Comparação de potenciais não-específicos com potenciais baseados em estrutura no estudo de enovelamento de proteínas

• Processo: 17/25130-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2019
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Física - Física da Matéria Condensada
• Pesquisador responsável: Vitor Barbanti Pereira Leite
• Beneficiário: Murilo Nogueira Sanches
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Biofísica Simulação de dinâmica molecular Simulação por computador Modelagem computacional Dobramento de proteína
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dinâmica Molecular | Enovelamento de proteínas | Modelo AWSEM | Modelos baseados em estrutura | modelos simplificados | Biofísica Molecular

Resumo

Frente ao desafio de compreender o processo de enovelamento de proteínas através de simulações computacionais, surgiram modelos físicos minimalistas baseados em diferentes premissas e observações experimentais. Um modelo que apresenta eficiência e baixo custo computacional é o modelo baseado em estrutura, no qual seu potencial é obtido através da estrutura nativa de uma proteína. Devido às suas correlações diretas com dados experimentais, esse modelo foi amplamente testado e utilizado pela comunidade científica, de forma a ser referência quanto aos modelos computacionais simplificados. Contudo, há também modelos que utilizam regularidades estatísticas de bioinformática, como é o caso do AWSEM (Associative memory, Water-mediated, Structure and Energy Model), que têm como diferencial a capacidade de predizer a estrutura de uma proteína a partir de sua sequência. O objetivo principal desse projeto é realizar simulações utilizando ambos os modelos, de forma a comparar seus resultados com os dados experimentais, e explorar seus aspectos complementares. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DA SILVA, FERNANDO B.; DE OLIVEIRA, VINICIUS M.; SANCHES, MURILO N.; CONTESSOTO, VINICIUS G.; LEITE, VITOR B. P.. Rational Design of Chymotrypsin Inhibitor 2 by Optimizing Non-Native Interactions. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, v. 60, n. 2, p. 982-988, FEB 2020. (16/19766-1, 16/13998-8, 17/09662-7, 17/25130-5, 18/11614-3, 18/18668-1)