Mecanismos fisiopatológicos e moleculares de tumorigênese: abordagem baseada em plataformas de sequenciamento em escala genômica

Resumo

Dados de RNA-seq e de exoma foram/estão sendo obtidos para diversos tumores (>180 amostras) e a complexidade bem como o volume dos dados pré-processados entregues pelas facilities /empresas que sequenciaram é enorme, exigindo conhecimento técnico específico para a manipulação e sumarização dos mesmos. O objetivo específico do bolsista é aplicar ferramentas já estabelecidas, mas de manuseio complexo que exige formação própria, de Aprendizado de Máquinas Supervisionado e Não-supervisionado para descoberta de transcritos marcadores e variantes gênicas para subtipos de tumores. Os subtipos podem ser definidos com base nas informações clínicas coletadas cuidadosamente pela equipe de biomédicos pós-doutores do Temático e que alimentam o aprendizado supervisionado (isto é, com classes conhecidas). Alternativamente os subtipos podem ser definidos com base na própria análise não-supervisionada onde algoritmos consagrados procuram por padrões e grupos naturais nos dados, estratificando-os se possível.