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João Carlos Setubal

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Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Química (IQ)  (Institutional affiliation for the last research proposal)
Birthplace: Brazil

Full Professor in the Biochemistry Department of the Chemistry Institute of the University of Sao Paulo. PhD in Computer Science, University of Washington (1992). Research interests: bioinformatics and computational biology, primarily in genomics, metagenomics, and transcriptomics. (Source: Lattes Curriculum)

Articles published in Pesquisa FAPESP Magazine about the researcher:
Intestinal bacteria can be used to predict occurrence of colorectal cancer 
Intestinal bacteria can be used to predict occurrence of colorectal cancer 
Más bits al servicio del ADN 
More bits in the service of DNA 
Articles published in other media outlets (72 total):
More itemsLess items
Family Med News: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (18/Jan/2020)
NewsLab online: Nova assinatura para prognóstico de alguns tipos de câncer de mama é identificada (06/Jan/2020)
Pesquisas de Química: Bactérias do intestino podem ser usadas para prever ocorrência de câncer colorretal (03/Jan/2020)
Portal R7: Nova assinatura genética prevê sobrevida de quem tem câncer (30/Dec/2019)
Piauí Noticias: Nova assinatura genética prevê sobrevida de quem tem câncer (30/Dec/2019)
Portal da Enfermagem: Câncer de mama: estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (26/Dec/2019)
O Povo: Assinatura genética é capaz de indicar sobrevida de pacientes com câncer de mama (23/Dec/2019)
O Povo: Computador diagnostico futuro (23/Dec/2019)
Ariquemes : Pesquisadores decifram assinatura genética do câncer de mama (19/Dec/2019)
Anahp - Associação Nacional de Hospitais Privados: Câncer de mama: estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (19/Dec/2019)
Algomais online: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (19/Dec/2019)
Blog do Toninho: Brasileiros desvendam assinatura genética do câncer de mama (19/Dec/2019)
O Chefão da Notícia: Pesquisadores decifram assinatura genética do câncer de mama (19/Dec/2019)
Portal da Enfermagem: Identificada nova assinatura genética para prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (19/Dec/2019)
Renova Mídia: Pesquisadores decifram assinatura genética do câncer de mama (19/Dec/2019)
PPTA Soluções e Tecnologia: Câncer de mama: estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (19/Dec/2019)
Portal Angélica: Câncer de mama: estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (19/Dec/2019)
Estadão.com: Câncer de mama: estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (18/Dec/2019)
UOL: Assinatura genética do câncer de mama ajuda em prognóstico da doença (18/Dec/2019)
Portal Exame: Novo teste genético permitirá avaliar a gravidade do câncer de mama (18/Dec/2019)
Terra: Câncer de mama: estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (18/Dec/2019)
Terra: Câncer de mama: estudo pode prever sobrevida de pacientes (18/Dec/2019)
Confap - Conselho Nacional das Fundações Estaduais de Amparo à Pesquisa: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dec/2019)
Esteta : Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dec/2019)
LabNetwork: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dec/2019)
Jornal da Ciência online: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dec/2019)
Medical Xpress (Reino Unido): Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (18/Dec/2019)
Metropóles: Brasileiros desvendam assinatura genética do câncer de mama (18/Dec/2019)
Ciencias Medicas News (Argentina): Researchers identify novel genetic signature with prognostic value for certain breast cancers (18/Dec/2019)
Jornais Virtuais: Estudo identifica genes capazes de prever sobrevida de pacientes (18/Dec/2019)
Jornais Virtuais: estudo pode prever sobrevida de pacientes (18/Dec/2019)
Jornal Cidade (Porto Nacional, TO) online: Novo teste genético permitirá avaliar a gravidade do câncer de mama (18/Dec/2019)
Brightsurf: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (18/Dec/2019)
Voz do Bico: Novo teste genético permitirá avaliar a gravidade do câncer de mama (18/Dec/2019)
Jornal Integração: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dec/2019)
Programa InfoSalud (Argentina): Identificaron una nueva marcación genética para el pronóstico de algunos tipos de cáncer de mama (18/Dec/2019)
Brasil CT&I: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dec/2019)
Blog A Crítica: Identificada nova assinatura genética para o prognóstico de alguns tipos de câncer de mama (18/Dec/2019)
Blog GENIO Italiano Giuseppe Cotellessa (Itália): A Novel Genetic Signature For Predicting Breast Cancer / Una nuova firma genetica per prevedere il cancro al seno (18/Dec/2019)
Não Acredito: Brasileiros desvendam assinatura genética do câncer de mama (18/Dec/2019)
Bioengineer (Reino Unido): Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (17/Dec/2019)
Science Codex: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (17/Dec/2019)
Scienmag Science Magazine (Reino Unido): Novel Genetic Signature That Can Predict Some Kinds Of Breast Cancer Is Identified (17/Dec/2019)
Career Biotech: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (17/Dec/2019)
Pharma Jobs: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (17/Dec/2019)
7thSpace: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (17/Dec/2019)
Scienstack: Novel genetic signature that can predict some kinds of breast cancer is identified (17/Dec/2019)
LabNetwork: Genes que formam vasos podem ajudar a prever evolução do câncer de mama (06/Dec/2019)
UOL: Genes que formam vasos podem ajudar a prever evolução do câncer de mama (28/Nov/2019)
Diário Potiguar: Genes que formam vasos podem ajudar a prever evolução do câncer de mama (28/Nov/2019)
Diário Nacional: Genes que formam vasos podem ajudar a prever evolução do câncer de mama (28/Nov/2019)
Bem Pra Você Oficial: Genes que formam vasos podem ajudar a prever evolução do câncer de mama (28/Nov/2019)
Brasil CT&I: Genes que formam vasos podem ajudar a prever evolução do câncer de mama (28/Nov/2019)
Folha de S. Paulo: Pesquisa que liga micróbios a tumor leva prêmio de oncologia (06/Aug/2019)
Portal da Enfermagem: Pesquisa que liga micróbios a tumor de intestino leva prêmio de oncologia (06/Aug/2019)
Central das Notícias: Pesquisa que liga micróbios a tumor de intestino leva prêmio de oncologia (06/Aug/2019)
Folha.com: Pesquisa que liga micróbios a tumor leva prêmio de oncologia (05/Aug/2019)
Meridional FM: Pesquisa que liga micróbios a tumor de intestino leva prêmio de oncologia (05/Aug/2019)
Eres Viral: Bacterias del intestino pueden utilizarse para prever el cáncer colorrectal (29/May/2019)
Diário do Poder: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/May/2019)
FolhaMT: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/May/2019)
FolhaPA: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/May/2019)
Folha GO: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/May/2019)
Sindicato dos Comerciários (SP): Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (24/May/2019)
Jornal da USP online: Atividade física na adolescência pode reduzir risco de câncer colorretal no adulto (23/May/2019)
Diário da Manhã (RS): Estudo traz novidades para o câncer de intestino (11/May/2019)
El Grafico del Sur (República Dominicana): Bacterias del intestino pueden utilizarse para prever el cáncer colorrectal (11/May/2019)
NCYT Amazings (Espanha): Bacterias del intestino pueden utilizarse para prever el cáncer colorrectal (09/May/2019)
Catalunya Vanguardista (Espanha): Análisis predictivo para el cáncer de colon (09/May/2019)
Science and Technology Research News (EUA): Intestinal Bacteria Can Be Used to Predict Occurrence of Colorectal Cancer (26/Apr/2019)
Diário do Rio Doce online: Estudo encontra relação entre bactérias do intestino e câncer colorretal (18/Apr/2019)
Doosar: Bowel bacteria may be associated with colorectal cancer (02/Apr/2019)
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Keywords used by the researcher
Scientific publications resulting from Research Grants and Scholarships under the grantee's responsibility (21)

(References retrieved automatically from Web of Science and SciELO through information on FAPESP grants and their corresponding numbers as mentioned in the publications by the authors)

Publications20
Citations166
Cit./Article8.3
Data from Web of Science

THOMAS, ANDREW M.; JESUS, ELIANE C.; LOPES, ADEMAR; AGUIAR, JR., SAMUEL; BEGNAMI, MARIA D.; ROCHA, RAFAEL M.; CARPINETTI, PAOLA AVELAR; CAMARGO, ANAMARIA A.; HOFFMANN, CHRISTIAN; FREITAS, HELANO C.; et al. Tissue-Associated Bacterial Alterations in Rectal Carcinoma Patients Revealed by 16S rRNA Community Profiling. FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY, v. 6, . Web of Science Citations: 19. (13/07914-8, 15/01507-7)

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PYLRO, VICTOR S.; MORAIS, DANIEL K.; DE OLIVEIRA, FRANCISLON S.; DOS SANTOS, FAUSTO G.; LEMOS, LEANDRO N.; OLIVEIRA, GUILHERME; ROESCH, LUIZ F. W.. BMPOS: a Flexible and User-Friendly Tool Sets for Microbiome Studies. MICROBIAL ECOLOGY, v. 72, n. 2, p. 443-447, . Web of Science Citations: 14. (13/05325-5)

