Integração de dados de sequenciamento de microRNA e genotipagem: inferência de ancestralidade local para análise de eQTLs na Coorte Brasileira de Alto Risco

• Processo: 21/09584-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Data de Início da vigência: 12 de janeiro de 2022
• Data de Término da vigência: 11 de abril de 2022
• Área de conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Psiquiatria
• Pesquisador responsável: Marcos Leite Santoro
• Beneficiário: Jessica Honorato Mauer
• Supervisor: Elizabeth Atkinson
• Instituição Sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Baylor College of Medicine, Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 20/02247-7 - Expressão de miRNAs de vesículas extracelulares associados ao aparecimento de sintomas psiquiátricos em adolescentes, BP.MS
• Assunto(s): Genética psiquiátrica MicroRNAs Transtornos psicóticos Ancestralidade Variantes genéticas Expressão gênica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: eQTL | Inferência de Ancestralidade Local | microRNA | Genética Psiquiátrica

Resumo

Os microRNAs (miRNAs) têm um papel na regulação de processos que podem levar ao desenvolvimento de transtornos psiquiátricos. As alterações na expressão de miRNA podem ser mediadas por expression quantitative trait loci (eQTLs), variantes genéticas associadas a variações na expressão gênica. Contudo, visto que eQTLs são informação genómica, a ancestralidade pode influenciar a frequência destas variantes, algo especialmente importante de se considerar em populações que têm um elevado grau de miscigenação, como a população brasileira. A inferência de ancestralidade local (Local Ancestry Inference, LAI) é uma abordagem para atribuir regiões genômicas a um grupo específico de ancestralidade e separar cada componente de ancestralidade para análises subsequentes, permitindo que pesquisadores ajustem modelos estatísticos para análise genômica por ancestralidade local. Este estudo visa caracterizar eQTLs de miRNA anteriormente relatados na literatura que estão presentes nos dados de sequenciamento de miRNA de 120 indivíduos da Coorte Brasileira de Alto Risco (BHRCS) e descrever como a ancestralidade e a miscigenação influenciam a frequência das variantes eQTL através da Inferência de Ancestralidade Local. Os indivíduos da BHRCS foram previamente genotipados pelo Global Screening Array (Illumina). microRNA foi isolado destes indivíduos e está sendo sequenciado. Testaremos as melhores práticas para LAI na população estudada, comparando diferentes painéis de referência em haplótipos miscigenados simulados, gerados através da ferramenta Admix-simu. Depois de definirmos o melhor painel de referência, executaremos a LAI nos indivíduos da BHRCS e descreveremos a ancestralidade local nesses participantes da coorte. Utilizaremos os haplótipos disponíveis do 1000genomes e HGDP como dados de referência e realizaremos a LAI utilizando RFMix-v1. Com este estudo, esperamos estabelecer uma análise para descrever eQTLs de miRNA que será aplicada a mais indivíduos da BHRCS e em outros coortes. Além disso, o uso da LAI na análise reduzirá viéses que possam surgir da ancestralidade e permitirá observar eQTLs que variam em frequência dependendo da ancestralidade local. Estas análises podem contribuir para a compreensão de mecanismos pelos quais algumas variantes genéticas podem influenciar o desenvolvimento de perturbações psiquiátricas através de alterações na tradução de proteínas, por influenciarem a expressão de microRNAs. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

HONORATO-MAUER, JESSICA; XAVIER, GABRIELA; OTA, VANESSA KIYOMI; CHEHIMI, SAMAR NASSER; MAFRA, FERNANDA; CUOCO, CASSIA; ITO, LUCAS TOSHIO; ORMOND, RAFAELLA; ASPRINO, PAULA FONTES; OLIVEIRA, ADRIELLE; et al. Alterations in microRNA of extracellular vesicles associated with major depression, attention-deficit/hyperactivity and anxiety disorders in adolescents. TRANSLATIONAL PSYCHIATRY, v. 13, n. 1, p. 9-pg., 2023-02-06. (17/25016-8, 17/05339-7, 21/09584-1, 08/57896-8, 20/02247-7, 14/50917-0, 21/05332-8, 16/19462-2)