RNAs não-codificadores longos como potenciais biomarcadores para artrite

• Processo: 14/19323-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2015
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Helder Takashi Imoto Nakaya
• Beneficiário: Gustavo Rodrigues Ferreira
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas (FCF). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 12/19278-6 - Biologia de sistemas de longos RNAs não-codificadores, AP.JP
• Assunto(s): Biologia de sistemas Biologia computacional Artrite Biomarcadores Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Artrite | bioinformática | biomarcadores | LncRNA | Biologia de Sistemas

Resumo

A artrite é uma doença inflamatória cujos mecanismos moleculares ainda não são bem compreendidos. Vários estudos de microarray foram feitos na tentativa de elucidar as vias de regulação envolvidas nela, e os dados gerados foram disponibilizados em um banco de dados público. Sabe-se que RNAs não-codificadores longos exercem papéis importantes na regulação de expressão gênica em eucariontes. Nesse estudo, nós propomos analisar os dados disponíveis de microarrays para buscar lncRNAs de relevância para a sinalização da artrite e compreender seu mecanismo de atuação. Para tanto, serão identificados os lncRNAs cuja expressão varia em quadros de artrite e os módulos gênicos com os quais estes RNAs estão envolvidos. Os módulos encontrados serão testados contra estudos não previamente analisados para se avaliar a robustez dos resultados.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

FERREIRA, GUSTAVO RODRIGUES; NAKAYA, HELDER IMOTO; COSTA, LUCIANO DA FONTOURA. Gene regulatory and signaling networks exhibit distinct topological distributions of motifs. Physical Review E, v. 97, n. 4, APR 27 2018. (14/19323-7, 12/19278-6, 15/22308-2)

FERREIRA, GUSTAVO RODRIGUES; NAKAYA, HELDER IMOTO; COSTA, LUCIANO DA FONTOURA. Gene regulatory and signaling networks exhibit distinct topological distributions of motifs. PHYSICAL REVIEW E, v. 97, n. 4, p. 6-pg., 2018-04-27. (14/19323-7, 15/22308-2, 12/19278-6)

RUSSO, PEDRO S. T.; FERREIRA, GUSTAVO R.; CARDOZO, LUCAS E.; BUERGER, MATHEUS C.; ARIAS-CARRASCO, RAUL; MARUYAMA, SANDRA R.; HIRATA, THIAGO D. C.; LIMA, DIOGENES S.; PASSOS, FERNANDO M.; FUKUTANI, KIYOSHI F.; et al. CEMiTool: a Bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses. BMC Bioinformatics, v. 19, FEB 20 2018. (15/25825-8, 13/08216-2, 12/19278-6, 14/19323-7, 14/24162-2, 17/05762-7, 15/20897-0)