Aplicação de métodos de bioinformática para identificação de infecções virais com impacto em hemoterapia

• Processo: 19/08528-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2019
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2021
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Svetoslav Nanev Slavov
• Beneficiário: Rafael dos Santos Bezerra
• Instituição Sede: Hemocentro de Ribeirão Preto. Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da USP (HCMRP). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 17/23205-8 - Avaliação do impacto de vírus emergentes e re-emergentes em hemoterapia e transplante de células-tronco por meio de técnicas moleculares avançadas, AP.JP
• Assunto(s): Biologia computacional Metagenômica Serviço de hemoterapia Virulência Vírus
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: informação pós-doação | metagenômica | Pipelines | transplante hematopoietico | Viroma | Virus Emergentes | Bioinformática

Resumo

Desde que termo metagenômica foi utilizado pela primeira vez no meio científico pela para identificar comunidades microbianas ambientais por técnicas de sequenciamento do tipo shotgun ou sequenciamento de última geração (SNG) ambos os equipamentos e as aplicações da metagenômica evoluíram drasticamente. Ao longo do tempo, a metagenômica ambiental deu espaço para a utilização da metagenômica clínica, principalmente na caracterização de vírus emergentes. No Brasil, a análise do viroma na área da hemoterapia é ainda pouco praticada. Dentre os maiores desafios, destaca-se a análise bioinformática devido a problemas operacionais e computacionais bem como a falta de recursos devidamente capacitados para analisar o metaviroma. Esta proposta visa a aplicação das ferramentas bioinformáticas (pipelines de bioinformática) em dois aspectos. Por um lado, será avaliada a presença de vírus emergentes em bolsas de sangue indeferidas para doação devido a informação pós-doação (tratamento com hemoderivados) e pacientes com transplante de células-tronco hematopoiéticas (pacientes receptores de hemoderivados). Neste panorama destacam-se os pacientes com transplante hematopoiético que por um lado podem apresentar reativação de várias infecções virais, porém, por outro devido a profunda imunossupressão podem servir como hospedeiros para vírus emergentes. Visando um melhor entendimento das possíveis infecções virais encontradas em hemoderivados e pacientes com transplante hematopoiético, este trabalho visa a aplicação de um pipeline de bioinformática para análise de dados metagenômicos provenientes de SNG. Serão incluídos passos e softwares que visam extrair o máximo de informações possíveis dos vírus presentes nas amostras. Esse trabalho contará com a ajuda de pesquisadores bioinformatas do Instituto Pasteur, Paris, França e o Instituto Nacional de Transfusão Sanguínea da França, Paris, França. (AU)

Publicações científicas

(18)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

VALENCA, IAN NUNES; DOS SANTOS, RAFAEL BEZERRA; PERONNI, KAMILA CHAGAS; SAUVAGE, VIRGINIE; VANDENBOGAERT, MATHIAS; CARO, VALERIE; DA SILVA JUNIOR, WILSON ARAUJO; COVAS, DIMAS TADEU; SILVA-PINTO, ANA CRISTINA; LAPERCHE, SYRIA; et al. Deep sequencing applied to the analysis of viromes in patients with beta-thalassemia. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, v. 63, 2021. (19/07861-8, 18/15826-5, 19/08528-0, 17/23205-8)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; VALENCA, IAN N.; RUY, PATRICIA DE CASSIA; XIMENEZ, JOAO P. B.; SILVA JUNIOR, WILSON A.; COVAS, DIMAS T.; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV N.. The novel coronavirus SARS-CoV-2: From a zoonotic infection to coronavirus disease 2019. Journal of Medical Virology, v. 92, n. 11, JUN 2020. (19/08528-0, 18/15826-5, 19/07861-8)

NUNES VALENCA, I; SILVA-PINTO, A. C.; ARAUJO DA SILVA JUNIOR, W.; COVAS, D. TADEU; KASHIMA, S.; NANEV SLAVOV, S.. Viral metagenomics in Brazilian multiply transfused patients with sickle cell disease as an indicator for blood transfusion safety. TRANSFUSION CLINIQUE ET BIOLOGIQUE, v. 27, n. 4, p. 237-242, NOV 2020. (18/22009-3, 17/23205-8, 19/07861-8, 18/15826-5, 19/08528-0)

ALVES FIGUEIREDO, DAVID LIVINGSTONE; BIANCHI XIMENEZ, JOAO PAULO; FERREIRA SEIVA, FABIO RODRIGUES; PANIS, CAROLINA; BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; FERRASA, ADRIANO; CECCHINI, ALESSANDRA LOURENCO; DE MEDEIROS, ALEXANDRA IVO; ALMEIDA, ANA MARISA FUSCO; RAMAO, ANELISA; et al. COVID-19: The question of genetic diversity and therapeutic intervention approaches. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 44, n. 1, p. 19-pg., 2021-01-01. (17/23205-8, 19/08528-0, 13/08135-2)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; DIEFENBACH, CRISTIANE FRACAO; PEREIRA, DALNEI VEIGA; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Viral metagenomics performed in patients with acute febrile syndrome during Toxoplasma gondii outbreak in south Brazil. Brazilian Journal of Infectious Diseases, v. 24, n. 3, p. 250-255, MAY-JUN 2020. (19/07861-8, 18/15826-5, 19/08528-0, 17/23205-8)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; DE OLIVEIRA, LEONARDO SCALON; MORENO, EDSON L.; UBIALI, EUGENIA M. AMORIM; SILVEIRA, ROBERTA MARANINCHI; DA SILVA JUNIOR, WILSON A.; COVAS, DIMAS TADEU; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV N.. Viral metagenomics in blood donations with post-donation illness reports from Brazil. BLOOD TRANSFUSION, v. 19, n. 2, p. 93-101, MAR-APR 2021. (19/07861-8, 14/50947-7, 19/08528-0)

CAVALCANTE SOUZA, JULIANA VANESSA; SANTOS, HAZERRAL DE OLIVEIRA; LEITE, ANDERSON BRANDAO; GIOVANETTI, MARTA; BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; DE CARVALHO, ENEAS; TODAO BERNARDINO, JARDELINA DE SOUZA; VIALA, VINCENT LOUIS; HADDAD, RODRIGO; CICCOZZI, MASSIMO; et al. Viral Metagenomics for the Identification of Emerging Infections in Clinical Samples with Inconclusive Dengue, Zika, and Chikungunya Viral Amplification. Viruses-Basel, v. 14, n. 9, p. 8-pg., 2022-09-01. (17/23205-8, 18/15826-5, 21/09446-8, 21/11944-6, 20/13194-1, 19/08528-0)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; BITENCOURT, HELLEN TAYANA; COVAS, DIMAS TADEU; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Molecular evolution pattern of Merkel cell polyomavirus identified by viral metagenomics in plasma of high-risk blood donors from the Brazilian Amazon. INFECTION GENETICS AND EVOLUTION, v. 85, NOV 2020. (19/08528-0, 17/23205-8, 18/15826-5, 19/07861-8)

ARTHUR, RODRIGO ALEX; BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; BIANCHI XIMENEZ, JOAO PAULO; MERLIN, BRUNA LAIS; MORRAYE, RAPHAEL DE ANDRADE; NETO, JOAO VALENTINI; NASSER FAVA, NATALIA MELO; ALVES FIGUEIREDO, DAVID LIVINGSTONE; OLIVEIRA DE BIAGI JR, CARLOS ALBERTO; MONTIBELLER, MARIA JARA; et al. Microbiome and oral squamous cell carcinoma: a possible interplay on iron metabolism and its impact on tumor microenvironment. Brazilian Journal of Microbiology, v. 52, n. 3, p. 1287-1302, SEP 2021. (19/08528-0, 17/23205-8, 13/08135-2)

VALENCA, IAN NUNES; BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; DE OLIVEIRA, LUCIANA CORREA OLIVEIRA; COVAS, DIMAS TADEU; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Deep viral metagenomics in patients with haemophilia receiving plasma-derived coagulation factor concentrates. HAEMOPHILIA, v. 27, n. 5, JUL 2021. (20/13194-1, 17/23205-8, 19/08528-0, 19/07861-8)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; DE MELO JORGE, DANIEL MACEDO; CASTRO, ITALO ARAUJO; MORETTO, EDSON LARA; DE OLIVEIRA, LEONARDO SCALON; AMORIM UBIALI, EUGENIA MARIA; COVAS, DIMAS TADEU; ARRUDA, EURICO; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Detection of Influenza A(H3N2) Virus RNA in Donated Blood. Emerging Infectious Diseases, v. 26, n. 7, p. 1621-1623, JUL 2020. (17/23205-8, 19/07861-8, 18/15826-5, 19/08528-0)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; BUB, CAROLINA BONET; PERONNI, KAMILA CHAGAS; DE FIGIUEIREDO BARROS, BRUNA DURAES; DA COSTA LIRA, SANNY MARCELE; KUTNER, JOSE MAURO; COVAS, DIMAS TADEU; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Virome comparison of deferred blood donations obtained from different geographic regions in the Sao Paulo State, Brazil. TRANSFUSION AND APHERESIS SCIENCE, v. 60, n. 3, JUN 2021. (17/23205-8, 19/08528-0, 19/07861-8, 18/15826-5)

RAFAEL DOS SANTOS BEZERRA; KAMILA CHAGAS PERONNI; BRUNA DURÃES DE FIGUEIREDO BARROS; LEONARDO SCALON DE OLIVEIRA; EVANDRA STRAZZA RODRIGUES; ROCHELE AZEVEDO; EUGÊNIA MARIA AMORIM UBIALI; DIMAS TADEU COVAS; SIMONE KASHIMA; SVETOSLAV NANEV SLAVOV. Viral metagenomics in blood donors with post-donation diseases and negative tests for dengue and Zika viruses RNA detection during a major outbreak of arboviruses in Sao Paulo State in 2016. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, v. 62, p. -, 2020. (19/08528-0, 18/15826-5, 19/07861-8, 17/23205-8)

SLAVOV, SVETOSLAV NANEV; BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; RODRIGUES, EVANDRA STRAZZA; SANTOS, ELAINE VIEIRA; BORGES, JOSEANE SERRANO; DE LA ROQUE, DEBORA GLENDA LIMA; PATAN, JOSE SALVATORE LEISTER; LIMA, ALEX RANIERI JERONIMO; RIBEIRO, GABRIELA; VIALA, VINCENT LOUIS; et al. Genomic monitoring of the SARS-CoV-2 B1.1.7 (WHO VOC Alpha) in the Sao Paulo state, Brazil. VIRUS RESEARCH, v. 308, p. 6-pg., 2022-01-15. (20/05367-3, 17/26950-6, 18/15826-5, 19/08528-0)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; XIMENEZ, JOAO PAULO BIANCHI; GIOVANETTI, MARTA; ZUCHERATO, VICTORIA SIMIONATTO; BITENCOURT, HELEN TAYANA; ZIMMERMANN, ANA; ALCANTARA JUNIOR, LUIZ CARLOS JUNIOR; COVAS, DIMAS TADEU; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Metavirome composition of Brazilian blood donors positive for the routinely tested blood-borne infections. VIRUS RESEARCH, v. 311, p. 7-pg., 2022-04-02. (20/13194-1, 17/23205-8, 19/08528-0, 18/15826-5)

BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; SANTOS, ELAINE VIEIRA; SILVEIRA, ROBERTA MARANINCHI; SILVA PINTO, ANA CRISTINA; COVAS, DIMAS TADEU; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV NANEV. Molecular prevalence and genotypes of human pegivirus-1 (HPgV-1) and SENV-like viruses among multiply transfused patients with beta-thalassemia. TRANSFUSION AND APHERESIS SCIENCE, v. 59, n. 2, APR 2020. (19/08528-0)

BEZERRA, RAFAEL S.; BITENCOURT, HELLEN T.; COVAS, DIMAS T.; KASHIMA, SIMONE; SLAVOV, SVETOSLAV N.. Metagenomic identification of human Gemykibivirus-2 (HuGkV-2) in parenterally infected blood donors from the Brazilian Amazon. INTERNATIONAL JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES, v. 98, p. 3-pg., 2020-09-01. (19/08528-0, 18/15826-5, 19/07861-8, 17/23205-8)

ZANETTE, DALILA LUCIOLA; COELHO, KAROLINE BRITO CAETANO ANDRADE; DE CARVALHO, ENEAS; AOKI, MATEUS NOBREGA; NARDIN, JEANINE MARIE; LALLI, LARISSA ARAUJO; BEZERRA, RAFAEL DOS SANTOS; GIOVANETTI, MARTA; ZUCHERATO, VICTORIA SIMIONATTO; DE CAMPOS, GABRIEL MONTENEGRO; et al. Metagenomic insights into the plasma virome of Brazilian patients with prostate cancer. MOLECULAR & CELLULAR ONCOLOGY, v. 10, n. 1, p. 9-pg., 2023-12-31. (19/08528-0, 22/00910-6, 17/23205-8, 20/13194-1)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

BEZERRA, Rafael dos Santos. Aplicação de métodos de bioinformática para identificação de infecções virais com impacto em hemoterapia. 2021. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (PCARP/BC) Ribeirão Preto.