ERILL, IVAN; PUIGVERT, MARINA; LEGRAND, LUDOVIC; GUARISCHI-SOUSA, RODRIGO; VANDECASTEELE, CELINE; SETUBAL, JOAO C.; GENIN, STEPHANE; GUIDOT, ALICE; VALLS, MARC. Comparative Analysis of Ralstonia solanacearum Methylomes. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 8, . Web of Science Citations: 2. (12/15197-1)

BRAGA, STEFANIA PEGORIN; DOS SANTOS, ALEXANDRE PAES; PAGANINI, THAIS; BARBOSA, DEIBS; CONDOMITTI EPAMINO, GEORGE WILLIAN; MORAIS, CARLOS; MARTINS, LAYLA FARAGE; SILVA, ALINE MARIA; SETUBAL, JOAO CARLOS; VALLIM, MARCELO AFONSO; et al. First report of cis-1,4-polyisoprene degradation by Gordonia paraffinivorans. Brazilian Journal of Microbiology, v. 50, n. 4, p. 1051-1062, . Web of Science Citations: 0. (16/07360-0, 11/50870-6, 16/14542-8)

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ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL; MARTINS, LAYLA FARAGE; PEREIRA, ROBERTA VERCIANO; THOMAS, ANDREW MALTEZ; BARBOSA, DEIBS; LEMOS, LEANDRO NASCIMENTO; MACHADO SILVA, GIANLUCA MAJOR; SILVA MOURA, LIVIA MARIA; CONDOMITTI EPAMINO, GEORGE WILLIAN; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO; et al. Microbial community structure and dynamics in thermophilic composting viewed through metagenomics and metatranscriptomics. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, . Web of Science Citations: 28. (11/50870-6)

SILVA, NATALIA MARIA; SILVA ARAUJO DE OLIVEIRA, ALINE MARCIA; PEGORIN, STEFANIA; GIUSTI, CAMILA ESCANDURA; FERRARI, VITOR BATISTA; BARBOSA, DEIBS; MARTINS, LAYLA FARAGE; MORAIS, CARLOS; SETUBAL, JOAO CARLOS; VASCONCELLOS, SUZAN PANTAROTO; et al. Characterization of novel hydrocarbon-degrading Gordonia paraffinivorans and Gordonia sihwensis strains isolated from composting. PLoS One, v. 14, n. 4, . Web of Science Citations: 0. (11/50870-6, 16/23639-5)

AMGARTEN, DEYVID; MARTINS, LAYLA FARAGE; LOMBARDI, KAREN CRISTINA; ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL; SILVA DE SOUZA, ANA PAULA; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; KITAJIMA, ELLIOTT WATANABE; QUAGGIO, RONALDO BENTO; UPTON, CHRIS; SETUBAL, JOAO CARLOS; et al. Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC Genomics, v. 18, . Web of Science Citations: 6. (14/16450-8, 15/14334-3, 11/50870-6)

WIRBEL, JAKOB; PYL, PAUL THEODOR; KARTAL, ECE; ZYCH, KONRAD; KASHANI, ALIREZA; MILANESE, ALESSIO; FLECK, JONAS S.; VOIGT, ANITA Y.; PALLEJA, ALBERT; PONNUDURAI, RUBY; et al. Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer. Nature Medicine, v. 25, n. 4, p. 679+, . Web of Science Citations: 30. (16/23527-2)

RANGEL, LUIZ THIBERIO; MARDEN, JEREMIAH; COLSTON, SOPHIE; SETUBAL, JOAO CARLOS; GRAF, JOERG; GOGARTEN, JOHANN PETER. Identification and characterization of putative Aeromonas spp. T3SS effectors. PLoS One, v. 14, n. 6, . Web of Science Citations: 0. (14/23975-0, 12/17196-2)

Academic Publications

(References retrieved automatically from State of São Paulo Research Institutions)

CRUZ, Carlos Fernando Bella. Algoritmos para emparelhamento em grafos e uma implementação paralela. Dissertação (Mestrado) -  Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica.  Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP).  (94/04158-5

JUNIOR, Lidio Nunes de Abreu. O problema da designação e sua variante parametrica. Dissertação (Mestrado) -  Instituto de Computação.  Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP).  (97/11222-0

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