Mecanismos fisiopatológicos e moleculares de tumorigênese: abordagem baseada em plataformas de sequenciamento em escala genômica

• Processo: 21/04368-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2021
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2022
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Margaret de Castro
• Beneficiário: Danillo Cunha de Almeida e Silva
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 14/03989-6 - Mecanismos fisiopatológicos e moleculares de tumorigênese: abordagem baseada em plataformas de sequenciamento em escala genômica (NGS - Next-Generation Sequencing), AP.TEM
• Assunto(s): Transformação celular neoplásica Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Next-generation sequencing | tumorigenese | Bioinformática

Resumo

Dados de RNA-seq e de exoma foram/estão sendo obtidos para diversos tumores (>180 amostras) e a complexidade bem como o volume dos dados pré-processados entregues pelas facilities /empresas que sequenciaram é enorme, exigindo conhecimento técnico específico para a manipulação e sumarização dos mesmos. O objetivo específico do bolsista é aplicar ferramentas já estabelecidas, mas de manuseio complexo que exige formação própria, de Aprendizado de Máquinas Supervisionado e Não-supervisionado para descoberta de transcritos marcadores e variantes gênicas para subtipos de tumores. Os subtipos podem ser definidos com base nas informações clínicas coletadas cuidadosamente pela equipe de biomédicos pós-doutores do Temático e que alimentam o aprendizado supervisionado (isto é, com classes conhecidas). Alternativamente os subtipos podem ser definidos com base na própria análise não-supervisionada onde algoritmos consagrados procuram por padrões e grupos naturais nos dados, estratificando-os se possível.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BUENO, ANA CAROLINA; DA SILVA, RUI M. P.; STECCHINI, MONICA F.; MARRERO-GUTIERREZ, JUNIER; DE ALMEIDA E SILVA, DANILLO C.; CARDINALLI, IZILDA; SCRIDELI, CARLOS ALBERTO; JUNQUEIRA, THAIS; MOLINA, CARLOS A. F.; RAMALHO, FERNANDO SILVA; et al. DNA methylation is a comprehensive marker for pediatric adrenocortical tumors. Endocrine-Related Cancer, v. 29, n. 11, p. 15-pg., 2022-11-01. (20/03835-0, 19/00860-6, 21/04368-9, 19/00849-2, 14/03989-6)

BUENO, ANA CAROLINA; MORE, CANDY BELLIDO; MARRERO-GUTIERREZ, JUNIER; SILVA, DANILLO C. DE ALMEIDA E.; LEAL, LETICIA FERRO; MONTALDI, ANA PAULA; RAMALHO, FERNANDO SILVA; NICOLIELLO VENCIO, RICARDO ZORZETTO; DE CASTRO, MARGARET; ANTONINI, SONIR ROBERTO R.. Vitamin D receptor activation is a feasible therapeutic target to impair adrenocortical tumorigenesis. Molecular and Cellular Endocrinology, v. 558, p. 14-pg., 2022-09-02. (21/04368-9, 15/19663-5, 17/17737-7, 22/04883-3, 14/03989-6, 19/00860-6)