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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

The Primary Antisense Transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1

Texto completo
Autor(es):
Pereira de Almeida, Joao Paulo [1] ; Vencio, Ricardo Z. N. [2] ; Lorenzetti, Alan P. R. [1] ; ten-Caten, Felipe [1] ; Gomes-Filho, Jose Vicente [1] ; Koide, Tie [1]
Número total de Autores: 6
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Sao Paulo, Ribeirao Preto Med Sch, Dept Biochem & Immunol, BR-14049900 Sao Paulo - Brazil
[2] Univ Sao Paulo, Dept Computat & Math, Fac Filosofia Ciencias & Letras Ribeirao Preto, BR-14049900 Sao Paulo - Brazil
Número total de Afiliações: 2
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: GENES; v. 10, n. 4 APR 2019.
Citações Web of Science: 0
Resumo

Antisense RNAs (asRNAs) are present in diverse organisms and play important roles in gene regulation. In this work, we mapped the primary antisense transcriptome in the halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1. By reanalyzing publicly available data, we mapped antisense transcription start sites (aTSSs) and inferred the probable 3 ends of these transcripts. We analyzed the resulting asRNAs according to the size, location, function of genes on the opposite strand, expression levels and conservation. We show that at least 21% of the genes contain asRNAs in H. salinarum. Most of these asRNAs are expressed at low levels. They are located antisense to genes related to distinctive characteristics of H. salinarum, such as bacteriorhodopsin, gas vesicles, transposases and other important biological processes such as translation. We provide evidence to support asRNAs in type II toxin-antitoxin systems in archaea. We also analyzed public Ribosome profiling (Ribo-seq) data and found that similar to 10% of the asRNAs are ribosome-associated non-coding RNAs (rancRNAs), with asRNAs from transposases overrepresented. Using a comparative transcriptomics approach, we found that similar to 19% of the asRNAs annotated in H. salinarum belong to genes with an ortholog in Haloferax volcanii, in which an aTSS could be identified with positional equivalence. This shows that most asRNAs are not conserved between these halophilic archaea. (AU)

Processo FAPESP: 15/12012-9 - Identificação dos inícios de transcrição (TSSs) na arqueia extremófila Halobacterium salinarum NRC-1 e sua associação com a produção de intraRNAs
Beneficiário:Felipe ten Caten
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 15/21038-1 - O transcritoma antisense da Archaea halofílica Halobacterium salinarum
Beneficiário:Tie Koide
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 13/21522-5 - Caracterização funcional de RNAs não-codificantes associados a transposons IS1341 em Halobacterium salinarum
Beneficiário:José Vicente Gomes Filho
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 17/03052-2 - RNAs não codificantes derivados de sequências de inserção na arqueia halófila Halobacterium salinarum NRC-1
Beneficiário:Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 11/14455-4 - RNA-seq: segmentação e modelagem do sinal
Beneficiário:Felipe ten Caten
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto