Retroelementos em tumores primários e metastáticos de câncer colorretal.

• Processo: 15/25020-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2016
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2020
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Pedro Alexandre Favoretto Galante
• Beneficiário: Fernanda Orpinelli Ramos do Rego
• Instituição Sede: Hospital Sírio-Libanês. Sociedade Beneficente de Senhoras (SBSHSL). São Paulo , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 17/23575-0 - Estudo sistemático de inserções de Alu em câncer., BE.EP.DR
• Assunto(s): Neoplasias colorretais Biologia computacional Metástase Neoplasias
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Alus | bioinformática | câncer | câncer colorretal | Metástase | retrocópias | Bioinformática

Resumo

O câncer colorretal (CRC) é o terceiro tipo de câncer mais comum em todo o mundo, com mais de 1 milhão de novos casos diagnosticados anualmente. Destes novos casos, cerca de 50% dos pacientes evoluem a óbito principalmente em decorrência do desenvolvimento de tumores secundários, metastáticos, originados a partir dos tumores colorretais primários. Portanto, estudar variações genéticas em tumores secundários é de fundamental importância para se entender melhor a progressão tumoral e proporcionar tratamentos mais efetivos a pacientes acometidos com o CRC. Neste projeto de doutorado vamos desenvolver e utilizar metodologias de bioinformática, agregar dados de sequenciamento de DNA de segunda geração, informações de expressão gênica e epigenéticas para estudar variações genômicas presentes em tumores primários e metastáticos de CRCs. Entre as variações, desenvolveremos métodos para identificar e avaliar o papel funcional daquelas causadas por retrocópias de genes codificadores e Alus, dois tipos pouco explorados de variações genômicas e com grande potencial de serem funcionais. Em termos de resultados, esperamos, de maneira original, ser o primeiro grupo a catalogar eventos somáticos de retrocópias de genes codificadores e Alus em tumores secundários (metastáticos) de CRC. Também pretendemos ser pioneiros na investigação sistemática da possível relação causal entre a ocorrências destas variações geradas por retroelementos e a tumorigênesis para o CRC. De maneira geral, o nosso trabalho pretende investigar dois tipos de variações ainda pouco estudas, sobretudo em tumores secundários, e contribuir para se buscar um entendimento da frequência e importância destas variações na tumorigênesis e na metástase de um tipo muito importante de câncer, o câncer colorretal.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MILLER, THIAGO L. A.; REGO, FERNANDA ORPINELLI; BUZZO, JOSE LEONEL L.; GALANTE, PEDRO A. F.. sideRETRO: a pipeline for identifying somatic and polymorphic insertions of processed pseudogenes or retrocopies. Bioinformatics, v. 37, n. 3, p. 419-421, FEB 1 2021. (15/25020-0, 12/24731-1, 18/15579-8)

NASLAVSKY, MICHEL S.; SCLIAR, MARILIA O.; YAMAMOTO, GUILHERME L.; WANG, JAQUELINE YU TING; ZVERINOVA, STEPANKA; KARP, TATIANA; NUNES, KELLY; MAGLIOCCO CERONI, JOSE RICARDO; DE CARVALHO, DIEGO LIMA; DA SILVA SIMOES, CARLOS EDUARDO; et al. Whole-genome sequencing of 1,171 elderly admixed individuals from Sao Paulo, Brazil. NATURE COMMUNICATIONS, v. 13, n. 1, p. 11-pg., 2022-03-04. (12/24731-1, 20/02413-4, 14/50649-6, 13/08028-1, 18/15579-8, 15/25020-0, 17/19223-0, 13/17084-2)