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Aplicação de ferramentas genômicas para o estudo de bases de dados epidemiológicos

Processo: 19/27139-5
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Data de Início da vigência: 01 de abril de 2020
Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2024
Área de conhecimento:Ciências Biológicas - Imunologia - Imunogenética
Pesquisador responsável:Helder Takashi Imoto Nakaya
Beneficiário:Juan Carlo Santos e Silva
Instituição Sede: Centro de Inovação da USP (INOVA). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:18/14933-2 - Biologia integrativa aplicada à saúde humana, AP.JP2
Assunto(s):Biologia de sistemas   Aprendizado computacional   Genômica   Bases de dados científicos   Epidemiologia   Comorbidade
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:análises genômicas | Bancos de Dados | Comorbidades | Dados epidemiológicos | Integração | malária | Biologia de Sistemas

Resumo

Dados relacionados com a saúde humana, desde informações clínicas e epidemiológicas até imagens médicas e experimentos ômicos, estão sendo gerados e acumulados em uma quantidade sem precedentes na história. A análise e integração destas informações são fundamentais para melhorar nosso entendimento sobre a fisiopatologia das doenças, sua transmissão, assim como seu diagnóstico e tratamento. Este projeto propõe abordagens inovadoras para: analisar imensas bases de dados epidemiológicos; mapear hotspots de transmissão de doenças; integrar dados de transcritoma com dados clínicos e imunológicos; e usar aprendizado de máquina para interpretação e análise de imagens microscópicas. Técnicas atuais e modernas de análises de biologia de sistemas e aprendizado de máquina serão utilizadas e até mesmo desenvolvidas para cada abordagem, levando em conta os fundamentos da biologia integrativa. Espera-se que os resultados do projeto possam esclarecer diversos problemas relacionados à saúde humana, da análise automática de lâminas microscópicas até os mecanismos moleculares de doenças infecciosas e inflamatórias. (AU)

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Publicações científicas (5)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
ARAUJO, JOSE DENEY; SANTOS-E-SILVA, JUAN CARLO; COSTA-MARTINS, ANDRE GUILHERME; SAMPAIO, VANDERSON; CASTRO, DANIEL BARROS DE; SOUZA, ROBSON F. DE; GIDDALURU, JEEVAN; RAMOS, PABLO IVAN P.; PITA, ROBESPIERRE; BARRETO, MAURICIO L.; et al. Tucuxi-BLAST: Enabling fast and accurate record linkage of large-scale health-related administrative databases through a DNA-encoded approach. PeerJ, v. 10, p. 17-pg., . (18/14933-2, 19/27139-5)
SANTIAGO-CARVALHO, IGOR; DE ALMEIDA-SANTOS, GISLANE; BARBOSA BOMFIM, CAIO CESAR; DE SOUZA, PAULA CAROLINA; SANTOS E SILVA, JUAN CARLO; SILVA DE MELO, BRUNO MARCEL; AMARAL, EDUARDO PINHEIRO; PINHEIRO CIONE, MARCOS VINICIOS; LASUNSKAIA, ELENA; HIRATA, MARIO HIROYUKI; et al. P2x7 Receptor Signaling Blockade Reduces Lung Inflammation and Necrosis During Severe Experimental Tuberculosis. FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY, v. 11, . (19/24700-8, 19/27139-5, 20/09043-8, 17/11030-9, 15/20432-8)
LUBIANA, TIAGO; LOPES, RAFAEL; MEDEIROS, PEDRO; SILVA, JUAN CARLO; GONCALVES, ANDRE NICOLAU AQUIME; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, HELDER I.. Ten quick tips for harnessing the power of ChatGPT in computational biology. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. 19, n. 8, p. 9-pg., . (19/27139-5, 19/26284-1, 18/14933-2)
SANTOS E SILVA, JUAN CARLO; VASCONCELOS, AMANDA PEREIRA; YONEHARA NOMA, ISABELLA HARUMI; NORONHA, NATALIA YUMI; AQUINO, RODRIGO; GIDDALURU, JEEVAN; DURAO, LUIZ; COSTA-MARTINS, ANDRE GUILHERME; SCHUCH, VIVIANE; MORAES-VIEIRA, PEDRO M.; et al. Gene signatures of autopsy lungs from obese patients with COVID-19. CLINICAL NUTRITION ESPEN, v. 44, p. 475-478, . (19/27139-5, 18/14933-2, 20/04579-7, 19/27146-1)
GUERRA, CECILIA VICTORIA CARABALLO; DA SILVA, BERNARDO MAIA; MULLER, PIA; BAIA-DA-SILVA, DJANE CLARYS; MOURA, MARCO ANTONIO SABOIA; ARAUJO, JOSE DENEY ALVES; SILVA, JUAN CARLO SANTOS E; SILVA-NETO, ALEXANDRE VILHENA; DA SILVA BALIEIRO, ANTONIO ALCIRLEY; DA COSTA-MARTINS, ANDRE GUILHERME; et al. HIV infection increases the risk of acquiring Plasmodium vivax malaria: a 4-year cohort study in the Brazilian Amazon HIV and risk of vivax malaria. SCIENTIFIC REPORTS, v. 12, n. 1, p. 9-pg., . (19/27139-5)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
SILVA, Juan Carlo Santos e. Estratégias de modelagem e combinação de variáveis para o estudo da COVID-19 e suas comorbidades. 2024. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Conjunto das Químicas (IQ e FCF) (CQ/DBDCQ) São Paulo.