Integração de dados de sequenciamento de microRNA e genotipagem: inferência de ancestralidade local para análise de eQTLs na Coorte Brasileira de Alto Risco

Resumo

Os microRNAs (miRNAs) têm um papel na regulação de processos que podem levar ao desenvolvimento de transtornos psiquiátricos. As alterações na expressão de miRNA podem ser mediadas por expression quantitative trait loci (eQTLs), variantes genéticas associadas a variações na expressão gênica. Contudo, visto que eQTLs são informação genómica, a ancestralidade pode influenciar a frequência destas variantes, algo especialmente importante de se considerar em populações que têm um elevado grau de miscigenação, como a população brasileira. A inferência de ancestralidade local (Local Ancestry Inference, LAI) é uma abordagem para atribuir regiões genômicas a um grupo específico de ancestralidade e separar cada componente de ancestralidade para análises subsequentes, permitindo que pesquisadores ajustem modelos estatísticos para análise genômica por ancestralidade local. Este estudo visa caracterizar eQTLs de miRNA anteriormente relatados na literatura que estão presentes nos dados de sequenciamento de miRNA de 120 indivíduos da Coorte Brasileira de Alto Risco (BHRCS) e descrever como a ancestralidade e a miscigenação influenciam a frequência das variantes eQTL através da Inferência de Ancestralidade Local. Os indivíduos da BHRCS foram previamente genotipados pelo Global Screening Array (Illumina). microRNA foi isolado destes indivíduos e está sendo sequenciado. Testaremos as melhores práticas para LAI na população estudada, comparando diferentes painéis de referência em haplótipos miscigenados simulados, gerados através da ferramenta Admix-simu. Depois de definirmos o melhor painel de referência, executaremos a LAI nos indivíduos da BHRCS e descreveremos a ancestralidade local nesses participantes da coorte. Utilizaremos os haplótipos disponíveis do 1000genomes e HGDP como dados de referência e realizaremos a LAI utilizando RFMix-v1. Com este estudo, esperamos estabelecer uma análise para descrever eQTLs de miRNA que será aplicada a mais indivíduos da BHRCS e em outros coortes. Além disso, o uso da LAI na análise reduzirá viéses que possam surgir da ancestralidade e permitirá observar eQTLs que variam em frequência dependendo da ancestralidade local. Estas análises podem contribuir para a compreensão de mecanismos pelos quais algumas variantes genéticas podem influenciar o desenvolvimento de perturbações psiquiátricas através de alterações na tradução de proteínas, por influenciarem a expressão de microRNAs. (AU)