Caracterização de RNAs-não codificantes no extremófilo Halobacterium salinarum

• Processo: 10/10195-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2010
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2011
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Tie Koide
• Beneficiário: Valéria Cristina da Silva Italiani
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 09/09532-0 - Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica, AP.JP
• Assunto(s): Biologia sistêmica Halobacterium
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: biologia sistêmica | Halobacterium | RNAs não-codificantes | Biologia Sistêmica/Microbiologia

Resumo

Mudanças no padrão de expressão gênica são responsáveis por muitas das diferenças fenotípicas encontradas entre as espécies. Uma importante classe de moléculas regulatórias que tem chamado a atenção dos pesquisadores nos últimos anos e tem sido descrita como parte integrante do processo de expressão gênica em diversos organismos, são os RNAs não-codificantes. Apesar de já terem sido identificados em archaea, a participação dos ncRNAs nos processos regulatórios no terceiro domínio da vida ainda não está bem estabelecido. Este trabalho pretende promover a caracterização de alguns RNAs não-codificantes de Halobacterium salinarum, uma archaea halófila obrigatória. Para isto, será efetuada uma seleção inicial de aproximadamente dez ncRNAs modulados durante o crescimento de H. salinarum, que por sua vez, terão suas extremidades 5' e 3' precisamente determinadas. Esses ncRNAs serão superexpressos e terão sua funcionalidade avaliada de forma global pela expressão diferencial nos níveis de mRNAs das linhagens selvagem e linhagens superexpressando os ncRNAs de interesse. Além disto, a predição estrutural e a predição dos alvos dos RNAs não-codificantes selecionados serão realizadas, utilizando ferramentas de bioinformática. Os dados gerados serão analisados e incluídos no modelo global de regulação gênica da célula.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

GOMES-FILHO, JOSE VICENTE; ZARAMELA, LIVIA SOARES; DA SILVA ITALIANI, VALERIA CRISTINA; BALIGA, NITIN S.; VENCIO, RICARDO Z. N.; KOIDE, TIE. Sense overlapping transcripts in IS1341-type transposase genes are functional non-coding RNAs in archaea. RNA BIOLOGY, v. 12, n. 5, p. 490-500, MAY 4 2015. (13/21522-5, 10/10195-5, 11/07487-7, 09/09532-0)