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Fundamentação bioinformática das análises sistêmicas e integrativas de infecções virais.

Processo: 23/07806-2
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2023
Data de Término da vigência: 31 de julho de 2025
Área de conhecimento:Interdisciplinar
Pesquisador responsável:Otávio Cabral Marques
Beneficiário:Igor Salerno Filgueiras
Instituição Sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:18/18886-9 - Análise sistêmica e integrativa da resposta imune às infecções virais por Zika e Dengue, AP.JP
Assunto(s):Biologia computacional   Capacitação   Viroses
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:bioinformática | capacitação | Infecções Virais | Bioinformática

Resumo

Auxiliar na estruturação do grupo de pesquisa e facilitar a integração dos novos membros. Para isso, padronizar os códigos desenvolvidos e em desenvolvimento por membros antigos e atuais da equipe. Preparar um repositório com dados de entrada, script e saída para cada tipo de análise. Estabelecer um banco de dados relacional contendo informações chave para nossos projetos. Dar suporte às diversas análises estatísticas e de aprendizagem de máquina empregadas em cada projeto. Iniciar os novos membros na utilização e escolha de parâmetros dos softwares comumente usados pelo grupo, como Rstudio, Jupyter, Linux (Bash), Sophia, PathDIP, NAViGATor, Network Analyst, EnrichR, Interferome, entre outros. Instruir a equipe na utilização de Bash voltado às análises ômicas, bem como scripts de Python e R para as análises já mencionadas.

