Robust DNA protocols for tropical soils

Autor(es)

Venturini, Andressa Monteiro ^[1] ; Nakamura, Fernanda Mancini ^[1] ; Gontijo, Julia Brandao ^[1] ; da Franca, Aline Giovana ^[1] ; Yoshiura, Caio Augusto ^[1] ; Mandro, Jessica Adriele ^[1] ; Tsai, Siu Mui ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Sao Paulo, Ctr Nucl Energy Agr, Cell & Mol Biol Lab, Ave Centenario 303, BR-13416000 Piracicaba, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: HELIYON; v. 6, n. 5 MAY 2020.
• Citações Web of Science: 2

Resumo

Studies in the Amazon are being intensified to evaluate the alterations in the microbial communities of soils and sediments in the face of increasing deforestation and land-use changes in the region. However, since these environments present highly heterogeneous physicochemical properties, including contaminants that hinder nucleic acids isolation and downstream techniques, the development of best molecular practices is crucial. This work aimed to optimize standard protocols for DNA extraction and gene quantification by quantitative real-time PCR (qPCR) based on natural and anthropogenic soils and sediments (primary forest, pasture, Amazonian Dark Earth, and varzea, a seasonally flooded area) of the Eastern Amazon. Our modified extraction protocol increased the fluorometric DNA concentration by 48%, reaching twice the original amount for most of the pasture and varzea samples, and the 260/280 purity ratio by 15% to values between 1.8 to 2.0, considered ideal for DNA. The addition of bovine serum albumin in the qPCR reaction improved the quantification of the 16S rRNA genes of Archaea and Bacteria and its precision among technical replicates, as well as allowed their detection in previously non-amplifiable samples. It is concluded that the changes made in the protocols improved the parameters of the DNA samples and their amplification, thus increasing the reliability of microbial communities' analysis and its ecological interpretations. (AU)

• Processo FAPESP: 15/12282-6 - Microcosmos e o papel da microbiota ativa no ciclo do metano em solos sob florestas e pastagem da amazônia oriental
• Beneficiário: Fernanda Mancini Nakamura
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 15/08564-6 - Prospecção de bioindicadores moleculares da microbiota na rizosfera do milho sob efeito de palhada na mitigação do gás N2O
• Beneficiário: Caio Augusto Yoshiura
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 15/13546-7 - Capacidade de resiliência de comunidades microbianas avaliada por metagenômica e metatranscriptômica em solos de floresta e pastagem da Amazônia
• Beneficiário: Andressa Monteiro Venturini
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 18/14974-0 - Dinâmica das comunidades microbianas associadas aos ciclos do metano e enxofre em solos amazônicos
• Beneficiário: Júlia Brandão Gontijo
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 15/19979-2 - Integrando as dimensões da biodiversidade microbiana ao longo de áreas de alteração do uso da terra em florestas tropicais
• Beneficiário: Aline Giovana da França
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Processo FAPESP: 14/50320-4 - Dimensões US-BIOTA - São Paulo: pesquisa colaborativa: integrando as dimensões da biodiversidade microbiana ao longo de áreas de alteração do uso da terra em florestas tropicais
• Beneficiário: Tsai Siu Mui
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Temático
• Processo FAPESP: 15/23758-1 - Genes funcionais do ciclo biogeoquímico do metano em áreas de floresta e pastagem na Amazônia
• Beneficiário: Jéssica Adriele Mandro
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica