RNA-seq de leucócitos de sangue periférico de bovinos: análise funcional do transcriptoma obtido frente à imunização com antígenos recombinantes do carrapato Rhipicephalus microplus e à infestação

Resumo

O desenvolvimento racional de vacinas está atrelado à identificação e ao entendimento dos mecanismos protetores estimulados pela vacinação. O emergente campo da Vacinologia de Sistemas usa a análise de dados em larga escala (e.g. microarranjo e RNA-seq) na busca de assinaturas gênicas, preditivas da imunogenicidade das vacinas e consequentemente, a identificação dos mecanismos moleculares envolvidos na eficácia das mesmas. Devido à eficácia variável e pouco duradoura das vacinas anticarrapato comerciais, o grupo de pesquisa em carrapatos da FMRP-USP está triando novos antígenos candidatos. Até o momento, quatro antígenos salivares recombinantes foram testados como vacina anticarrapato multicomponente para bovinos, cuja eficácia foi de 73,2%. A fim de obter uma visão global dos processos moleculares envolvidos durante a imunização e a infestação dos bovinos, o RNA de leucócitos totais dos animais dos grupos controle e vacinado foi usado para obtenção de dados de RNA-seq na plataforma Illumina. No total, 24 bibliotecas de RNA-seq/Illumina foram obtidas. Os dados de RNA-seq precisam ser processados para identificação dos genes diferencialmente expressos, bem como das assinaturas gênicas associadas à imunidade protetora conferida pela vacina e associadas à infestação. Assim, essa proposta BEPE visa aprofundar a capacitação da bolsista na área de Bioinformática por meio de estágio no grupo de pesquisa em Genômica Funcional do European Bioinformatic Institute (EBI, Cambridge, Inglaterra). Esse estágio será ideal para explorar os dados de RNA-seq com as metodologias computacionais utilizadas pelo grupo de pesquisa do EBI.