: 13/03644-6 - Análise do transcriptoma de microRNAs no tecido cardíaco da Tilápia do Nilo utilizando RNA-seq e genômica comparativa, BP.IC
• Assunto(s): RNAs não codificadores Tecidos (anatomia) Morfologia (anatomia) Evolução biológica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cardiac Tissue | non-coding RNA | Target Genes | Non-coding RNA

Resumo

O coração sofreu diversas mudanças morfológicas levando a um aumento de complexidade funcional durante a evolução dos vertebrados. Atualmente, tais mudanças na complexidade morfológica são reconhecidas como sendo resultado de distintos perfis de expressão de genes de RNAs codificadores e não-codificadores (ncRNAs). Dentre os ncRNAs, microRNAs (miRNAs) têm sido descritos como reguladores chave em diversos processos biológicos, incluindo a regulação de genes associados ao desenvolvimento e manutenção cardíaca. Esta abundante classe de pequenos RNAs age silenciando seus genes alvos, ultimamente inibindo a função proteica. Neste sentido, o estudo dos miRNAs expressos no coração cardíaco da tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus), cujo genoma foi completamente sequenciado, torna-se relevante para o entendimento dos padrões de organização genômica, dos níveis de expressão e da dinâmica evolutiva dos miRNAs nos vertebrados, assim como permitem a descoberta de novos miRNAs com funções desconhecidas. No projeto atualmente em execução (FAPESP - 13/03644-6), utilizando o RNA-seq e ferramentas de bioinformática, foram encontrados mais de uma centena de miRNAs expressos no coração da tilápia do Nilo. Desse total, foram identificados dez miRNAs altamente expressos, o que sugere sua direta participação na regulação da expressão gênica em células cardíacas. Neste projeto, a ser desenvolvido no TGCA Centre, UK, propõe-se a realização de uma análise aprofundada dos miRNAS altamente expressos a fim de identificar seus alvos, e subsequentemente determinar a organização genômica e respectivas vias reguladas por estes genes alvo, utilizando ferramentas de bioinformática robustas e atualizadas. Os resultados gerados serão por si só informativos, bem como se constituirão no ponto de partida para a validação das interações dos miRNAs com seus alvos utilizando experimentos de genética reversa. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BOVOLENTA, LUIZ AUGUSTO; PINHAL, DANILLO; ACENCIO, MARCIO LUIS; DE OLIVEIRA, ARTHUR CASULLI; MOXON, SIMON; MARTINS, CESAR; LEMKE, NEY. miRTil: An Extensive Repository for Nile Tilapia microRNA Next Generation Sequencing Data. CELLS, v. 9, n. 8, AUG 2020. (10/20684-3, 12/13450-1, 12/15589-7, 14/08420-1, 15/19176-7, 11/06465-0, 13/03644-6)