Identificação de polimorfismos em região do cromossomo 3 da galinha associado ao desempenho de deposição de gordura

Autor(es)

Gabriel Costa Monteiro Moreira

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: Piracicaba.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALA/BC)
• Data de defesa: 2014-02-12

Membros da banca

Luiz Lehmann Coutinho; Clarissa Boschiero; Mônica Corrêa Ledur

• Orientador: Luiz Lehmann Coutinho

Resumo

Dezoito galinhas de uma população experimental utilizada em um cruzamento recíproco entre as linhagens de frangos de corte (TT) e de postura (CC) foram sequenciadas pela tecnologia de nova geração na plataforma Illumina com uma cobertura média de 10X. A descoberta de variantes genéticas foi realizada em uma região de locos de característica quantitativa (Quantitative Trait Locus, QTL), associado anteriormente com peso e percentagem de gordura abdominal no cromossomo 3 da galinha (GGA3), entre os marcadores microssatélites LEI0161 e ADL0371 (33,595,706-42,632,651 pb). O programa SAMtools foi utilizado na identificação de 136.054 SNPs únicos e 15.496 INDELs únicas nos 18 animais sequenciados e após a filtragem das mutações, 92.518 SNPs únicos e 9.298 INDELs únicas foram mantidas. Uma lista de 77 genes foi analisada buscando genes relacionados ao metabolismo de lipídios. Variantes localizadas na região codificante (386 SNPs e 15 INDELs) foram identificadas e associadas com vias metabólicas importantes. Variantes nos genes LOC771163, EGLN1, GNPAT, FAM120B, THBS2 e GGPS1 foram identificadas e podem ser responsáveis pela associação do QTL com a deposição de gordura na carcaça em galinhas. (AU)

• Processo FAPESP: 12/14965-5 - Identificação de polimorfismos em região do cromossomo 3 da galinha associado ao desempenho de deposição de gordura
• Beneficiário: Gabriel Costa Monteiro Moreira
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado