Estimativa da diversidade intra e inter populacional gênica e genética do baculovírus Anticarsia gemmatalis múltiplo nucleopoliedrovírus (AgMNPV) em isolados de campo na América do Sul

• Processo: 14/06090-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de janeiro de 2015
• Data de Término da vigência: 20 de janeiro de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Paolo Marinho de Andrade Zanotto
• Beneficiário: Caio César de Melo Freire
• Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Genômica Baculoviridae
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: baculovirus | Dna | ganho e perda de genes | Genômica | Montagem de Genomas | Sequenciamento de alta cobertura | Evolução de vírus com genoma DNA dupla fita

Resumo

A família Baculoviridae compreende um grande e diverso grupo de vírus de DNA de fita dupla com genomas abrangendo de 95 a 130 mil pares de base. Estes vírus infectam diversas ordens de insetos, como por exemplo: Lepidoptera, Diptera, Himenoptera, Sifonaptera, Coleoptera etc. Eles apresentam elevada especificidade de hospedeiro, o que favorece seu emprego como controle biológico. Desde 1978, utiliza-se o baculovírus AgMNPV para se combater a lagarta Anticarsia gemmatalis em plantações de soja no Brasil, já tendo sido aplicado em mais de dois milhões de hectares. No nosso grupo, o genoma do protótipo viral (AgMNPV-2D) foi sequenciado em 2006, assim como seu transcriptoma quantificado em 2013 e proteoma elucidado em 2014. Diversos variantes derivados de populações naturais (isolados geográficos) do AgMNPV já foram analisados previamente por meio de RFLP, evidenciando diversos polimorfismos não caracterizados em detalhes. No intuito de se entender a diversidade genômica, iniciamos o estudo de 17 isolados geográficos selvagens de AgMNPV obtidos entre 1980 e 1990 no Brasil, Argentina e Uruguai. As amostras coletadas são populações naturais geneticamente heterogêneas de cultivos de soja sem histórico de uso de baculovírus como bioinseticida. Até o momento, conseguimos obter de maneira preliminar, por meio de sequenciamento maciçamente paralelizado (Roche 454), as sequências mestre de cada isolado geográfico que são os genótipos mais representativos de cada população, independente de uma análise detalhada de linkage e da composição e frequência de polimorfismos. Este projeto de pós-doutoramento visa o estudo detalhado, usando dados a serem gerados por ultra-deep-sequencing na plataforma Illumina, de diversidade genética dos 17 isolados por meio de uma técnica que possibilitará o estudo de linkage e portanto identificar variantes intra-populacionais. Pretendemos também investigar a heterogeneidade e particionamento de variação ao longo das regiões codificantes, não codificantes e regulatórias dos diferentes genomas. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CAIO CÉSAR DE MELO FREIRE; GIUSEPPE PALMISANO; CARLA T BRACONI; FERNANDA R CUGOLA; FABIELE B RUSSO; PATRICIA CB BELTRÃO-BRAGA; ATILA IAMARINO; DANIEL FERREIRA DE LIMA NETO; AMADOU ALPHA SALL; LIVIA ROSA-FERNANDES; et al. NS1 codon usage adaptation to humans in pandemic Zika virus. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, v. 113, n. 5, 2018-05-10. (14/03911-7, 16/03605-9, 14/17766-9, 12/04818-5, 14/06090-4)

FREIRE, CAIO C. M.; IAMARINO, ATILA; LY SOUMARE, PEINDA O.; FAYE, OUSMANE; SALL, AMADOU A.; ZANOTTO, PAOLO M. A.. Reassortment and distinct evolutionary dynamics of Rift Valley Fever virus genomic segments. SCIENTIFIC REPORTS, v. 5, JUN 23 2015. (10/19341-4, 12/04818-5, 13/15144-8, 14/06090-4)

MAZUR, FERNANDO G.; MORINISI, LEANDRO M.; MARTINS, JUNIOR OLIMPIO; GUERRA, PEDRO PONTES BUENO; FREIRE, CAIO C. M.. xploring Virome Diversity in Public Data in South America as an Approach for Detecting Viral Sources From Potentially Emerging Viruse. FRONTIERS IN GENETICS, v. 12, JAN 21 2022. (14/17766-9, 14/06090-4)