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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Study on the introgression of beef breeds in Canchim cattle using single nucleotide polymorphism markers

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Autor(es):
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Buzanskas, Marcos Eli ; Ventura, Ricardo Vieira ; Seleguim Chud, Tatiane Cristina ; Bernardes, Priscila Arrigucci ; de Abreu Santos, Daniel Jordan ; de Almeida Regitano, Luciana Correia ; de Alencar, Mauricio Mello ; Mudadu, Mauricio de Alvarenga ; Zanella, Ricardo ; Gualberto Barbosa da Silva, Marcos Vinicius ; Li, Changxi ; Schenkel, Flavio Schramm ; Munari, Danisio Prado
Número total de Autores: 13
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: PLoS One; v. 12, n. 2 FEB 9 2017.
Citações Web of Science: 2
Resumo

The aim of this study was to evaluate the level of introgression of breeds in the Canchim (CA: 62.5% Charolais-37.5% Zebu) and MA genetic group (MA: 65.6% Charolais-34.4% Zebu) cattle using genomic information on Charolais (CH), Nelore (NE), and Indubrasil (IB) breeds. The number of animals used was 395 (CA and MA), 763 (NE), 338 (CH), and 37 (IB). The Bovine50SNP BeadChip from Illumina panel was used to estimate the levels of introgression of breeds considering the Maximum likelihood, Bayesian, and Single Regression method. After genotype quality control, 32,308 SNPs were considered in the analysis. Furthermore, three thresholds to prune out SNPs in linkage disequilibrium higher than 0.10, 0.05, and 0.01 were considered, resulting in 15,286, 7,652, and 1,582 SNPs, respectively. For k = 2, the proportion of taurine and indicine varied from the expected proportion based on pedigree for all methods studied. For k = 3, the Regression method was able to differentiate the animals in three main clusters assigned to each purebred breed, showing more reasonable according to its biological viewpoint. Analyzing the data considering k = 2 seems to be more appropriate for Canchim-MA animals due to its biological interpretation. The usage of 32,308 SNPs in the analyses resulted in similar findings between the estimated and expected breed proportions. Using the Regression approach, a contribution of Indubrasil was observed in Canchim-MA when k = 3 was considered. Genetic parameter estimation could account for this breed composition information as a source of variation in order to improve the accuracy of genetic models. Our findings may help assemble appropriate reference populations for genomic prediction for Canchim-MA in order to improve prediction accuracy. Using the information on the level of introgression in each individual could also be useful in breeding or crossing design to improve individual heterosis in crossbred cattle. (AU)

Processo FAPESP: 12/23638-8 - Bases moleculares da qualidade da carne em bovinos da raça Nelore
Beneficiário:Luciana Correia de Almeida Regitano
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático
Processo FAPESP: 15/08939-0 - Identificação de regiões com variações no número de cópias dos segmentos de DNA em bovinos da raça Girolando
Beneficiário:Tatiane Cristina Seleguim Chud
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 15/25096-6 - Imputação, desequilíbrio de ligação, blocos de haplótipos e endogamia em bovinos Nelore
Beneficiário:Priscila Arrigucci Bernardes
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 15/12396-1 - Imputação de genótipos de marcadores no genoma bubalino e seu impacto nas avaliações genômicas da produção de leite e seus constituintes
Beneficiário:Daniel Jordan de Abreu Santos
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 13/19335-2 - Estudo do nível de mistura em animais da raça Canchim e grupo genético ma utilizando painel de polimorfismos de nucleotídeo único de alta densidade
Beneficiário:Marcos Eli Buzanskas
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado