CV Lattes
ResearcherID
ORCID
Google Scholar Citations
Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Química (IQ) (Instituição Sede da última proposta de pesquisa) País de origem: Brasil
Professor Titular do Departamento de Bioquímica do Instituto de Química da Universidade de São Paulo. É PhD em Ciência da Computação pela University of Washington (1992). Possui graduação em Engenharia Mecânica pela Universidade de São Paulo (1979) e mestrado em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Campinas (1987). Foi professor do Instituto de Computação da Unicamp de 1986 a 2005, professor/pesquisador do Virginia Bioinformatics Institute e do departamento de Computer Science da Virginia Tech (EUA) de 2004 a 2011, e professor colaborador do Biocomplexity Institute da Virginia Tech de 2011 a 2019. Foi coordenador do Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática da USP (2016-2020). Foi membro do Comitê de Assessoramento do CNPq para Biofísica, Bioquímica, Farmacologia, Fisiologia e Neurociências (CA-BF) (2021-2024). Atualmente é chefe do Departamento de Bioquímica onde é professor; membro do Conselho do Genomic Standards Consortium (https://www.gensc.org) e full member da Sigma Xi, The Scientific Research Honor Society (EUA). Principal área de atuação: bioinformática. Mais informações em http://www.iq.usp.br/setubal. (Fonte: Currículo Lattes)
| Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o(a) pesquisador(a): |
| Aliados inverosímiles |
| Aliados improváveis |
| Más bits al servicio del ADN |
| Mais bits a serviço do DNA |
| Mais itensMenos itens |
| Webinar BIOTA ? Microorganisms |
| Mais itensMenos itens |
| Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o(a) pesquisador(a) |
| Mais itensMenos itens |
| TITULO |
| Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias ( ): |
| Mais itensMenos itens |
| VEICULO: TITULO (DATA) |
| VEICULO: TITULO (DATA) |
O CEPID B3 é uma rede com pólos de pesquisa sediados em São Paulo (IQ-USP, ICB-USP), Campinas (IB-UNICAMP, IAC), Ribeirão Preto (FCFRP-USP, FMRP-USP) e Rio Claro (UNESP) que colaborará na realização de pesquisas básicas de ponta sobre os mecanismos moleculares de importância primordial para a reprodução bacteriana, o comportamento multicelular, a competição, a colonização e as interações …
Os vasos sanguíneos têm um papel central nos mais diversos processos fisiológicos e patológicos. Ao longo dos últimos anos, nosso grupo tem estudado dois aspectos importantes da biologia vascular: o processo de formação de novos vasos sanguíneos por angiogênese e a heterogeneidade molecular das redes vasculares nos diferentes órgãos e tecidos do corpo. Compreender os mecanismos moleculare…
Longevidade e envelhecimento saudável são temas de grande interesse. Eles dependem de uma interação complexa entre DNA nuclear e mitocondrial, o meio ambiente e a microbiota, isto é, a população de bactérias que vivem nas diferentes partes do nosso corpo com seu conjunto de genes. Entender esse equilíbrio complexo entre o genoma e o ambiente é um dos maiores desafios. Qual é a influênci…
Este projeto tem por objetivo geral coletar, analisar e prospectar dados moleculares de três microbiomas existentes no Parque Zoológico do Estado de São Paulo: com postagem vegetal da mata atlântica, lago, e fezes de macacos bugias. A escolha destes três microbiomas contempla a diversidade de ambientes no parque e a missão de preservação de animais da Fundação PZSP. O projeto dará continu…
Este projeto tem por objetivo gerar Modelos Ocultos de Markov, ou HMMs, para famílias de proteínas microbianas derelevância em bioenergia. Tais modelos permitirão propagação automática de anotações manuais dos genes que codificamessas proteínas. O projeto está associado a um outro projeto que está sendo realizado nos E.U.A. o qual tem porobjetivo criar novos termos da Gene Ontology (GO) …
Bacteriófagos ou fagos são uma alternativa importante para combater bactérias patogênicas resistentes a antibióticos. Graças a seu poder de matar bactérias e sua especificidade dehospedeiro. Entretanto, esta mesma especificidade exige adescoberta ou modificação para que um determinado fago seja capazde atacar uma espécie ou mesmo uma cepa específica de umabactéria. Uma estratégia para ob…
Este trabalho visa o desenvolvimento de uma ferramenta para classificar e anotar Metagenome-Assembled Genomes (MAGs) de microrganismos procariontes. Os avanços nas técnicas de sequenciamento de DNA têm permitido novos insights sobre a diversidade microbiana, incluindo a descoberta de MAGs sem classificação taxonômica. Neste contexto, os MAGs podem ser classificados em três categorias prin…
Este projeto tem como objetivo fazer uma análise integrada da diversidade genômica e pangenoma de gêneros bacterianos presentes em dados metagenômicos do projeto MetaSUB. Para isso, utilizaremos a técnica de curvas de rarefação simuladas e estimadores não-paramétricos Chao1, Chao2, Jackknife, ICE, e ACE para estimar o número de espécies de gêneros-alvo presentes nos dados do projeto MetaS…
A angiogênese consiste na criação de novos vasos sanguíneos a partir de vasos já existentes. Esse processo está presente tanto em condições fisiológicas quanto patológicas, das quais podemos destacar o câncer e as retinopatias. As diferenças entre essas condições em um determinado tecido podem ser estudadas através do sequenciamento dos RNAs (RNA-seq) presentes nas células naquele momento…
Angiogênese é o processo de formação de novos vasos sanguíneos a partir de outros já existentes. Diversas doenças dependem da neovascularização para progredirem no organismo, como por exemplo, Câncer e retinopatias. Estas doenças são conhecidas como doenças dependentes da angiogênese. A formação de vasos no organismo adulto ocorre sob delicado controle da expressão gênica, e desregulações…
O Diabetes Mellitus Tipo 02 (DM2) é uma doença metabólica caracterizada por hiperglicemia derivada dos defeitos na ação da insulina e representa entre 90-95% dos casos da doença. Sua manifestação é dependente de alelos mutantes em múltiplos loci gênicos; no momento atual, há pelo menos 128 sinais distintos, de associação ao DM2, atribuídos a 113 loci. Devido à alta prevalência do DM2, arg…
Bacteriófagos (fagos) são capazes de estabelecer interações de mutualismo e antagonismo com seus hospedeiros. Evidências acumuladas até o momento demonstram claramente que os fagos apresentam um papel fundamental no funcionamento de microbiomas. Entretanto, pouco se sabe sobre como as interações fago-bactéria ao nível da comunidade microbiana respondem a mudanças ambientais. Perturbações …
O câncer colorretal (CCR) é o terceiro câncer mais comum no mundo, afetando mais de 1.3 milhões de pessoas a cada ano. O CCR pode ser dividido em esporádico, inflamatório e hereditário. A genética, porém, só consegue explicar uma pequena parcela da variância desta doença. Através do sequenciamento de amplicons 16S rRNA, diversas espécies bacterianas têm sido implicadas em seu desenvolvime…
Estudos com fagos têm experienciado um crescente aumento de interesse pela comunidade científica devido a evidências recentes que demonstram sua importância em ecologia microbiana, ciclos do carbono e outros nutrientes e potenciais aplicações como agentes anti-microbianos nos campos da medicina, agricultura e processamento de alimentos. Fagos também são teorizados como reservatórios de di…