Identificação de CNVs no genoma de bovinos da raça Nelore e suas associações com maciez da carne

Resumo

O Brasil possui o maior rebanho comercial bovino do mundo, ocupando também a primeira colocação na exportação de carne. Grande parte deste rebanho é composto por raças zebuínas, onde a de maior destaque é a Nelore. A grande adaptabilidade do Nelore ao clima tropical, contudo não vem acompanhada de uma carne de maciez elevada. A proposta do presente trabalho é construir um mapa de variação do número de cópias (copy number variations, CNV) para o Nelore, e descrever os que apresentam influência no fenótipo de maciez da carne. Este projeto deverá contribuir na construção de um melhor entendimento da arquitetura genética da principal raça da bovinocultura brasileira. Serão utilizados os dados de chips de SNP (Illumina Bovine High-Density Beadchip®) de aproximadamente 800 animais do projeto "Estratégias genéticas para melhoria da eficiência de produção e da qualidade da carne bovina no Brasil", conduzido pela EMBRAPA em colaboração com a ESALQ. A partir de parâmetros extraídos do chip, os CNVs presentes em cada animal serão estimados pelo programa PennCNV. Os dez CNVs estatísticamente mais significativos, serão validados pela metodologia qPCR (real-time, quantitative polymerase chain reaction) em trinta parentais da população estudada. Os CNVs serão alocados com os genes e QTLs que sobrepõem na literatura. Por fim, dos genes encontrados serão mostradas as rotas metabólicas que estão envolvidas.