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Publicações científicas (12)
(As publicações científicas contidas nesta página são originárias da Web of Science ou da SciELO, cujos autores mencionaram números dos processos FAPESP concedidos a Pesquisadores Responsáveis e Beneficiários, sejam ou não autores das publicações. Sua coleta é automática e realizada diretamente naquelas bases bibliométricas)
SILVA-SOUSA, THAYNA; NAKANISHI USUDA, JULIA; AL-ARAWE, NADA; HINTERSEHER, IRENE; CATAR, RUSAN; LUECHT, CHRISTIAN; VALLECILLO GARCIA, PEDRO; RIESNER, KATARINA; HACKEL, ALEXANDER; SCHIMKE, LENA F.; et al. Artificial intelligence and systems biology analysis in stem cell research and therapeutics development. STEM CELLS TRANSLATIONAL MEDICINE, v. 14, n. 10, p. 27-pg., . (20/01688-0, 20/07069-0, 18/18886-9, 23/07806-2, 20/16246-2)
GUIMARAES, GABRIELA RAPOZO; MAKLOUF, GIOVANNA RESK; TEIXEIRA, CRISTIANE ESTEVES; SANTOS, LEANDRO DE OLIVEIRA; TESSAROLLO, NAYARA GUSMAO; DE TOLEDO, NAYARA EVELIN; SERAIN, ALESSANDRA FREITAS; DE LANNA, CRISTOVAO ANTUNES; PRETTI, MARCO ANTONIO; DA CRUZ, JESSICA GONCALVES VIEIRA; et al. Single-cell resolution characterization of myeloid-derived cell states with implication in cancer outcome. NATURE COMMUNICATIONS, v. 15, n. 1, p. 23-pg., . (18/18886-9, 20/07069-0, 20/01688-0, 23/07806-2)
PRATES-SYED, WASIM ALUISIO; FONSECA, DENNYSON LEANDRO MATHIAS DA; POUR, SHAHAB ZAKI; LIRA, ALINE; CORTES, NELSON; SILVA, JAQUELINE DINIS QUEIROZ; CARVALHO, EVELYN; FILGUEIRAS, IGOR SALERNO; VINCES, TANIA GERALDINE CHURASCARI; SCHIMKE, LENA F.; et al. COVID-19 vaccination atlas using an integrative systems vaccinology approach. NPJ VACCINES, v. 10, n. 1, p. 12-pg., . (18/18886-9, 23/07806-2, 19/01255-9, 19/14526-0, 21/03684-4, 20/16246-2, 23/13356-0, 20/05146-7)
TALAMINI, LAURA; FONSECA, DENNYSON LEANDRO M.; KANDUC, DARJA; CHALOIN, OLIVIER; VERDOT, CINDY; GALMICHE, CHRISTIAN; DOTAN, ARAD; FILGUEIRAS, IGOR SALERNO; BORGHI, MARIA ORIETTA; MERONI, PIER LUIGI; et al. Long COVID-19 autoantibodies and their potential effect on fertility. FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, v. 16, p. 13-pg., . (23/07806-2, 20/16246-2, 18/18886-9)
CABRAL-MARQUES, OTAVIO; SCHIMKE, LENA F.; MOLL, GUIDO; FILGUEIRAS, IGOR SALERNO; NOBILE, ADRIEL LEAL; ADRI, ANNY SILVA; DO VALE, FERNANDO YURI NERY; USUDA, JULIA NAKANISHI; CORREA, YOHAN LUCAS GONSALVES; ALBUQUERQUE, DEBORA; et al. Advancing research on regulatory autoantibodies targeting GPCRs: Insights from the 5th international symposium. AUTOIMMUNITY REVIEWS, v. 24, n. 9, p. 13-pg., . (23/07806-2, 23/14417-2, 23/12268-0, 18/18886-9, 24/08016-8, 20/16246-2)
BASTOS, VICTOR; PACHECO, VINICIUS; RODRIGUES, ERIKA D. L.; MORAES, CASSIA N. S.; NOBILE, ADRIEL L.; FONSECA, DENNYSON LEANDRO M.; SOUZA, KAMILLA B. S.; DO VALE, FERNANDO Y. N.; FILGUEIRAS, IGOR S.; SCHIMKE, LENA F.; et al. Neuroimmunology of rabies: New insights into an ancient disease. Journal of Medical Virology, v. 95, n. 10, p. 17-pg., . (23/07806-2, 18/18886-9, 20/16246-2)
BARRETO, MARINA DOS SANTOS; DA SILVA, BEATRIZ SOARES; SANTOS, RONALDY SANTANA; SILVA, DEISE MARIA REGO RODRIGUES; SILVA, ELOIA EMANUELLY DIAS; MOURA, PEDRO HENRIQUE MACEDO; DE SOUZA, JESSIANE BISPO; SANTANA, LUCAS ALVES DA MOTA; FONSECA, DENNYSON LEANDRO M.; FILGUEIRAS, IGOR SALERNO; et al. COVID-19 Vaccination and Serological Profile of a Brazilian University Population. LIFE-BASEL, v. 13, n. 9, p. 14-pg., . (18/18886-9, 20/16246-2, 23/07806-2)
FONSECA, DENNYSON LEANDRO M.; JAEPEL, MAJ; GYAMFI, MICHAEL ADU; FILGUEIRAS, IGOR SALERNO; BAIOCHI, GABRIELA CRISPIM; OSTRINSKI, YURI; HALPERT, GILAD; LAVI, YAEL BUBLIL; VOJDANI, ELROY; SILVA-SOUSA, THAYNA; et al. Dysregulated autoantibodies targeting AGTR1 are associated with the accumulation of COVID-19 symptoms. NPJ SYSTEMS BIOLOGY AND APPLICATIONS, v. 11, n. 1, p. 13-pg., . (20/16246-2, 19/27139-5, 18/18886-9, 20/01688-0, 23/13356-0, 20/07972-1, 23/12268-0, 23/07806-2, 23/06086-6, 20/09146-1, 20/07069-0)
SILVA-SOUSA, THAYNA; USUDA, JULIA NAKANISHI; AL-ARAWE, NADA; FRIAS, FRANCISCA; HINTERSEHER, IRENE; CATAR, RUSAN; LUECHT, CHRISTIAN; RIESNER, KATARINA; HACKEL, ALEXANDER; SCHIMKE, LENA F.; et al. The global evolution and impact of systems biology and artificial intelligence in stem cell research and therapeutics development: a scoping review. Stem Cells, v. 42, n. 11, p. 16-pg., . (20/16246-2, 20/07069-0, 23/07806-2, 20/01688-0, 18/18886-9)
KATO, KATHIA T.; FERREIRA, GABRIELA C. S.; FONSECA, DENNYSON L. M.; MORETTI, EDUARDO H.; TRZAN, ISIS F. L.; FILGUEIRAS, IGOR SALERNO; NOBILE, ADRIEL L.; ADRI, ANNY S.; FONSECA, MONIQUE T.; SOUZA, RAYSSA N.; et al. The greater splanchnic nerve preferentially regulates neutrophils over macrophages in a rat model of septic peritonitis. BRAIN BEHAVIOR AND IMMUNITY, v. 129, p. 12-pg., . (20/09399-7, 24/22378-0, 18/03418-0, 17/13350-0, 18/18886-9, 20/00631-4, 22/13206-5, 23/07806-2, 23/07357-3, 20/16246-2, 23/12268-0)
NOBILE, ADRIEL LEAL; ADRI, ANNY SILVA; USUDA, JULIA NAKANISHI; DO VALE, FERNANDO YURI NERY; CORREA, YOHAN LUCAS GONCALVES; FREITAS, DEBORA GOMES DE ALBUQUERQUE; NAVA, ROSEANE GALDIOLI; BARCELOS, PEDRO MARCAL; SCHIMKE, LENA F.; KHAN, TAJ ALI; et al. The Neuroimmunome of Hepatitis Patients Associates With Disease Severity. Journal of Medical Virology, v. 97, n. 12, p. 15-pg., . (23/06086-6, 24/08016-8, 23/12268-0, 18/18886-9, 23/07806-2, 23/14417-2)
MUNHOZ, DANIELLE DIAS; FONSECA, DENNYSON LEANDRO M.; FILGUEIRAS, IGOR SALERNO; DIAS, HAROLDO DUTRA; NAKAYA, HELDER I.; JURISICA, IGOR; OCHS, HANS D.; SCHIMKE, LENA F.; RIZZO, LUIZ VICENTE; CABRAL-MARQUES, OTAVIO. Integrative immunology identified interferome signatures in uveitis and systemic disease-associated uveitis. FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, v. 16, p. 17-pg., . (23/13356-0, 18/18886-9, 23/07806-2, 20/16246-2, 22/01362-2)