The Primary Antisense Transcriptome of Halobacterium salinarum NRC-1

Autor(es)

Pereira de Almeida, Joao Paulo ^[1] ; Vencio, Ricardo Z. N. ^[2] ; Lorenzetti, Alan P. R. ^[1] ; ten-Caten, Felipe ^[1] ; Gomes-Filho, Jose Vicente ^[1] ; Koide, Tie ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Sao Paulo, Ribeirao Preto Med Sch, Dept Biochem & Immunol, BR-14049900 Sao Paulo - Brazil

^[2] Univ Sao Paulo, Dept Computat & Math, Fac Filosofia Ciencias & Letras Ribeirao Preto, BR-14049900 Sao Paulo - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: GENES; v. 10, n. 4 APR 2019.
• Citações Web of Science: 0

Resumo

Antisense RNAs (asRNAs) are present in diverse organisms and play important roles in gene regulation. In this work, we mapped the primary antisense transcriptome in the halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1. By reanalyzing publicly available data, we mapped antisense transcription start sites (aTSSs) and inferred the probable 3 ends of these transcripts. We analyzed the resulting asRNAs according to the size, location, function of genes on the opposite strand, expression levels and conservation. We show that at least 21% of the genes contain asRNAs in H. salinarum. Most of these asRNAs are expressed at low levels. They are located antisense to genes related to distinctive characteristics of H. salinarum, such as bacteriorhodopsin, gas vesicles, transposases and other important biological processes such as translation. We provide evidence to support asRNAs in type II toxin-antitoxin systems in archaea. We also analyzed public Ribosome profiling (Ribo-seq) data and found that similar to 10% of the asRNAs are ribosome-associated non-coding RNAs (rancRNAs), with asRNAs from transposases overrepresented. Using a comparative transcriptomics approach, we found that similar to 19% of the asRNAs annotated in H. salinarum belong to genes with an ortholog in Haloferax volcanii, in which an aTSS could be identified with positional equivalence. This shows that most asRNAs are not conserved between these halophilic archaea. (AU)

• Processo FAPESP: 15/12012-9 - Identificação dos inícios de transcrição (TSSs) na arqueia extremófila Halobacterium salinarum NRC-1 e sua associação com a produção de intraRNAs
• Beneficiário: Felipe ten Caten
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 15/21038-1 - O transcritoma antisense da archaea halofílica Halobacterium salinarum
• Beneficiário: Tie Koide
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 13/21522-5 - Caracterização funcional de RNAs não-codificantes associados a transposons IS1341 em Halobacterium salinarum
• Beneficiário: José Vicente Gomes Filho
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 17/03052-2 - RNAs não codificantes derivados de sequências de inserção na arqueia halófila Halobacterium salinarum NRC-1
• Beneficiário: Alan Péricles Rodrigues Lorenzetti
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 11/14455-4 - RNA-seq: segmentação e modelagem do sinal
• Beneficiário: Felipe ten Caten
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto