De novo genome assembly of the cichlid fish Astatotilapia latifasciata reveals a higher level of genomic polymorphism and genes related to B chromosomes

Autor(es)

Jehangir, Maryam ^[1] ; Ahmad, Syed F. ^[1] ; Cardoso, Adauto L. ^[1] ; Ramos, Erica ^[1] ; Valente, Guilherme T. ^[2] ; Martins, Cesar ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Sao Paulo State Univ UNESP, Inst Biosci Botucatu, Dept Morphol, BR-18618689 Botucatu, SP - Brazil

^[2] Sao Paulo State Univ UNESP, Agron Sci Fac, Bioproc & Biotechnol Dept, Botucatu, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: CHROMOSOMA; v. 128, n. 2, p. 81-96, JUN 2019.
• Citações Web of Science: 1

Resumo

Supernumerary B chromosomes (Bs) are accessory elements to the regular chromosome set (As) and have been observed in a huge diversity of eukaryotic species. Although extensively investigated, the biological significance of Bs remains enigmatic. Here, we present de novo genome assemblies for the cichlid fish Astatotilapia latifasciata, a well-known model to study Bs. High coverage data with Illumina sequencing was obtained for males and females with 0B (B-), 1B, and 2B (B+) chromosomes to provide information regarding the diversity among these genomes. The draft assemblies comprised 771Mb for the B- genome and 781Mb for the B+ genome. Comparative analysis of the B+ and B- assemblies reveals syntenic discontinuity, duplicated blocks and several insertions, deletions, and inversions indicative of rearrangements in the B+ genome. Hundreds of transposable elements and 1546 protein coding sequences were annotated in the duplicated B+ regions. Our work contributes a list of thousands of genes harbored on the B chromosome, with functions in several biological processes, including the cell cycle. (AU)

• Processo FAPESP: 14/17683-6 - Montagem genômica do ciclídeo Astatotilapia latifasciata com foco em genômica populacional de polimorfimo de cromossomo b
• Beneficiário: Maryam Jehangir
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 11/03807-7 - Integrando citogenética e genômica na compreensão da estrutura e evolução de cromossomos B em eucariotos utilizando o peixe ciclídeo Haplochromis obliquidens como modelo
• Beneficiário: César Martins
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 15/16661-1 - Cromossomos sexuais, cromossomos B e seus enigmas: sistemas modelo para estudos de evolução cromossômica e genômica
• Beneficiário: César Martins
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 13/04533-3 - Análise funcional de cromossomos B, utilizando o peixe ciclídeo Astatotilapia latifasciata como modelo
• Beneficiário: César Martins
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular