Mecanismos fisiopatológicos e moleculares de tumorigênese: abordagem baseada em plataformas de sequenciamento em escala genômica

• Processo: 21/04368-9
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Vigência (Início): 01 de junho de 2021
• Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2022
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Margaret de Castro
• Beneficiário: Danillo Cunha de Almeida e Silva
• Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/03989-6 - Mecanismos fisiopatológicos e moleculares de tumorigênese: abordagem baseada em plataformas de sequenciamento em escala genômica (NGS - Next-Generation Sequencing), AP.TEM
• Assunto(s): Transformação celular neoplásica Biologia computacional

Resumo

Dados de RNA-seq e de exoma foram/estão sendo obtidos para diversos tumores (>180 amostras) e a complexidade bem como o volume dos dados pré-processados entregues pelas facilities /empresas que sequenciaram é enorme, exigindo conhecimento técnico específico para a manipulação e sumarização dos mesmos. O objetivo específico do bolsista é aplicar ferramentas já estabelecidas, mas de manuseio complexo que exige formação própria, de Aprendizado de Máquinas Supervisionado e Não-supervisionado para descoberta de transcritos marcadores e variantes gênicas para subtipos de tumores. Os subtipos podem ser definidos com base nas informações clínicas coletadas cuidadosamente pela equipe de biomédicos pós-doutores do Temático e que alimentam o aprendizado supervisionado (isto é, com classes conhecidas). Alternativamente os subtipos podem ser definidos com base na própria análise não-supervisionada onde algoritmos consagrados procuram por padrões e grupos naturais nos dados, estratificando-os se possível.