Biologia integrativa aplicada à saúde humana

• Processo: 18/14933-2
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores - Fase 2
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2019
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2025
• Área do conhecimento: Interdisciplinar
• Pesquisador responsável: Helder Takashi Imoto Nakaya
• Beneficiário: Helder Takashi Imoto Nakaya
• Instituição Sede: Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein (IIEPAE). Sociedade Beneficente Israelita Brasileira Albert Einstein (SBIBAE). São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Esper Georges Kallás ; Fernando Augusto Bozza ; Frederico Moraes Ferreira ; Luciano da Fontoura Costa ; Luis Carlos de Souza Ferreira ; Mario Hiroyuki Hirata ; Paola Marcella Camargo Minoprio ; Patricia Cristina Baleeiro Beltrão Braga ; Ricardo Tostes Gazzinelli ; Sergio Schenkman ; Vanderson de Souza Sampaio
• Vinculado ao auxílio: 12/19278-6 - Biologia de sistemas de longos RNAs não-codificadores, AP.JP
• Auxílio(s) vinculado(s): 19/16444-1 - Aplicação da imunologia de sistemas para a resolução dos mecanismos de proteção contra a Peste Suína Clássica induzida por vacina, AP.R SPRINT
• Bolsa(s) vinculada(s): 24/00563-0 - Jornalismo Científico para Projeto Jovem Pesquisador 2 (2018/14933-2), BP.JC; 24/00562-3 - Jornalismo Científico para Projeto Jovem Pesquisador 2 (2018/14933-2), BP.JC; 23/09291-0 - Predição de alterações estruturais em citocinas causadas por mutações pontuais utilizando AlphaFold2 e Dinâmica Molecular para Vacinologia de Precisão, BP.PD; + mais bolsas vinculadas 20/05284-0 - Interação de microrganismos e hospedeiros humanos associados ao desfecho clínico de pacientes com doenças infecciosas, BP.DD; 20/12017-9 - Aprendizado de máquina para interpretação de análise de imagens microscópicas, BP.PD; 19/27139-5 - Aplicação de ferramentas genômicas para o estudo de bases de dados epidemiológicos, BP.DD; 19/27146-1 - Integração de dados de transcriptoma com dados clínicos e imunológicos, BP.DD; 19/16419-7 - Estudo da transmissão de doenças usando celular de pessoas infectadas, BP.DD - menos bolsas vinculadas
• Assunto(s): Imunologia Epidemiologia Biologia computacional Biologia de sistemas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | biologia de sistemas | Epidemiologia | Imunologia | integração de dados | Biologia de Sistemas

Resumo

Dados relacionados com a saúde humana, desde informações clínicas e epidemiológicas até imagens médicas e experimentos ômicos, estão sendo gerados e acumulados em uma quantidade sem precedentes na história. A análise e integração destas informações são fundamentais para melhorar nosso entendimento sobre a fisiopatologia das doenças, sua transmissão, assim como seu diagnóstico e tratamento. Este projeto propõe abordagens inovadoras para: analisar imensas bases de dados epidemiológicos; mapear hotspots de transmissão de doenças; integrar dados de transcritoma com dados clínicos e imunológicos; e usar aprendizado de máquina para interpretação e análise de imagens microscópicas. Técnicas atuais e modernas de análises de biologia de sistemas e aprendizado de máquina serão utilizadas e até mesmo desenvolvidas para cada abordagem, levando em conta os fundamentos da biologia integrativa. Espera-se que os resultados do projeto possam esclarecer diversos problemas relacionados à saúde humana, da análise automática de lâminas microscópicas até os mecanismos moleculares de doenças infecciosas e inflamatórias. (AU)

Publicações científicas

(31)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

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CAFUNDO MORAIS, MAURO CESAR; SILVA, DIOGO; MILAGRE, MATHEUS MARQUES; DE OLIVEIRA, MAYKON TAVARES; PEREIRA, THAIS; SILVA, JOAO SANTANA; COSTA, LUCIANO DA F.; MINOPRIO, PAOLA; CESAR JUNIOR, ROBERTO MARCONDES; GAZZINELLI, RICARDO; et al. Automatic detection of the parasite Trypanosoma cruzi in blood smears using a machine learning approach applied to mobile phone images. PeerJ, v. 10, p. 19-pg., 2022-05-27. (20/12017-9, 18/14933-2)

GONCALVES, ANDRE N. A.; LEVER, MELISSA; RUSSO, PEDRO S. T.; GOMES-CORREIA, BRUNO; URBANSKI, ALYSSON H.; POLLARA, GABRIELE; NOURSADEGHI, MAHDAD; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; NAKAYA, I, HELDER. Assessing the Impact of Sample Heterogeneity on Transcriptome Analysis of Human Diseases Using MDP Webtool. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, OCT 24 2019. (13/08216-2, 12/19278-6, 18/14933-2)

PANNARAJ, PIA S.; DA COSTA-MARTINS, ANDRE GUILHERME; CERINI, CHIARA; LI, FAN; WONG, SOOK-SAN; SINGH, YOUVIKA; URBANSKI, ALYSSON H.; GONZALEZ-DIAS, PATRICIA; YANG, JULIANA; WEBBY, RICHARD J.; et al. Molecular alterations in human milk in simulated maternal nasal mucosal infection with live attenuated influenza vaccination. MUCOSAL IMMUNOLOGY, v. N/A, p. 8-pg., 2022-06-23. (18/14933-2)

LUSCHER-DIAS, THOMAZ; CONCEICAO, IZABELA MAMEDE; SCHUCH, VIVIANE; MARACAJA-COUTINHO, VINICIUS; AMARAL, PAULO P.; NAKAYA, HELDER I.; HON, CC. Long non-coding RNAs associated with infection and vaccine-induced immunity. NON-CODING GENOME, v. 65, n. 4, p. 13-pg., 2021-01-01. (18/14933-2, 13/08216-2, 20/04836-0, 17/27131-9, 18/21934-5)

URBAN, BRITTA C.; GONCALVES, ANDRE N. A.; LOUKOV, DESSI; PASSOS, FERNANDO M.; REINE, JESUS; GONZALEZ-DIAS, PATRICIA; SOLORZANO, CARLA; MITSI, ELENA; NIKOLAOU, ELISSAVET; O'CONNOR, DANIEL; et al. Inflammation of the nasal mucosa is associated with susceptibility to experimental pneumococcal challenge in older adults. MUCOSAL IMMUNOLOGY, v. 17, n. 5, p. 17-pg., 2024-10-09. (18/14933-2)

CARVALHO, PATRICIA CONCEICAO GONZALEZ DIAS; HIRATA, THIAGO DOMINGUEZ CRESPO; ALVES, LEANDRO YUKIO MANO; MOSCARDINI, ISABELLE FRANCO; DO NASCIMENTO, ANA PAULA BARBOSA; COSTA-MARTINS, ANDRE G.; SORGI, SARA; HARANDI, ALI M.; FERREIRA, DANIELA M.; VIANELLO, ELEONORA; et al. Baseline gene signatures of reactogenicity to Ebola vaccination: a machine learning approach across multiple cohorts. FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, v. 14, p. 10-pg., 2023-11-08. (18/14933-2)

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BRUNETTI, NATALIA S.; DAVANZO, GUSTAVO G.; DE MORAES, DIOGO; FERRARI, ALLAN J. R.; SOUZA, GABRIELA F.; MURARO, STEFANIE PRIMON; KNITTEL, THIAGO L.; BOLDRINI, VINICIUS O.; MONTEIRO, LAUAR B.; VIRGILIO-DA-SILVA, JOO VICTOR; et al. SARS-CoV-2 uses CD4 to infect T helper lymphocytes. eLIFE, v. 12, p. 26-pg., 2023-07-31. (20/04558-0, 15/15626-8, 19/06459-1, 19/04726-2, 19/16116-4, 19/05155-9, 19/13552-8, 16/18031-8, 19/00098-7, 20/04583-4, 16/00194-8, 21/08354-2, 19/17007-4, 19/22398-2, 17/01184-9, 19/14465-1, 20/04579-7, 13/08293-7, 18/14933-2, 17/23920-9, 19/06372-3, 16/24163-4, 16/23328-0, 20/04919-2, 20/04746-0)